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万見
- PDB-3eks: Crystal Structure of Monomeric Actin bound to Cytochalasin D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eks
タイトルCrystal Structure of Monomeric Actin bound to Cytochalasin D
要素Actin-5C
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Motor protein / ATP-state / fungal toxin / Acetylation / ATP-binding / Cytoplasm / Cytoskeleton / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / EPHB-mediated forward signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Cell-extracellular matrix interactions / RHOBTB2 GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / MAP2K and MAPK activation / Platelet degranulation ...Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / EPHB-mediated forward signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Cell-extracellular matrix interactions / RHOBTB2 GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / MAP2K and MAPK activation / Platelet degranulation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / DNA Damage Recognition in GG-NER / Clathrin-mediated endocytosis / UCH proteinases / sperm individualization / maintenance of protein location in cell / brahma complex / Ino80 complex / tube formation / mitotic cytokinesis / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoskeleton / hydrolase activity / chromatin remodeling / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family ...ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-CY9 / Actin-5C
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nair, U.B. / Joel, P.B. / Wan, Q. / Lowey, S. / Rould, M.A. / Trybus, K.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of monomeric actin bound to cytochalasin D.
著者: Nair, U.B. / Joel, P.B. / Wan, Q. / Lowey, S. / Rould, M.A. / Trybus, K.M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structures of Expressed Non-polymerizable Monomeric Actin in the ADP and ATP states
著者: Rould, M.A. / Wan, Q. / Joel, P.B. / Lowey, S. / Trybus, K.M.
履歴
登録2008年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin-5C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9225
ポリマ－41,8271
非ポリマー1,0954
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)195.207, 54.634, 38.569
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.650, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Actin-5C


分子量: 41826.668 Da / 分子数: 1 / 変異: A204E, P243K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Act5C, CG4027
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P10987
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CY9 / (3S,3aR,4S,6S,6aR,7E,10S,12R,13E,15R,15aR)-3-benzyl-6,12-dihydroxy-4,10,12-trimethyl-5-methylidene-1,11-dioxo-2,3,3a,4,5,6,6a,9,10,11,12,15-dodecahydro-1H-cycloundeca[d]isoindol-15-yl acetate / Cytochalasin D


分子量: 507.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H37NO6 / コメント: 阻害剤, alkaloid, 毒素*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.97 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, microseeding, macroseeding
pH: 5.2
詳細: 15.5% MPD, 0.1M sodium acetate, 0.1M NaCl, 0.02M CaCl2, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, MICROSEEDING, MACROSEEDING, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RUH3R11.5418
シンクロトロンAPS 23-ID-B21.0332
検出器
タイプID検出器日付
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2008年1月28日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2008年3月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1XENOCS MULTILAYER OPTICSSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.03321
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 38182 / Num. obs: 31036 / % possible obs: 81.3 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. unique all: 3193 / % possible all: 54.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
Blu-Iceデータ収集
EPMR位相決定
精密化解像度: 1.8→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 2500 6.6 %random
Rwork0.237 ---
all0.25 28761 --
obs0.25 28761 75.3 %-
溶媒の処理Bsol: 37.417 Å2
原子変位パラメータBiso max: 77.34 Å2 / Biso mean: 36.535 Å2 / Biso min: 14.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.809 Å20 Å211.065 Å2
2--7.169 Å20 Å2
3----13.978 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2900 0 70 271 3241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4851.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0882
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3122
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9372.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0073
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2cns_atp_param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION5cytD_prodrg_012607_nomin.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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