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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fdz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of phosphoglyceromutase from burkholderia pseudomallei 1710b with bound 2,3-diphosphoglyceric acid and 3-phosphoglyceric acid | ||||||
要素 | (2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate ...) x 2 | ||||||
キーワード | ISOMERASE / SSGCID / Phosphoglyceromutase / Burkholderia pseudomallei / Glycolysis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase activity / gluconeogenesis / glycolytic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia pseudomallei 1710b (類鼻疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011 タイトル: An ensemble of structures of Burkholderia pseudomallei 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase. 著者: Davies, D.R. / Staker, B.L. / Abendroth, J.A. / Edwards, T.E. / Hartley, R. / Leonard, J. / Kim, H. / Rychel, A.L. / Hewitt, S.N. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fdz.cif.gz | 110.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fdz.ent.gz | 84.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fdz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3fdz_validation.pdf.gz | 791.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3fdz_full_validation.pdf.gz | 798.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3fdz_validation.xml.gz | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3fdz_validation.cif.gz | 30.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/3fdz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/3fdz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains two biological units |
-要素
-2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28958.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei 1710b (類鼻疽菌) 株: 1719B / 遺伝子: BURPS1710b_0662, gpmA / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: Q3JWH7, EC: 5.4.2.1 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 29037.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei 1710b (類鼻疽菌) 株: 1719B / 遺伝子: BURPS1710b_0662, gpmA / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: Q3JWH7, EC: 5.4.2.1 |
-非ポリマー , 4種, 227分子
#3: 化合物 | ChemComp-DG2 / ( | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-3PG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.33 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / pH: 6 詳細: 30% PEG 600, 5% PEG 1000, 10% GLYCEROL, 100 MM MES PH 6.0, CRYSTALS SOAKED OVERNIGHT WITH 20 MM 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID, VAPOR DIFFUSION, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: SATURN / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.25 Å / Num. obs: 20934 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 29.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 11.43 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 90.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→19.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 7.03 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
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