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- PDB-3feg: Crystal structure of human choline kinase beta in complex with ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3feg
タイトルCrystal structure of human choline kinase beta in complex with phosphorylated hemicholinium-3 and adenosine nucleotide
要素Choline/ethanolamine kinase
キーワードTRANSFERASE / non-protein kinase / choline kinase / Structural Genomics Consortium / SGC / hemicholinium-3 / phosphorylation / Kinase / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / CDP-choline pathway / choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / muscle organ development / Synthesis of PC / phosphorylation ...ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / CDP-choline pathway / choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / muscle organ development / Synthesis of PC / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Choline/ethanolamine kinase / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Chem-HC7 / Choline/ethanolamine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.302 Å
データ登録者Hong, B.S. / Tempel, W. / Rabeh, W.M. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.W. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of human choline kinase isoforms in complex with hemicholinium-3: single amino acid near the active site influences inhibitor sensitivity.
著者: Hong, B.S. / Allali-Hassani, A. / Tempel, W. / Finerty, P.J. / Mackenzie, F. / Dimov, S. / Vedadi, M. / Park, H.W.
履歴
登録2008年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年10月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / phasing ...pdbx_struct_conn_angle / phasing / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choline/ethanolamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3928
ポリマ－44,0031
非ポリマー1,3897
水5,368298
1
A: Choline/ethanolamine kinase
ヘテロ分子

A: Choline/ethanolamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,78416
ポリマ－88,0052
非ポリマー2,77914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area5690 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area30390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.994, 72.987, 62.397
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.760, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Choline/ethanolamine kinase / Choline kinase beta / CK / Ethanolamine kinase / EK


分子量: 44002.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHKB, CHETK, CHKL / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9Y259, choline kinase, ethanolamine kinase

-
非ポリマー , 7種, 305分子

#2: 化合物 ChemComp-HC7 / (2S)-2-[4'-({dimethyl[2-(phosphonooxy)ethyl]ammonio}acetyl)biphenyl-4-yl]-2-hydroxy-4,4-dimethylmorpholin-4-ium / 2-{4-[4-(2-{dimethyl[2-(phosphonatooxy)ethyl]azaniumyl}acetyl)phenyl]phenyl}-2-hydroxy-4,4-dimethylmorpholin-4-ium


分子量: 494.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H35N2O7P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細FOR THE LIGAND HC7 THE STEREO-CENTER AT THE "2" POSITION IS SPECIFIED AS (2S), HOWEVER CAN BE (2R) ...FOR THE LIGAND HC7 THE STEREO-CENTER AT THE "2" POSITION IS SPECIFIED AS (2S), HOWEVER CAN BE (2R) OR (2S) AS THE MORPHOLINIUM RING CAN OPEN LOSING THE SPECIFIED CONFIGURATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: protein buffer: 0.01M Tris pH 8, 0.5M sodium chloride, 0.005M magnesium chloride, 0.01M DTT, 0.003M hemicholinium-3, 0.005M ADP; precipitant: 0.1M sodium cacodylate, 30% PEG-4000, 0.2M ...詳細: protein buffer: 0.01M Tris pH 8, 0.5M sodium chloride, 0.005M magnesium chloride, 0.01M DTT, 0.003M hemicholinium-3, 0.005M ADP; precipitant: 0.1M sodium cacodylate, 30% PEG-4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97243 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97243 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→30 Å / Num. obs: 92472 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Χ2: 1.578 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.3-1.352.40.55977501.17182.4
1.35-1.43.10.4790421.30295.9
1.4-1.463.60.36293811.32699.4
1.46-1.543.70.23794301.39499.9
1.54-1.643.70.16194721.485100
1.64-1.763.70.11294651.625100
1.76-1.943.80.07294711.8100
1.94-2.223.80.04595261.826100
2.22-2.83.80.03394831.75499.9
2.8-303.70.02794521.75398

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2ig7

2ig7


解像度: 1.302→28.296 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.201 / WRfactor Rwork: 0.162 / SU B: 1.51 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Hemicholinium restraints were calculated by the PRODRG server.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 4612 4.99 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.16 92425 97.405 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 14.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.077 Å20 Å20.052 Å2
2---0.128 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.302→28.296 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2732 0 92 298 3122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223105
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4622.0154267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8813.0025114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3815377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.73423.947152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.04715508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8741518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.90521754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5822696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7232852
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.66721351
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.87131393
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.2535227
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free11.5473302
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.36635117
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.302-1.3360.2972680.2635137691178.209
1.336-1.3720.2962990.2175961680192.045
1.372-1.4120.2553070.1926212667097.736
1.412-1.4550.2413300.1686070643699.441
1.455-1.5030.2013100.1485902622399.823
1.503-1.5550.1762820.1295736602699.867
1.555-1.6140.1622940.1235542584399.88
1.614-1.680.1743020.125275557899.982
1.68-1.7540.1442650.1235114538199.963
1.754-1.8390.1742880.12548725160100
1.839-1.9380.1682220.12646674889100
1.938-2.0550.1622230.134411463599.978
2.055-2.1960.162320.1374137437099.977
2.196-2.3710.1782040.1393868407599.926
2.371-2.5960.1921780.1553586376799.92
2.596-2.8990.1861720.1753227340099.971
2.899-3.3420.2351650.1862805298699.464
3.342-4.0790.1681060.1682450257999.108
4.079-5.7090.191000.1661850198998.039
5.709-28.2960.311650.251991116890.411

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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