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万見
- PDB-3d1f: Crystal structure of E. coli sliding clamp (beta) bound to a poly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d1f
タイトルCrystal structure of E. coli sliding clamp (beta) bound to a polymerase III peptide
要素
  • DNA polymerase III subunit beta
  • Nonapeptide from polymerase III C-terminal
キーワードTRANSFERASE / TRANSCRIPTION / chemical probe / DNA polymerase / DNA sliding clamp / DNA replication / rational drug design / antibiotic target
機能・相同性
機能・相同性情報


Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-prone translesion synthesis / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 3'-5' exonuclease activity ...Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-prone translesion synthesis / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-323 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Georgescu, R.E. / Yurieva, O. / Seung-Sup, K. / Kuriyan, J. / Kong, X.-P. / O'Donnell, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structure of a small-molecule inhibitor of a DNA polymerase sliding clamp.
著者: Georgescu, R.E. / Yurieva, O. / Kim, S.S. / Kuriyan, J. / Kong, X.P. / O'Donnell, M.
履歴
登録2008年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit beta
B: DNA polymerase III subunit beta
P: Nonapeptide from polymerase III C-terminal
Q: Nonapeptide from polymerase III C-terminal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4928
ポリマ－83,4514
非ポリマー1,0414
水10,052558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area34460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.778, 65.778, 209.472
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase III subunit beta / E.C.2.7.7.7


分子量: 40630.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dnaN / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A988, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質・ペプチド Nonapeptide from polymerase III C-terminal


分子量: 1095.114 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: the sequence occurs naturally in E. coli
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-323 / 2-[3,6-bis(dimethylamino)xanthen-9-yl]-5-methanoyl-benzoate / 5-Carboxy-N,N'-tetramethyl rhodamine


分子量: 414.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H22N2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.77 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 27.5% PEG400, 100 mM MES pH 6.2, 100 mM calcium chloride and 1% DMSO, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.959 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.959 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 74358 / % possible obs: 92.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 8.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2POL

2pol


解像度: 2→44.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Data cutoff high absF: 438619.61 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 6565 9.6 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs-65050 95 %-
溶媒の処理Bsol: 61.8461 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.224 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.25 Å20 Å20 Å2
2--2.25 Å20 Å2
3----4.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.06 Å-0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5842 0 62 572 6476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å /
反射数%反射
all9467 -
obs9467 92 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3tmr_xplor.par
X-RAY DIFFRACTION4peg_xplor.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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