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万見
- PDB-3f1q: Human dihydroorotate dehydrogenase in complex with a leflunomide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f1q
タイトルHuman dihydroorotate dehydrogenase in complex with a leflunomide derivative inhibitor 1
要素Dihydroorotate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dihydroorotate dehydrogenase / leflunomide / FAD / Flavoprotein / Membrane / Mitochondrion / Mitochondrion inner membrane / Pyrimidine biosynthesis / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Chem-BCE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Heikkila, T. / Davies, M. / McConkey, G.A. / Fishwick, C.W.G. / Parsons, M.R. / Johnson, A.P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure-based design, synthesis, and characterization of inhibitors of human and Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenases
著者: Davies, M. / Heikkila, T. / McConkey, G.A. / Fishwick, C.W.G. / Parsons, M.R. / Johnson, A.P.
履歴
登録2008年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9637
ポリマ－39,8571
非ポリマー1,1076
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.696, 90.696, 122.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 39856.535 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 30-396 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHODH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02127, EC: 1.3.3.1

-
非ポリマー , 6種, 317分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#4: 化合物 ChemComp-BCE / (2Z)-N-biphenyl-4-yl-2-cyano-3-hydroxybut-2-enamide


分子量: 278.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14N2O2
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: drops: 50mM HEPES, pH 7.7, 400mM NaCl, 30% glycerol, 1mM EDTA, 10mM N,N-dimethylundecylamin-N-oxide (C11DAO), precipitant solution: 0.1M acetate pH 4.6-5.0, 40mM C11DAO, 20.8mM N,N- ...詳細: drops: 50mM HEPES, pH 7.7, 400mM NaCl, 30% glycerol, 1mM EDTA, 10mM N,N-dimethylundecylamin-N-oxide (C11DAO), precipitant solution: 0.1M acetate pH 4.6-5.0, 40mM C11DAO, 20.8mM N,N-dimethyldecylamine-N-oxide (DDAO), 2mM dihydroorotate (DHO), 1.8-2.4M ammonium sulfate, 1mM inhibitors, reservoir: 0.1M acetate pH 4.8, 2.4-2.6M ammonium sulfate, 30% glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30.74 Å / Num. all: 40134 / Num. obs: 40134 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 5807 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1D3H

1d3h


解像度: 2→29.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 4.541 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19937 2011 5 %RANDOM
Rwork0.17839 ---
obs0.17947 36072 99.96 %-
all-38083 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 5.209 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20.15 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2758 0 76 311 3145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0852.0133924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2295361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.62323.04125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14315497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6471530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022194
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21478
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21976
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2780.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2571.51855
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.39422877
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.08131206
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8234.51046
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 124 -
Rwork0.184 2794 -
obs-2794 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
131.872519.6771-39.4815142.2053-17.761349.24330.8146-2.4492.4067.31441.1683-3.3538-3.50153.3983-1.98290.27380.00030.02230.24510.01040.2627.5514-20.8028-4.9817
24.6783-4.0832-4.158939.34029.26095.09590.00060.80040.2544-1.55650.38020.02380.0403-0.1598-0.38080.0137-0.0260.05670.15090.101-0.06616.047-29.8443-10.1899
35.14876.56476.78388.41829.133913.8236-0.08610.5902-0.4232-0.18040.4329-0.5940.15311.2624-0.3468-0.04110.05230.03590.176800.009610.1304-39.8754-1.5381
44.2385-2.2302-0.54093.50450.99470.7764-0.044-0.1320.4642-0.0090.0848-0.5105-0.42060.1568-0.04090.0179-0.0762-0.06220.0019-0.04120.08152.3162-23.320515.498
50.9735-0.22270.82550.4786-0.20790.90630.08390.0927-0.0527-0.0435-0.0588-0.04740.05250.1825-0.0251-0.02250.01330.00790.03930.00420.0024.0995-41.9847.3763
61.0686-0.40810.10080.3138-0.3811.0433-0.0194-0.1042-0.06170.0104-0.0260.00030.1213-0.01880.0455-0.0050.0085-0.00780.02970.0199-0.00410.7798-44.571518.4403
73.1586-0.1221.83120.2414-0.04562.0751-0.0863-0.252-0.17420.03270.08750.0308-0.018-0.1927-0.0012-0.01260.00680.01810.03760.02060.0129-10.3736-44.915323.4458
80.6875-0.1938-0.07430.50050.5531.49150.0206-0.0407-0.035-0.04060.00070.04840.0713-0.0689-0.0213-0.01920.0108-0.0117-0.0034-0.0003-0.0019-13.3676-39.54464.4097
91.2612-0.10930.06680.9353-0.01880.9686-0.0552-0.03790.13680.01020.0179-0.0502-0.1488-0.01170.0373-0.00710.0097-0.0318-0.0011-0.00990.0008-9.2177-25.76769.6419
1019.3386-4.3793-4.032419.805310.954431.7677-0.0602-0.65851.2409-0.24490.54360.6652-1.1079-0.7528-0.4834-0.04410.03910.0040.0754-0.04950.0574-22.9126-22.755915.2991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2A37 - 49
3X-RAY DIFFRACTION3A50 - 64
4X-RAY DIFFRACTION4A65 - 89
5X-RAY DIFFRACTION5A90 - 163
6X-RAY DIFFRACTION6A164 - 225
7X-RAY DIFFRACTION7A226 - 273
8X-RAY DIFFRACTION8A274 - 319
9X-RAY DIFFRACTION9A320 - 392
10X-RAY DIFFRACTION10A393 - 396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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