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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cse | ||||||
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タイトル | Candida glabrata Dihydrofolate Reductase complexed with NADPH and 2,4-diamino-5-(3-(2,5-dimethoxyphenyl)prop-1-ynyl)-6-ethylpyrimidine (UCP120B) | ||||||
要素 | Dihydrofolate reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / protein-ligand complex / reductase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candida glabrata (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, J. / Anderson, A.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008 タイトル: Structure-guided development of efficacious antifungal agents targeting Candida glabrata dihydrofolate reductase. 著者: Liu, J. / Bolstad, D.B. / Smith, A.E. / Priestley, N.D. / Wright, D.L. / Anderson, A.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cse.cif.gz | 117.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cse.ent.gz | 90.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cse.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3cse_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3cse_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3cse_validation.xml.gz | 27.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3cse_validation.cif.gz | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/3cse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/3cse | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26427.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: DHFR / プラスミド: pET41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6FPH0, dihydrofolate reductase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.07 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30 % PEG 4000, 0.2 M MgCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2007年7月26日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 50325 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→40.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 1.884 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.182 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.601→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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