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- PDB-3dy6: PPARdelta complexed with an anthranilic acid partial agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dy6
タイトルPPARdelta complexed with an anthranilic acid partial agonist
要素Peroxisome proliferator-activated receptor delta
キーワードTRANSCRIPTION / PPAR / nulear receptor / Activator / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / fat cell proliferation / positive regulation of epidermis development / axon ensheathment / positive regulation of fat cell proliferation / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / negative regulation of smooth muscle cell migration ...keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / fat cell proliferation / positive regulation of epidermis development / axon ensheathment / positive regulation of fat cell proliferation / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / negative regulation of smooth muscle cell migration / fatty acid catabolic process / positive regulation of myoblast proliferation / proteoglycan metabolic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of fatty acid oxidation / phospholipid biosynthetic process / Carnitine shuttle / negative regulation of myoblast differentiation / response to vitamin A / Signaling by Retinoic Acid / positive regulation of fatty acid metabolic process / fatty acid beta-oxidation / negative regulation of cholesterol storage / cell-substrate adhesion / nuclear steroid receptor activity / decidualization / keratinocyte proliferation / adipose tissue development / NF-kappaB binding / positive regulation of fat cell differentiation / fatty acid transport / response to glucose / cholesterol metabolic process / intracellular receptor signaling pathway / energy homeostasis / hormone-mediated signaling pathway / embryo implantation / negative regulation of miRNA transcription / cellular response to nutrient levels / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / response to activity / lipid metabolic process / generation of precursor metabolites and energy / apoptotic signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / wound healing / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / fatty acid metabolic process / negative regulation of cell growth / Nuclear Receptor transcription pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / nuclear receptor activity / glucose metabolic process / transcription coactivator binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / negative regulation of epithelial cell proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / heart development / cellular response to lipopolysaccharide / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell population proliferation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / lipid binding / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DY6 / IODIDE ION / Peroxisome proliferator-activated receptor delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lambert, M.L. / Xu, R. / Shearer, B.G. / Wilson, T.M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Discovery of a novel class of PPARdelta partial agonists
著者: Shearer, B.G. / Patel, H.S. / Billin, A.N. / Way, J.M. / Winegar, D.A. / Lambert, M.H. / Xu, R.X. / Leesnitzer, L.M. / Merrihew, R.V. / Huet, S. / Willson, T.M.
履歴
登録2008年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
B: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0345
ポリマ－62,0342
非ポリマー1,0003
水55831
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子

B: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0345
ポリマ－62,0342
非ポリマー1,0003
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area1490 Å2
ΔGint-15.6 kcal/mol
Surface area24270 Å2
手法PISA
2
B: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子

A: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0345
ポリマ－62,0342
非ポリマー1,0003
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.886, 94.324, 97.066
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 1

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1VALVALAA208 - 4702 - 264
2ASPASPBB210 - 4704 - 264

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor delta / PPAR-delta / PPAR- beta / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 2 / Nuclear hormone receptor ...PPAR-delta / PPAR- beta / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 2 / Nuclear hormone receptor 1 / NUC1 / NUCI


分子量: 31017.061 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand binding domain residues 171-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARD, NR1C2, PPARB / Plasmid details: T7 promoter / プラスミド: pRSETa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03181
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-DY6 / 2-({[3-(3,4-dihydroisoquinolin-2(1H)-ylsulfonyl)phenyl]carbonyl}amino)benzoic acid


分子量: 436.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H20N2O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100mM potassium iodide, PEG3500, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→96.22 Å / Num. all: 14657 / Num. obs: 14657 / % possible obs: 97.16 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 852 / % possible all: 76

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GWX

3gwx


解像度: 2.9→24.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 30.974 / SU ML: 0.295 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24445 786 5.1 %RANDOM
Rwork0.21708 ---
obs0.21852 14657 97.16 %-
all-14657 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.63 Å20 Å20.51 Å2
2--3.55 Å20 Å2
3----6.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→24.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4064 0 63 31 4158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224266
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0481.9815788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.515516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.91723.967184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.24315738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4521522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.21854
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.22996
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2590.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1620.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2291.52597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.41424177
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.67231802
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1734.51609
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1990 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.040.05
tight thermal0.080.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 46 -
Rwork0.31 852 -
obs--76.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2281-0.0061-1.19732.46340.69326.0172-0.04240.2098-0.14590.0289-0.03310.0050.1247-0.29330.0755-0.3465-0.0412-0.0226-0.2939-0.0262-0.1627.51927.636366.2682
22.17080.2474-0.25462.5371-1.45087.73470.0570.10050.16050.02470.02170.0833-0.24410.2852-0.0787-0.0998-0.06770.0206-0.2172-0.0226-0.1341-0.0881-0.565418.7414
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA208 - 4702 - 264
2X-RAY DIFFRACTION2BB210 - 4704 - 264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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