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万見
- PDB-3a2h: Crystal structure of the rat vitamin D receptor ligand binding do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a2h
タイトルCrystal structure of the rat vitamin D receptor ligand binding domain complexed with TEI-9647 and a synthetic peptide containing the NR2 box of DRIP 205
要素
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 peptide
  • Vitamin D3 receptor
キーワードHORMONE RECEPTOR / TRANSCRIPTION / hormone/growth factor receptor / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription regulation / Zinc-finger / Activator / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / enucleate erythrocyte development / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / regulation of RNA biosynthetic process / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / mammary gland branching involved in thelarche / retinal pigment epithelium development / SUMOylation of intracellular receptors ...negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / enucleate erythrocyte development / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / regulation of RNA biosynthetic process / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / mammary gland branching involved in thelarche / retinal pigment epithelium development / SUMOylation of intracellular receptors / G0 to G1 transition / Nuclear Receptor transcription pathway / thyroid hormone receptor signaling pathway / response to bile acid / dense fibrillar component / core mediator complex / positive regulation of parathyroid hormone secretion / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / apoptotic process involved in mammary gland involution / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to vitamin D / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / vitamin D binding / lithocholic acid binding / bile acid nuclear receptor activity / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / thyroid hormone generation / mediator complex / nuclear retinoic acid receptor binding / positive regulation of keratinocyte differentiation / Generic Transcription Pathway / embryonic heart tube development / cellular response to thyroid hormone stimulus / negative regulation of ossification / vitamin D receptor signaling pathway / embryonic hindlimb morphogenesis / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / peroxisome proliferator activated receptor binding / positive regulation of hepatocyte proliferation / nuclear vitamin D receptor binding / intestinal absorption / lens development in camera-type eye / nuclear thyroid hormone receptor binding / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / embryonic hemopoiesis / megakaryocyte development / cellular response to steroid hormone stimulus / response to aldosterone / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / histone acetyltransferase binding / RSV-host interactions / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / LBD domain binding / fat cell differentiation / mammary gland branching involved in pregnancy / monocyte differentiation / regulation of calcium ion transport / decidualization / general transcription initiation factor binding / negative regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of neuron differentiation / hematopoietic stem cell differentiation / embryonic placenta development / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / animal organ regeneration / erythrocyte development / heterochromatin / nuclear retinoid X receptor binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / ubiquitin ligase complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / keratinocyte differentiation / T-tubule / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / cellular response to epidermal growth factor stimulus / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / positive regulation of erythrocyte differentiation / liver development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / apoptotic signaling pathway / skeletal system development / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / promoter-specific chromatin binding / animal organ morphogenesis / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / Heme signaling / brain development / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / cell morphogenesis / euchromatin / caveola / PPARA activates gene expression
類似検索 - 分子機能
: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TEJ / Vitamin D3 receptor / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kakuda, S. / Takimoto-Kamimura, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Structural basis of the histidine-mediated vitamin D receptor agonistic and antagonistic mechanisms of (23S)-25-dehydro-1alpha-hydroxyvitamin D(3)-26,23-lactone
著者: Kakuda, S. / Ishizuka, S. / Eguchi, H. / Mizwicki, M.T. / Norman, A.W. / Takimoto-Kamimura, M.
履歴
登録2009年5月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月9日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
B: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0533
ポリマ－31,6262
非ポリマー4271
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11880 Å2
手法PISA
2
A: Vitamin D3 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4822
ポリマ－30,0551
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 peptide


  • 登録者が定義した集合体
  • 1.57 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5711
ポリマ－1,5711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.809, 45.349, 46.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 30055.498 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain, residues 116-423 / 変異: DEL(165-211) mutant / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vdr, Nr1i1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13053
#2: タンパク質・ペプチド Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 peptide / DRIP 205 NR2 box peptide / Mediator complex subunit 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor- ...DRIP 205 NR2 box peptide / Mediator complex subunit 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor-binding protein / Vitamin D receptor-interacting protein complex component DRIP205 / Activator-recruited cofactor 205 kDa component


分子量: 1570.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15648
#3: 化合物 ChemComp-TEJ / (1S,3R,5Z,7E,20S,23S)-1,3-dihydroxy-23,26-epoxy-9,10-secocholesta-5,7,10,25(27)-tetraen-26-one / (23S)-25-dehydro-1alpha-hydroxyvitamin D3-26,23-lactone


分子量: 426.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H38O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE LIGAND TEJ CAN BE CALLED AS TEI-9647.
配列の詳細THIS PROTEIN VITAMIN D3 RECEPTOR IS A DELETION MUTANT. THE RESIDUES 165-211 WERE DELETED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.2M malonic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 9008 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 28263
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1rk3

1rk3


解像度: 2.5→40.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU B: 11.654 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 1.311 / ESU R Free: 0.385 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30939 434 4.8 %RANDOM
Rwork0.22919 ---
obs0.23282 8573 99.29 %-
all-9008 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.112 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1965 0 31 46 2042
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222039
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3341.9982761
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.115243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.31924.55690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.86215369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.411511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2945
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.21402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.273
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0980.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.561.51280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9722001
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3933847
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.284.5760
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 35 -
Rwork0.268 605 -
obs--95.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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