ソフトウェア 名称 分類 CrystalClearデータ収集 CNS精密化 d*TREKデータ削減 d*TREKデータスケーリング CNS位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 1U8D解像度 : 2.4→19.92 Å / Rfactor Rfree error : 0.008 / Data cutoff high absF : 320880.12 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & Huber / 詳細 : BULK SOLVENT MODEL USEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.278 1296 9.7 % RANDOM Rwork 0.229 - - - obs 0.229 13374 93.4 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 26.0612 Å2 / ksol : 0.35 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 40.1 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 6.97 Å2 0 Å2 8.8 Å2 2- - -11.53 Å2 0 Å2 3- - - 4.57 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.43 Å 0.35 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.71 Å 0.6 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.4→19.92 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 0 1422 91 64 1577
拘束条件 大きな表を表示 (3 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.003 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg0.6 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d20.6 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d1.2 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION c_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION c_scbond_itX-RAY DIFFRACTION c_scangle_it
LS精密化 シェル 解像度 : 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error : 0.03 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.407 188 9.1 % Rwork 0.382 1876 - obs - - 86.5 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION 2 dna-rna_rep_revise.param dna-rna.top X-RAY DIFFRACTION 3 water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION 4 cohex_rep.paramcohex_rep.topX-RAY DIFFRACTION 5 hpa5.paramhpa5.top