+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3939 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Local refinement of the extra density that tethers 26S proteasomes to the NPC basket | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 36.48 Å | |||||||||
データ登録者 | Albert S / Schaffer M / Beck F / Mosalaganti S / Asano S / Thomas HF / Plitzko J / Beck M / Baumeister W / Engel BD | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017 タイトル: Proteasomes tether to two distinct sites at the nuclear pore complex. 著者: Sahradha Albert / Miroslava Schaffer / Florian Beck / Shyamal Mosalaganti / Shoh Asano / Henry F Thomas / Jürgen M Plitzko / Martin Beck / Wolfgang Baumeister / Benjamin D Engel / 要旨: The partitioning of cellular components between the nucleus and cytoplasm is the defining feature of eukaryotic life. The nuclear pore complex (NPC) selectively gates the transport of macromolecules ...The partitioning of cellular components between the nucleus and cytoplasm is the defining feature of eukaryotic life. The nuclear pore complex (NPC) selectively gates the transport of macromolecules between these compartments, but it is unknown whether surveillance mechanisms exist to reinforce this function. By leveraging in situ cryo-electron tomography to image the native cellular environment of , we observed that nuclear 26S proteasomes crowd around NPCs. Through a combination of subtomogram averaging and nanometer-precision localization, we identified two classes of proteasomes tethered via their Rpn9 subunits to two specific NPC locations: binding sites on the NPC basket that reflect its eightfold symmetry and more abundant binding sites at the inner nuclear membrane that encircle the NPC. These basket-tethered and membrane-tethered proteasomes, which have similar substrate-processing state frequencies as proteasomes elsewhere in the cell, are ideally positioned to regulate transcription and perform quality control of both soluble and membrane proteins transiting the NPC. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3939.map.gz | 15.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-3939-v30.xml emd-3939.xml | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3939.png | 14.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3939 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3939 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3939_validation.pdf.gz | 202.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_3939_full_validation.pdf.gz | 201.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3939_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3939 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3939 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3939.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Local refinement of the extra density that tethers 26S proteasome...
全体 | 名称: Local refinement of the extra density that tethers 26S proteasomes to the NPC basket |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Local refinement of the extra density that tethers 26S proteasome...
超分子 | 名称: Local refinement of the extra density that tethers 26S proteasomes to the NPC basket タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Fusion structure of two in situ subtomogram averages: the 26S double-capped proteasome (EMDB-3932) and a local refinement of the extra density tethering the proteasome to the NPC basket (EMDB- ...詳細: Fusion structure of two in situ subtomogram averages: the 26S double-capped proteasome (EMDB-3932) and a local refinement of the extra density tethering the proteasome to the NPC basket (EMDB-3937). Proteasomes were imaged within the native Chlamydomonas cell. Cells were thinned by focused ion beam milling. |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 株: mat3-4 |
分子量 | 理論値: 2 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Blotted for 10 seconds with 10 blot force before plunging.. |
詳細 | Local refinement of the extra density (EMDB-3937) that tethers 26S proteasomes (EMDB-3932) to the NPC basket within the native Chlamydomonas cell. Whole cells were plunge-frozen onto EM grids and then thinned with a cryo-focused ion beam instrument. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 1.5 e/Å2 詳細: Images were collected in movie mode at 12 frames per second |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 倍率(公称値): 42000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 36.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF 詳細: Fusion of a 26S double-capped proteasome subtomogram average (EMDB-3932) with locally refined extra density from the basket-tethered 26S proteasome subtomogram average (EMDB-3937) 使用したサブトモグラム数: 193 |
---|---|
抽出 | トモグラム数: 76 / 使用した粒子像数: 3385 |
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) ソフトウェア - 詳細: CTFFIND was used with the Relion package |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION |