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- PDB-3gcd: Structure of the V. cholerae RTX cysteine protease domain in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gcd
タイトルStructure of the V. cholerae RTX cysteine protease domain in complex with an aza-Leucine peptide inhibitor
要素RTX toxin RtxA
キーワードTOXIN/INHIBITOR / V. cholerae / repeats-in-toxin / MARTX / cysteine protease / inositol hexakisphosphate / aza-peptide / aza-Leu / TOXIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CoA-dependent peptidyl-lysine N6-palmitoyltransferase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / host cell cytosol / ligase activity / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / actin filament organization / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding ...CoA-dependent peptidyl-lysine N6-palmitoyltransferase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / host cell cytosol / ligase activity / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / actin filament organization / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
MARTX cysteine protease (CPD) domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking (ACD) domain profile. / : / C-terminal repeat from RTX toxins / : / RtxA toxin / RtxA repeat / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain ...MARTX cysteine protease (CPD) domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking (ACD) domain profile. / : / C-terminal repeat from RTX toxins / : / RtxA toxin / RtxA repeat / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
aza-Leu epoxide inhibitor JCP598 / Chem-AZ0 / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Multifunctional-autoprocessing repeats-in-toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Lupardus, P.J. / Garcia, K.C. / Shen, A. / Bogyo, M.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Mechanistic and structural insights into the proteolytic activation of Vibrio cholerae MARTX toxin.
著者: Shen, A. / Lupardus, P.J. / Albrow, V.E. / Guzzetta, A. / Powers, J.C. / Garcia, K.C. / Bogyo, M.
履歴
登録2009年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32020年10月14日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_conn_angle ...chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RTX toxin RtxA
B: RTX toxin RtxA
C: RTX toxin RtxA
D: RTX toxin RtxA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,94316
ポリマ－90,8404
非ポリマー5,10312
水2,612145
1
A: RTX toxin RtxA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9864
ポリマ－22,7101
非ポリマー1,2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RTX toxin RtxA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9864
ポリマ－22,7101
非ポリマー1,2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: RTX toxin RtxA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9864
ポリマ－22,7101
非ポリマー1,2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: RTX toxin RtxA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9864
ポリマ－22,7101
非ポリマー1,2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.560, 65.854, 254.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is a single monomer in complex with a single inositol hexakisphosphate molecule and a single Cbz-Leu-Leu-(aza)Leu-epoxide inhibitor

-
要素

#1: タンパク質
RTX toxin RtxA


分子量: 22709.922 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 3442-3650 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: V. cholerae 01 biovar eltor str. N16961 / 遺伝子: rtxA, vc1451, VC_1451 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KS12
#2: 化合物
ChemComp-AZ0 / ethyl (5S,8S,14S)-14-hydroxy-5,8,11-tris(2-methylpropyl)-3,6,9,12-tetraoxo-1-phenyl-2-oxa-4,7,10,11-tetraazapentadecan-15-oate


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 592.724 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H48N4O8 / 参照: aza-Leu epoxide inhibitor JCP598
#3: 化合物
ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE


分子量: 660.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30%PEG3350, 15% MPD, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 31246 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 49.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2112 / % possible all: 61.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3EEB

3eeb


解像度: 2.35→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 22.357 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.823 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26499 1573 5 %RANDOM
Rwork0.21831 ---
obs0.22064 29632 88.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.312 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.55 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.56 Å20 Å2
3----1.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6216 0 316 145 6677
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0216632
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3031.9689004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0045808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.46725.679324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.257151084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0031532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.91.54036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66826452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.63732596
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7494.52552
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 79 -
Rwork0.311 1420 -
obs--59.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2770.0510.01950.37380.09850.16810.02130.00210.008-0.0012-0.0182-0.00580.0063-0.0259-0.00310.0315-0.00060.0080.00410.00070.0022-7.368919.5629-61.3617
20.59730.1096-0.04010.46140.13110.3467-0.0062-0.0397-0.00640.04980.0178-0.06590.01370.0063-0.01160.0280.0021-0.00850.0042-0.00330.009816.00131.7014-33.1476
30.29740.08530.00660.3774-0.10360.63520.03410.0216-0.02930.03260.07270.0028-0.1125-0.1013-0.10690.05070.02350.01850.02540.01420.0211-3.8283-4.2956-28.281
40.703-0.1096-0.48750.98190.6041.1982-0.0350.07130.0541-0.00160.04250.02980.0480.0931-0.00750.03740.0095-0.00920.03450.00790.0071-3.338732.5114-1.1385
50.0578-0.9294-0.128819.71972.68380.36570.0289-0.0221-0.0018-0.0767-0.04180.0668-0.0142-0.00240.01290.0409-0.0327-0.00130.0441-0.00420.0049-14.031813.9435-50.3917
64.1915.90682.06648.32552.91251.01890.08610.0409-0.28460.12060.0538-0.39950.04210.0191-0.13990.06110.0131-0.00340.0352-0.01680.0262.7807-16.5251-28.4915
72.2607-5.40543.156313.6446-9.810611.52290.0043-0.0027-0.0208-0.00520.03650.0526-0.0208-0.1042-0.04080.0008-0.0017-0.0020.00890.00410.016624.94727.9985-43.1727
80.44571.83660.81287.57053.34881.48280.0721-0.0011-0.0330.3257-0.0055-0.13030.134-0.0029-0.06660.08770.01920.02680.01070.00130.0258-2.409320.02855.6198
90.01570.01140.02770.04620.0290.0532-0.00580.00160.00560.0122-0.0052-0.0078-0.0031-0.00140.0110.03-0.00090.00840.00820.00180.0185-1.515115.7839-42.2193
100.0627-0.4445-0.14553.16351.03070.33830.01770.0108-0.0092-0.0985-0.04480.0553-0.0313-0.02960.02710.0301-0.00340.00230.0765-0.02580.0172-16.370912.7764-67.0759
111.92181.58942.84791.38072.76636.77160.2319-0.0147-0.17750.128-0.0059-0.1423-0.0238-0.0307-0.2260.08020.0105-0.02340.04410.02030.031427.150133.2809-27.4534
122.78313.2678-4.80093.8374-5.6388.2863-0.26990.0915-0.0885-0.33210.1138-0.10410.4973-0.13630.15610.10130.0573-0.00320.1362-0.03690.01215.893926.7611-7.6846
131.3677-0.2339-1.99780.70880.06643.0318-0.01370.03830.0049-0.02010.03420.03140.0293-0.0728-0.02050.0037-0.0018-0.00180.00370.00220.0018-8.9802-9.4903-38.4847
1400000000000000-00.1379-0.0744-0.14380.06710.06580.155129.436930.8868-22.8836
1500000000000000-00.00410.0209-0.0130.1067-0.06630.0412-15.83898.0939-70.6765
1600000000000000-00.1161-0.03550.11560.0108-0.03530.1152-9.083-7.8519-44.1443
1700000000000000-00.088-0.02030.09430.1961-0.10940.141211.66928.3598-8.2811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 999
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 999
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 999
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 999
5X-RAY DIFFRACTION5J1 - 999
6X-RAY DIFFRACTION6K1 - 999
7X-RAY DIFFRACTION7L1 - 999
8X-RAY DIFFRACTION8M1 - 999
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 999
10X-RAY DIFFRACTION10E1 - 999
11X-RAY DIFFRACTION11F1 - 999
12X-RAY DIFFRACTION12G1 - 999
13X-RAY DIFFRACTION13H1 - 999
14X-RAY DIFFRACTION14N1 - 999
15X-RAY DIFFRACTION15P1 - 999
16X-RAY DIFFRACTION16Q1 - 999
17X-RAY DIFFRACTION17R1 - 999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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