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- PDB-3az9: Beta-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabZ) from Pla... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3az9 | ||||||
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Title | Beta-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabZ) from Plasmodium falciparum in complex with NAS91 | ||||||
![]() | Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase | ||||||
![]() | LYASE/INHIBITOR / hot dog fold / FabZ / beta-hydroxyacyl acyl carrier protein dehydratase / Lyase / acyl carrier protein / LYASE-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / lipid A biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Maity, K. / Venkata, B.S. / Kapoor, N. / Surolia, N. / Surolia, A. / Suguna, K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for the functional and inhibitory mechanisms of beta-hydroxyacyl-acyl carrier protein dehydratase (FabZ) of Plasmodium falciparum Authors: Maity, K. / Venkata, B.S. / Kapoor, N. / Surolia, N. / Surolia, A. / Suguna, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 542.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.9 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 134 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 172.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3az8C ![]() 3azaC ![]() 3azbC ![]() 1z6bS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 89 - 227 / Label seq-ID: 13 - 151
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 17038.904 Da / Num. of mol.: 24 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: fabz / Plasmid: PET-28a(+)(NOVAGEN) / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q965D7, Lyases; Carbon-oxygen lyases; Hydro-lyases #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-PO4 / | #4: Chemical | ChemComp-K91 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 20-25% PEG 8000, 0.1M MES, 0.1-0.3M KH2PO4, 15-20% glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 30, 2010 | |||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2.75→54.15 Å / Num. obs: 93862 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 58.68 Å2 / Rsym value: 0.162 / Net I/σ(I): 7.7 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.9 Å / Redundancy: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 13657 / Rsym value: 0.576 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1Z6B Resolution: 2.75→51.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.834 / SU B: 20.63 / SU ML: 0.383 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.093 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: BULK SOLVENT MODEL USED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.458 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→51.58 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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