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- PDB-3g1f: Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g1f
タイトルCrystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 5,6-dihydroorotidine 5'-monophosphate
要素Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
キーワードLYASE / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / H2-OMP / Decarboxylase / Pyrimidine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...: / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5,6-dihydroorotidine 5'-monophosphate / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Chan, K.K. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
著者: Chan, K.K. / Wood, B.M. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Imker, H.J. / Amyes, T.L. / Richard, J.P. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.
履歴
登録2009年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
C: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
D: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
E: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
F: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
G: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
H: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
I: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
J: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
K: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
L: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
M: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)328,31426
ポリマ－323,50113
非ポリマー4,81313
水1,31573
1
A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5104
ポリマ－49,7692
非ポリマー7402
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area15720 Å2
手法PISA
2
C: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
D: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5104
ポリマ－49,7692
非ポリマー7402
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area15310 Å2
手法PISA
3
E: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
F: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5104
ポリマ－49,7692
非ポリマー7402
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area15590 Å2
手法PISA
4
G: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
H: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5104
ポリマ－49,7692
非ポリマー7402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area15660 Å2
手法PISA
5
I: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
J: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5104
ポリマ－49,7692
非ポリマー7402
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area15770 Å2
手法PISA
6
K: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
L: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5104
ポリマ－49,7692
非ポリマー7402
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area15510 Å2
手法PISA
7
M: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子

M: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5104
ポリマ－49,7692
非ポリマー7402
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area15540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.611, 101.708, 192.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-230-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase


分子量: 24884.697 Da / 分子数: 13 / 変異: R101P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)
遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-2OM / 5,6-dihydroorotidine 5'-monophosphate


タイプ: RNA linking / 分子量: 370.207 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O11P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 30% PEG 4000, 0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月7日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. all: 94751 / Num. obs: 94751 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 44.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BALBES位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3G18

3g18


解像度: 2.5→24.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2081447.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 4766 5 %RANDOM
Rwork0.243 ---
all0.247 94751 --
obs0.243 94751 96.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.0846 Å2 / ksol: 0.305183 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 63.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.4 Å20 Å2-10.74 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3---17.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21347 0 312 73 21732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.622.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 422 4.8 %
Rwork0.347 8331 -
obs-8331 90 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4H2O_par.txtH2O_top.txt
X-RAY DIFFRACTION5&_1_PARAMETER_INFILE_5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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