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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f7g | ||||||
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タイトル | Structure of the BIR domain from ML-IAP bound to a peptidomimetic | ||||||
要素 | Baculoviral IAP repeat-containing protein 7 | ||||||
キーワード | APOPTOSIS / ZINC BINDING / PEPTIDE COMPLEX / APOPTOSIS INHIBITION / PEPTIDOMIMETIC / SMALL MOLECULE / DRUG DESIGN / Metal-binding / Nucleus / Zinc-finger | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of natural killer cell apoptotic process / negative regulation of necroptotic process / lens development in camera-type eye / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity ...regulation of natural killer cell apoptotic process / negative regulation of necroptotic process / lens development in camera-type eye / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / regulation of cell population proliferation / regulation of apoptotic process / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / centrosome / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / enzyme binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / difference Fourier / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Franklin, M.C. / Fairbrother, W.J. / Cohen, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009 タイトル: Orally bioavailable antagonists of inhibitor of apoptosis proteins based on an azabicyclooctane scaffold 著者: Cohen, F. / Alicke, B. / Elliott, L.O. / Flygare, J.A. / Goncharov, T. / Keteltas, S.F. / Franklin, M.C. / Frankovitz, S. / Stephan, J.P. / Tsui, V. / Vucic, D. / Wong, H. / Fairbrother, W.J. #1: ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2006 タイトル: Design, synthesis, and biological activity of a potent Smac mimetic that sensitizes cancer cells to apoptosis by antagonizing IAPs. 著者: Zobel, K. / Wang, L. / Varfolomeev, E. / Franklin, M.C. / Elliott, L.O. / Wallweber, H.J. / Okawa, D.C. / Flygare, J.A. / Vucic, D. / Fairbrother, W.J. / Deshayes, K. #2: ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2005 タイトル: Engineering ML-IAP to produce an extraordinarily potent caspase-9 inhibitor: implications for Smac-dependent anti-apoptotic activity of ML-IAP. 著者: Vucic, D. / Franklin, M.C. / Wallweber, H.J. / Das, K. / Eckelman, B.P. / Shin, H. / Elliott, L.O. / Deshayes, K. / Salvesen, G.S. / Fairbrother, W.J. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Structure and function analysis of peptide antagonists of melanoma inhibitor of apoptosis (ML-IAP) 著者: Franklin, M.C. / Kadkhodayan, S. / Ackerly, H. / Alexandru, D. / Distefano, M.D. / Elliott, L.O. / Flygare, J.A. / Vucic, D. / Deshayes, K. / Fairbrother, W.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3f7g.cif.gz | 123.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3f7g.ent.gz | 94.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3f7g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3f7g_validation.pdf.gz | 701.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3f7g_full_validation.pdf.gz | 705.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3f7g_validation.xml.gz | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3f7g_validation.cif.gz | 31.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/3f7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/3f7g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | Authors state that each asymmetric unit contains five biological units, each containing one molecule of ML-IAP with either a peptide or a peptidomimetic bound at the active site. Chains A-D form a (not biologically relevant) tetramer in which molecule A binds a peptide consisting of part of the N-terminal unstructured region of molecule D; molecule B similarly binds part of molecule C; molecule C binds molecule B; and molecule D binds molecule A. The biologically relevant complex is formed by ML-IAP molecule E binding the peptidomimetic (ligand 389). |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15765.368 Da / 分子数: 5 / 断片: BIR domain, residues 63-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: also known as KIAP OR MLIAP OR LIVIN, BIRC7, KIAP, LIVIN, MLIAP, RNF50, UNQ5800/PRO19607/PRO21344 プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96CA5 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-P33 / | #4: 化合物 | ChemComp-389 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: SODIUM ACETATE, PEG 300, DTT, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月19日 |
放射 | モノクロメーター: Vertical focusing mirror; single crystal (Si111) bent monochromator (horizontal focusing). プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 33128 / Num. obs: 32773 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 40.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3304 / Rsym value: 0.431 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: difference Fourier 開始モデル: PDB entry 1OXN 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 9.463 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.954 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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