+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3b30 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of F. graminearum TRI101 complexed with Ethyl Coenzyme A | ||||||
![]() | Trichothecene 3-O-acetyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / acetyltransferase / BAHD superfamily / trichothecene / deoxynivalenol / T-2 / acetyl CoA / Fusarium / TRI101 | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Garvey, G.S. / Rayment, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional Characterization of the TRI101 Trichothecene 3-O-Acetyltransferase from Fusarium sporotrichioides and Fusarium graminearum: KINETIC INSIGHTS TO COMBATING FUSARIUM HEAD BLIGHT 著者: Garvey, G.S. / McCormick, S.P. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 80.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49449.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PH-1 / 遺伝子: Tri101 / Plasmid details: rTEV cleavable N terminal His Tag / プラスミド: pET31b / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ETB / |
#3: 化合物 | ChemComp-MPO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.58 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 2.1M sodium malonate, 100 mM 3-N-morpholino propanesulfonic acid, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97907 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 612294 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 19.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Mean I/σ(I) obs: 19.7 / % possible all: 99.3 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2ZBA 解像度: 1.97→35.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 2.752 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.887 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→35.14 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.97→2.023 Å / Total num. of bins used: 20
|