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- EMDB-38243: SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex has a dimer-of-dimer... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38243
タイトルSARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex has a dimer-of-dimeric architecture (ddRTC) in pre-capping initiation.
マップデータ
試料
  • 複合体: E-RCT tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Replicase polyprotein 1ab
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 7
    • タンパク質・ペプチド: Helicase
    • RNA: RNA (39-MER)
    • RNA: RNA (39-MER)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHATE ION
キーワードSARS-CoV-2 / Replication-Transcription Complex / helicase / RNA unwinding / cryo-EM / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / methyltransferase activity / protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins ...viral genome replication / methyltransferase activity / protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / TRAF3-dependent IRF activation pathway / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / snRNP Assembly / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / endonuclease activity / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / methylation / symbiont-mediated degradation of host mRNA / host cell endosome / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA helicase / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / regulation of autophagy / viral protein processing / lyase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / copper ion binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated activation of host autophagy / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / : / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / Coronavirus replicase NSP7 / : / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1a / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Yan L / Lou Z
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2024YFC2607300 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371258 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82341073 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the concurrence of template recycling and RNA capping in SARS-CoV-2.
著者: Liming Yan / Yucen Huang / Yixiao Liu / Ji Ge / Shan Gao / Liping Tan / Lu Liu / Zhenyu Liu / Sihan Ye / Junbo Wang / Jiangran Xiong / Yu Zhou / Hesheng Zhao / Xiaoyue Zhao / Luke W Guddat / ...著者: Liming Yan / Yucen Huang / Yixiao Liu / Ji Ge / Shan Gao / Liping Tan / Lu Liu / Zhenyu Liu / Sihan Ye / Junbo Wang / Jiangran Xiong / Yu Zhou / Hesheng Zhao / Xiaoyue Zhao / Luke W Guddat / Yan Gao / Lan Zhu / Zihe Rao / Zhiyong Lou /
要旨: In the SARS-CoV-2 replication-transcription complex (RTC), the nascent template-product duplex is unwound into a template strand for recycling and a product strand that needs to be capped. Here, we ...In the SARS-CoV-2 replication-transcription complex (RTC), the nascent template-product duplex is unwound into a template strand for recycling and a product strand that needs to be capped. Here, we determined structures of the SARS-CoV-2 RTC in the pre- and post-capping initiation (CI) states. In the pre-CI state, the RTC has a dimer-of-dimeric architecture (ddRTC). The upstream RNA duplex in one RTC is reciprocally unwound by a helicase in a head-to-head-positioned RTC in the 3'-5' direction. The helicases bind either ADP or ADP⋅P in their ATP-binding pockets, suggesting a mechanism for ATP-hydrolysis-driven unwinding. In the post-CI state, the binding of nsp9 to the nsp12 nidovirus RdRp-associated nucleotidyltransferase (NiRAN) disrupts the ddRTC. The N terminus of nsp9 and the triphosphorylated 5' end of the product strand co-localize in NiRAN's catalytic site, exhibiting the state prior to nsp9 RNAylation for capping. These results provide an insight into the concurrence of template recycling and RNA capping in the SARS-CoV-2 RTC.
履歴
登録2023年12月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38243.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38243.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 448 pix.
= 488.32 Å		1.09 Å/pix.
x 448 pix.
= 488.32 Å		1.09 Å/pix.
x 448 pix.
= 488.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.7734338 - 3.3771129
平均 (標準偏差)-0.00061183475 (±0.0772992)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 488.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38243_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_38243_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : E-RCT tetramer

全体名称: E-RCT tetramer
要素
  • 複合体: E-RCT tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Replicase polyprotein 1ab
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 7
    • タンパク質・ペプチド: Helicase
    • RNA: RNA (39-MER)
    • RNA: RNA (39-MER)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHATE ION

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超分子 #1: E-RCT tetramer

超分子名称: E-RCT tetramer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

+
分子 #1: Replicase polyprotein 1ab

分子名称: Replicase polyprotein 1ab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 108.162461 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SADAQSFLNR VCGVSAARLT PCGTGTSTDV VYRAFDIYND KVAGFAKFLK TNCCRFQEKD EDDNLIDSYF VVKRHTFSNY QHEETIYNL LKDCPAVAKH DFFKFRIDGD MVPHISRQRL TKYTMADLVY ALRHFDEGNC DTLKEILVTY NCCDDDYFNK K DWYDFVEN ...文字列:
SADAQSFLNR VCGVSAARLT PCGTGTSTDV VYRAFDIYND KVAGFAKFLK TNCCRFQEKD EDDNLIDSYF VVKRHTFSNY QHEETIYNL LKDCPAVAKH DFFKFRIDGD MVPHISRQRL TKYTMADLVY ALRHFDEGNC DTLKEILVTY NCCDDDYFNK K DWYDFVEN PDILRVYANL GERVRQALLK TVQFCDAMRN AGIVGVLTLD NQDLNGNWYD FGDFIQTTPG SGVPVVDSYY SL LMPILTL TRALTAESHV DTDLTKPYIK WDLLKYDFTE ERLKLFDRYF KYWDQTYHPN CVNCLDDRCI LHCANFNVLF STV FPPTSF GPLVRKIFVD GVPFVVSTGY HFRELGVVHN QDVNLHSSRL SFKELLVYAA DPAMHAASGN LLLDKRTTCF SVAA LTNNV AFQTVKPGNF NKDFYDFAVS KGFFKEGSSV ELKHFFFAQD GNAAISDYDY YRYNLPTMCD IRQLLFVVEV VDKYF DCYD GGCINANQVI VNNLDKSAGF PFNKWGKARL YYDSMSYEDQ DALFAYTKRN VIPTITQMNL KYAISAKNRA RTVAGV SIC STMTNRQFHQ KLLKSIAATR GATVVIGTSK FYGGWHNMLK TVYSDVENPH LMGWDYPKCD RAMPNMLRIM ASLVLAR KH TTCCSLSHRF YRLANECAQV LSEMVMCGGS LYVKPGGTSS GDATTAYANS VFNICQAVTA NVNALLSTDG NKIADKYV R NLQHRLYECL YRNRDVDTDF VNEFYAYLRK HFSMMILSDD AVVCFNSTYA SQGLVASIKN FKSVLYYQNN VFMSEAKCW TETDLTKGPH EFCSQHTMLV KQGDDYVYLP YPDPSRILGA GCFVDDIVKT DGTLMIERFV SLAIDAYPLT KHPNQEYADV FHLYLQYIR KLHDELTGHM LDMYSVMLTN DNTSRYWEPE FYEAMYTPHT VLQHHHHHHH HHH

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

+
分子 #2: Non-structural protein 8

分子名称: Non-structural protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 21.903047 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: AIASEFSSLP SYAAFATAQE AYEQAVANGD SEVVLKKLKK SLNVAKSEFD RDAAMQRKLE KMADQAMTQM YKQARSEDKR AKVTSAMQT MLFTMLRKLD NDALNNIINN ARDGCVPLNI IPLTTAAKLM VVIPDYNTYK NTCDGTTFTY ASALWEIQQV V DADSKIVQ ...文字列:
AIASEFSSLP SYAAFATAQE AYEQAVANGD SEVVLKKLKK SLNVAKSEFD RDAAMQRKLE KMADQAMTQM YKQARSEDKR AKVTSAMQT MLFTMLRKLD NDALNNIINN ARDGCVPLNI IPLTTAAKLM VVIPDYNTYK NTCDGTTFTY ASALWEIQQV V DADSKIVQ LSEISMDNSP NLAWPLIVTA LRANSAVKLQ

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

+
分子 #3: Non-structural protein 7

分子名称: Non-structural protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 9.248804 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
SKMSDVKCTS VVLLSVLQQL RVESSSKLWA QCVQLHNDIL LAKDTTEAFE KMVSLLSVLL SMQGAVDINK LCEEMLDNRA TLQ

UniProtKB: Replicase polyprotein 1a

+
分子 #4: Helicase

分子名称: Helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 66.930531 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: AVGACVLCNS QTSLRCGACI RRPFLCCKCC YDHVISTSHK LVLSVNPYVC NAPGCDVTDV TQLYLGGMSY YCKSHKPPIS FPLCANGQV FGLYKNTCVG SDNVTDFNAI ATCDWTNAGD YILANTCTER LKLFAAETLK ATEETFKLSY GIATVREVLS D RELHLSWE ...文字列:
AVGACVLCNS QTSLRCGACI RRPFLCCKCC YDHVISTSHK LVLSVNPYVC NAPGCDVTDV TQLYLGGMSY YCKSHKPPIS FPLCANGQV FGLYKNTCVG SDNVTDFNAI ATCDWTNAGD YILANTCTER LKLFAAETLK ATEETFKLSY GIATVREVLS D RELHLSWE VGKPRPPLNR NYVFTGYRVT KNSKVQIGEY TFEKGDYGDA VVYRGTTTYK LNVGDYFVLT SHTVMPLSAP TL VPQEHYV RITGLYPTLN ISDEFSSNVA NYQKVGMQKY STLQGPPGTG KSHFAIGLAL YYPSARIVYT ACSHAAVDAL CEK ALKYLP IDKCSRIIPA RARVECFDKF KVNSTLEQYV FCTVNALPET TADIVVFDEI SMATNYDLSV VNARLRAKHY VYIG DPAQL PAPRTLLTKG TLEPEYFNSV CRLMKTIGPD MFLGTCRRCP AEIVDTVSAL VYDNKLKAHK DKSAQCFKMF YKGVI THDV SSAINRPQIG VVREFLTRNP AWRKAVFISP YNSQNAVASK ILGLPTQTVD SSQGSEYDYV IFTQTTETAH SCNVNR FNV AITRAKVGIL CIMSDRDLYD KLQFTSLEIP RRNVATLQ

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

+
分子 #5: RNA (39-MER)

分子名称: RNA (39-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 4
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 12.688619 KDa
配列文字列:
CAUGGGAAAU GCUACGCGGU AGUAGCAUGC UAGGAGCAG

+
分子 #6: RNA (39-MER)

分子名称: RNA (39-MER) / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 4
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 12.316291 KDa
配列文字列:
CUGCUCCUAG CAUGCUACUA CCGCGUAGCA UUUCCCAUG

+
分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 32 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #8: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #10: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7cyq

最終 再構成使用したクラス数: 155382 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 213540
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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