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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f3y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human cytosolic sulfotransferase SULT2A1 in complex with PAP and lithocholic acid | ||||||
![]() | Bile salt sulfotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / SULT2A1 / human cytosolic sulfotransferase / lithocholic acid / PAP / Bile acid catabolism / Cytoplasm / Lipid metabolism / Steroid metabolism | ||||||
機能・相同性 | ![]() bile-salt sulfotransferase / alcohol sulfotransferase activity / bile-salt sulfotransferase activity / alcohol sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / bile acid catabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / Cytosolic sulfonation of small molecules / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / thyroid hormone metabolic process ...bile-salt sulfotransferase / alcohol sulfotransferase activity / bile-salt sulfotransferase activity / alcohol sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / bile acid catabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / Cytosolic sulfonation of small molecules / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / thyroid hormone metabolic process / ethanol catabolic process / sulfation / sulfotransferase activity / Paracetamol ADME / steroid metabolic process / lipid catabolic process / xenobiotic metabolic process / cholesterol metabolic process / PPARA activates gene expression / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pan, P.W. / Dong, A. / Amaya, M. / Edwards, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: rystal structure of human cytosolic sulfotransferase SULT2A1 in complex with PAP and lithocholic acid 著者: Pan, P.W. / Dong, A. / Amaya, M. / Edwards, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 252.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 204 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 50.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 70.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33820.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-4OA / ( #3: 化合物 | ChemComp-A3P / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 7 詳細: 0.05M Calcium chloride, 18% PEG 3350, 0.1 M Hepes pH 7.0, 10% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月9日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97942 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 80907 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 4.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Rsym value: 0.527 / % possible all: 85.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
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