PDB-3eel: Candida glabrata Dihydrofolate Reductase complexed with 2,4-diami...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eel

タイトル

Candida glabrata Dihydrofolate Reductase complexed with 2,4-diamino-5-[3-methyl-3-(3-methoxy-5-(3,5-dimethylphenyl)phenyl)prop-1-ynyl]-6-methylpyrimidine(UCP11153TM) and NADPH

要素

Dihydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida glabrata (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Liu, J. / Anderson, A.

引用

ジャーナル: Chem.Biol.Drug Des. / 年: 2009
タイトル: Probing the active site of Candida glabrata dihydrofolate reductase with high resolution crystal structures and the synthesis of new inhibitors
著者: Liu, J. / Bolstad, D.B. / Smith, A.E. / Priestley, N.D. / Wright, D.L. / Anderson, A.C.

履歴

登録	2008年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年11月20日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eel.cif.gz	114.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eel.ent.gz	89.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eel.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3eel_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3eel_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3eel_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	3eel_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eel	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3eejC 3eekC 3eemC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qlx-1 3eem-1 4h98-1 4hog-1 3eek-1 3qlx-2 3eek-2 3eem-2 3cse-1 3ro9-2 4h98-2 3qlz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (9) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

B: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

55.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.830, 42.830, 230.984
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	B
2	3	A
1	4	B
2	4	A
1	5	B
2	5	A
1	6	B
2	6	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ASP	ASP	A	A	153 - 154	153 - 154
2	1	MET	MET	ASP	ASP	B	B	153 - 154	153 - 154
1	2	GLU	GLU	GLN	GLN	A	A	161 - 164	161 - 164
2	2	GLU	GLU	GLN	GLN	B	B	161 - 164	161 - 164
1	3	LEU	LEU	GLN	GLN	B	B	105 - 106	105 - 106
2	3	LEU	LEU	GLN	GLN	A	A	105 - 106	105 - 106
1	4	ASN	ASN	GLU	GLU	B	B	111 - 112	111 - 112
2	4	ASN	ASN	GLU	GLU	A	A	111 - 112	111 - 112
1	5	THR	THR	THR	THR	B	B	148 - 149	148 - 149
2	5	THR	THR	THR	THR	A	A	148 - 149	148 - 149
1	6	ASN	ASN	SER	SER	B	B	46 - 47	46 - 47
2	6	ASN	ASN	SER	SER	A	A	46 - 47	46 - 47

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase 分子量: 26427.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0J03894g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6FPH0
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-53T / 5-[(3R)-3-(5-methoxy-3',5'-dimethylbiphenyl-3-yl)but-1-yn-1-yl]-6-methylpyrimidine-2,4-diamine 分子量: 386.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₆N₄O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.63 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG4000, MgCl2, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
CgB5	100	1
1		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25

検出器

検出器: CCD / 日付: 2008年2月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 1.95→42.8 Å / Num. obs: 28869 / 冗長度: 4 % / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 17.6

反射シェル

解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.284

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

解像度: 1.95→42.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / WR_factor R_free: 0.318 / WR_factor R_work: 0.248 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.6 / SU B: 4.199 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	1456	5 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
obs	0.174	28869	96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 56.02 Å² / B_iso mean: 19.807 Å² / B_iso min: 4.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3688	0	154	262	4104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.032	0.022	3796
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.839	1.992	5157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	22.405	5	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.358	23.939	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.649	15	619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.889	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.243	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.329	0.2	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	2342
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.429	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.035	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.479	1.5	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.156	2	3590
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.446	3	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.543	4.5	1567

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	8	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
1	A	8	LOOSE POSITIONAL	0.14	5
1	A	8	TIGHT THERMAL	0.18	0.5
1	A	8	LOOSE THERMAL	0.58	10
2	A	16	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
2	A	19	LOOSE POSITIONAL	0.36	5
2	A	16	TIGHT THERMAL	0.13	0.5
2	A	19	LOOSE THERMAL	0.56	10
3	B	8	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
3	B	9	LOOSE POSITIONAL	0.53	5
3	B	8	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
3	B	9	LOOSE THERMAL	1.24	10
4	B	8	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
4	B	9	LOOSE POSITIONAL	0.65	5
4	B	8	TIGHT THERMAL	0.28	0.5
4	B	9	LOOSE THERMAL	1.45	10
5	B	8	TIGHT POSITIONAL	0.09	0.05
5	B	6	LOOSE POSITIONAL	0.1	5
5	B	8	TIGHT THERMAL	0.12	0.5
5	B	6	LOOSE THERMAL	0.46	10
6	B	8	TIGHT POSITIONAL	0.1	0.05
6	B	6	LOOSE POSITIONAL	0.72	5
6	B	8	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
6	B	6	LOOSE THERMAL	1.45	10

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.95-2	0.366	66	0.249	1298	2171	62.828
2-2.055	0.341	86	0.258	1795	2157	87.204
2.055-2.114	0.329	120	0.244	1921	2094	97.469
2.114-2.179	0.356	126	0.24	1932	2069	99.468
2.179-2.251	0.351	89	0.234	1910	1999	100
2.251-2.329	0.403	85	0.244	1814	1899	100
2.329-2.417	0.319	84	0.248	1768	1852	100
2.417-2.515	0.376	73	0.26	1734	1807	100
2.515-2.627	0.382	101	0.26	1564	1667	99.88
2.627-2.754	0.402	75	0.268	1565	1640	100
2.754-2.903	0.374	68	0.273	1508	1578	99.873
2.903-3.078	0.316	66	0.259	1397	1468	99.659
3.078-3.289	0.341	70	0.254	1322	1400	99.429
3.289-3.551	0.309	63	0.248	1214	1284	99.455
3.551-3.887	0.318	69	0.237	1099	1180	98.983
3.887-4.342	0.256	67	0.217	996	1074	98.976
4.342-5.005	0.233	51	0.225	881	941	99.044
5.005-6.109	0.279	47	0.301	766	814	99.877
6.109-8.553	0.34	34	0.318	591	625	100
8.553-42.835	0.334	16	0.27	338	354	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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