温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: The WT-TTR was concentrated to 4 mg/mL in 10 mM NaPi, 100 mM KCl, at pH 7.6 and co-crystallized at room temperature using the vapor diffusion sitting drop method. Crystals were grown from 1. ...詳細: The WT-TTR was concentrated to 4 mg/mL in 10 mM NaPi, 100 mM KCl, at pH 7.6 and co-crystallized at room temperature using the vapor diffusion sitting drop method. Crystals were grown from 1.395 M sodium citrate, 3.5% v/v glycerol at pH 5.5. The crystals were frozen using a cryo-protectant solution of 1.395 M sodium citrate, pH 5.5, containing 10% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
-
データ収集
回折
平均測定温度: 100 K
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器
タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月24日
放射
モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 37877 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 34.6
反射 シェル
解像度: 1.51→1.56 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique all: 22509 / Rsym value: 0.227 / % possible all: 99
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
3.005
データ抽出
HKL-2000
データ収集
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
REFMAC
5.2.0019
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.52→38.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.101 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.189
1858
5 %
RANDOM
Rwork
0.161
-
-
-
obs
0.162
37307
99.69 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK