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- PDB-3fk7: Crystal structure of TetR triple mutant (H64K, S135L, S138I) in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fk7
タイトルCrystal structure of TetR triple mutant (H64K, S135L, S138I) in complex with 4-ddma-atc
要素Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10, Tetracycline repressor protein class D
キーワードTRANSCRIPTION / Tetracycline repressor / bacterial transcription regulation / altered inducer specificity / 4-de-dimethylamino-anhydrotetracycline / Antibiotic resistance / DNA-binding / Magnesium / Metal-binding / Repressor / Transcription regulation / Transposable element
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family ...Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4DM / Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10 / Tetracycline repressor protein class D
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Klieber, M.A. / Scholz, O. / Lochner, S. / Gmeiner, P. / Hillen, W. / Muller, Y.A.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Structural origins for selectivity and specificity in an engineered bacterial repressor-inducer pair.
著者: Klieber, M.A. / Scholz, O. / Lochner, S. / Gmeiner, P. / Hillen, W. / Muller, Y.A.
履歴
登録2008年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10, Tetracycline repressor protein class D
B: Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10, Tetracycline repressor protein class D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7136
ポリマ－46,8982
非ポリマー8154
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6100 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area18260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.220, 59.380, 63.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-286-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10, Tetracycline repressor protein class D


分子量: 23448.801 Da / 分子数: 2
断片: DNA-binding domain (residues 1-50) and the effector-binding domain (residues 51-208)
変異: H64K, S135L, S138I / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FUSION PROTEIN OF DNA-BINDING DOMAIN (RESIDUES 1-50) FROM TETR VARIANT B AND THE EFFECTOR-BINDING DOMAIN (RESIDUES 51-208) FROM TETR VARIANT D
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: tetR / プラスミド: pWH610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RB791 / 参照: UniProt: P04483, UniProt: P0ACT4
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-4DM / (4aS,12aS)-3,10,11,12a-tetrahydroxy-6-methyl-1,12-dioxo-1,4,4a,5,12,12a-hexahydrotetracene-2-carboxamide / 4-デ(ジメチルアミノ)アンヒドロテトラサイクリン


分子量: 383.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17NO7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FUSION PROTEIN OF DNA-BINDING DOMAIN (RESIDUES 1-50) FROM TETR VARIANT B AND THE EFFECTOR- ...THE FUSION PROTEIN OF DNA-BINDING DOMAIN (RESIDUES 1-50) FROM TETR VARIANT B AND THE EFFECTOR-BINDING DOMAIN (RESIDUES 51-208) FROM TETR VARIANT D

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.77 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1M dipotassium hydrogen phosphate, 200mM sodium chloride, 50mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9082 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月23日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9082 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→42.22 Å / Num. all: 30027 / Num. obs: 29597 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル解像度: 2.06→2.19 Å / Rmerge(I) obs: 0.398 / Num. unique all: 4994 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3FK6

3fk6


解像度: 2.06→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.947 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 2368 8 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.208 29594 100 %-
all-29594 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.69 Å2 / Biso mean: 36.79 Å2 / Biso min: 13.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å2-0.52 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----1.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3180 0 58 225 3463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223299
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022228
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1751.9964482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88835420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.225401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.34523.938160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.59615583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6081528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023657
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02661
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2832
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.22351
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21637
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21641
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1420.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2340.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2160.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.24422602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.212808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4062.53169
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.12641561
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.16361309
LS精密化 シェル解像度: 2.064→2.175 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 326 -
Rwork0.267 3750 -
all-4076 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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