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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3764 | |||||||||
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タイトル | Sub-tomogram average of cytosolic yeast ribosomes associated with ER vesicles | |||||||||
マップデータ | Sub-tomogram average of cytosolic yeast ribosomes bound to ER vesicles | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 44.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Gold VAM / Chroscicki P / Bragoszewski P / Chacinska A | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2017 タイトル: Visualization of cytosolic ribosomes on the surface of mitochondria by electron cryo-tomography. 著者: Vicki Am Gold / Piotr Chroscicki / Piotr Bragoszewski / Agnieszka Chacinska / 要旨: We employed electron cryo-tomography to visualize cytosolic ribosomes on the surface of mitochondria. Translation-arrested ribosomes reveal the clustered organization of the TOM complex, ...We employed electron cryo-tomography to visualize cytosolic ribosomes on the surface of mitochondria. Translation-arrested ribosomes reveal the clustered organization of the TOM complex, corroborating earlier reports of localized translation. Ribosomes are shown to interact specifically with the TOM complex, and nascent chain binding is crucial for ribosome recruitment and stabilization. Ribosomes are bound to the membrane in discrete clusters, often in the vicinity of the crista junctions. This interaction highlights how protein synthesis may be coupled with transport. Our work provides unique insights into the spatial organization of cytosolic ribosomes on mitochondria. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3764.map.gz | 1.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3764-v30.xml emd-3764.xml | 8.3 KB 8.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3764.png | 141.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3764 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3764 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3764_validation.pdf.gz | 234.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3764_full_validation.pdf.gz | 233.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3764_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3764 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3764 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3764.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sub-tomogram average of cytosolic yeast ribosomes bound to ER vesicles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : S. cerevisiae cytosolic ribosomes associated with ER vesicles
全体 | 名称: S. cerevisiae cytosolic ribosomes associated with ER vesicles |
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要素 |
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-超分子 #1: S. cerevisiae cytosolic ribosomes associated with ER vesicles
超分子 | 名称: S. cerevisiae cytosolic ribosomes associated with ER vesicles タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE 詳細: blotted for ~4 s on one side in a humidified atmosphere. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 44.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.8.46) / 使用したサブトモグラム数: 230 |
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抽出 | トモグラム数: 14 / 使用した粒子像数: 230 / ソフトウェア - 名称: IMOD |
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.8.46) |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |