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- PDB-3gen: The 1.6 A crystal structure of human bruton's tyrosine kinase bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gen
タイトルThe 1.6 A crystal structure of human bruton's tyrosine kinase bound to a pyrrolopyrimidine-containing compound
要素Tyrosine-protein kinase BTK
キーワードTRANSFERASE / Bruton's tyrosine kinase / 4-Amino-5-(4-phenoxyphenyl)-5H-pyrrolo[3 / 2-d]pyrimidin-7-yl-cyclopentane / TEC-family / complex / Acetylation / ATP-binding / Cytoplasm / Disease mutation / Kinase / Membrane / Metal-binding / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / SH2 domain / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of B cell cytokine production / regulation of B cell apoptotic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / proteoglycan catabolic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell ...regulation of B cell cytokine production / regulation of B cell apoptotic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / proteoglycan catabolic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / neutrophil homeostasis / positive regulation of type I hypersensitivity / cellular response to molecule of fungal origin / MyD88 deficiency (TLR2/4) / cellular response to interleukin-7 / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of B cell differentiation / phospholipase activator activity / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of B cell proliferation / positive regulation of immunoglobulin production / Fc-epsilon receptor signaling pathway / mesoderm development / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / B cell activation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / phospholipase binding / positive regulation of B cell proliferation / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell maturation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of phagocytosis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / : / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / FCGR3A-mediated phagocytosis / cellular response to reactive oxygen species / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / apoptotic signaling pathway / calcium-mediated signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / G beta:gamma signalling through BTK / DAP12 signaling / T cell receptor signaling pathway / G alpha (12/13) signalling events / ER-Phagosome pathway / protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle / response to lipopolysaccharide / Potential therapeutics for SARS / G alpha (q) signalling events / adaptive immune response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular signal transduction / membrane raft / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B43 / Tyrosine-protein kinase BTK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Marcotte, D.J. / Liu, Y.T. / Arduini, R.M. / Hession, C.A. / Miatkowski, K. / Wildes, C.P. / Cullen, P.F. / Hopkins, B. / Mertsching, E. / Jenkins, T.J. ...Marcotte, D.J. / Liu, Y.T. / Arduini, R.M. / Hession, C.A. / Miatkowski, K. / Wildes, C.P. / Cullen, P.F. / Hopkins, B. / Mertsching, E. / Jenkins, T.J. / Romanowski, M.J. / Baker, D.P. / Silvian, L.F.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Structures of human Bruton's tyrosine kinase in active and inactive conformations suggest a mechanism of activation for TEC family kinases.
著者: Marcotte, D.J. / Liu, Y.T. / Arduini, R.M. / Hession, C.A. / Miatkowski, K. / Wildes, C.P. / Cullen, P.F. / Hong, V. / Hopkins, B.T. / Mertsching, E. / Jenkins, T.J. / Romanowski, M.J. / ...著者: Marcotte, D.J. / Liu, Y.T. / Arduini, R.M. / Hession, C.A. / Miatkowski, K. / Wildes, C.P. / Cullen, P.F. / Hong, V. / Hopkins, B.T. / Mertsching, E. / Jenkins, T.J. / Romanowski, M.J. / Baker, D.P. / Silvian, L.F.
履歴
登録2009年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0512
ポリマ－32,6801
非ポリマー3701
水8,917495
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.497, 104.306, 38.039
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase BTK / Bruton tyrosine kinase / Agammaglobulinaemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK


分子量: 32680.471 Da / 分子数: 1 / 断片: Protein kinase, residues 382-659 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGMX1, ATK, BPK, BTK / プラスミド: pDEST20
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q06187, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-B43 / 4-Amino-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl-cyclopentane / 7-cyclopentyl-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 370.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22N4O
詳細: 4-Amino-5-(4-phenoxyphenyl)-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl-cyclopentane
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% Peg MME 5000,0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M MES pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年2月1日 / 詳細: Varimax HR optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→24.5 Å / Num. obs: 38206 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K2P

1k2p


解像度: 1.6→21.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.281 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23168 1915 5 %RANDOM
Rwork0.19261 ---
obs0.1946 36291 98.13 %-
all-36293 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.639 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.246 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→21.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2161 0 28 495 2684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222247
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1451.9753038
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.265348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4715270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.9723.846104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.91115402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0411513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.0215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21283
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2970.227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21529
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.22
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2461
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9771.51372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8761.57
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17922141
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.73931027
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.394.5894
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.66132453
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free1.6773495
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.57732211
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 146 -
Rwork0.258 2680 -
obs--99.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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