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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3df9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E. coli MTA/SAH nucleosidase in complex with BnT-DADMeImmA | ||||||
要素 | MTA/SAH nucleosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / mixed alpha/beta dimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine deoxyribonucleoside catabolic process / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Siu, K.K.W. / Howell, P.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008 タイトル: Structure of Staphylococcus aureus 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase 著者: Siu, K.K. / Lee, J.E. / Smith, G.D. / Horvatin-Mrakovcic, C. / Howell, P.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3df9.cif.gz | 107.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3df9.ent.gz | 82 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3df9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3df9_validation.pdf.gz | 1012.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3df9_full_validation.pdf.gz | 996 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3df9_validation.xml.gz | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3df9_validation.cif.gz | 31.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/3df9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/3df9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25488.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: mtnN, pfs / プラスミド: pPROEX HTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AF14, adenosylhomocysteine nucleosidase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 35 % (v/v) 2-propanol, 50 mM sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月20日 |
放射 | モノクロメーター: Confocal multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→63.93 Å / Num. all: 34475 / Num. obs: 33372 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 15.9 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 24.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 15.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / % possible all: 95.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1Y6Q 解像度: 1.95→63.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.384 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.654 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→63.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
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