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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36451 | |||||||||
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タイトル | The Cryo-EM structure of a heptameric CED-4/CED-3 catalytic complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | CED-4 / CED-3 catalytic domain / APOPTOSIS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 BH1 domain binding / positive regulation of apoptotic process involved in development / regulation of development, heterochronic / caspase complex / positive regulation of synapse pruning / peptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of protein processing / caspase binding / embryonic morphogenesis / apoptotic process involved in development ...BH1 domain binding / positive regulation of apoptotic process involved in development / regulation of development, heterochronic / caspase complex / positive regulation of synapse pruning / peptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of protein processing / caspase binding / embryonic morphogenesis / apoptotic process involved in development / negative regulation of execution phase of apoptosis / actin filament depolymerization / activation of cysteine-type endopeptidase activity / embryo development ending in birth or egg hatching / regulation of cell size / muscle cell cellular homeostasis / BH3 domain binding / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / endopeptidase activator activity / regulation of cell adhesion / regulation of protein stability / ADP binding / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / defense response to Gram-negative bacterium / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Li Y / Shi Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2023 タイトル: Structural insights into CED-3 activation. 著者: Yini Li / Lu Tian / Ying Zhang / Yigong Shi / 要旨: In , onset of programmed cell death is marked with the activation of CED-3, a process that requires assembly of the CED-4 apoptosome. Activated CED-3 forms a holoenzyme with the CED-4 apoptosome to ...In , onset of programmed cell death is marked with the activation of CED-3, a process that requires assembly of the CED-4 apoptosome. Activated CED-3 forms a holoenzyme with the CED-4 apoptosome to cleave a wide range of substrates, leading to irreversible cell death. Despite decades of investigations, the underlying mechanism of CED-4-facilitated CED-3 activation remains elusive. Here, we report cryo-EM structures of the CED-4 apoptosome and three distinct CED-4/CED-3 complexes that mimic different activation stages for CED-3. In addition to the previously reported octamer in crystal structures, CED-4, alone or in complex with CED-3, exists in multiple oligomeric states. Supported by biochemical analyses, we show that the conserved CARD-CARD interaction promotes CED-3 activation, and initiation of programmed cell death is regulated by the dynamic organization of the CED-4 apoptosome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36451.map.gz | 49.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36451-v30.xml emd-36451.xml | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36451.png | 51.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36451.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_36451_additional_1.map.gz emd_36451_half_map_1.map.gz emd_36451_half_map_2.map.gz | 49.3 MB 49.6 MB 49.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36451 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36451 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36451_validation.pdf.gz | 728.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36451_full_validation.pdf.gz | 728.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36451_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36451_validation.cif.gz | 14.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36451 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36451 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36451.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_36451_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36451_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36451_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Heptameric CED-4/CED-3 catalytic complex
全体 | 名称: Heptameric CED-4/CED-3 catalytic complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Heptameric CED-4/CED-3 catalytic complex
超分子 | 名称: Heptameric CED-4/CED-3 catalytic complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #1 |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
-分子 #1: Cell death protein 4
分子 | 名称: Cell death protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
分子量 | 理論値: 12.933644 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MLCEIECRAL STAHTRLIHD FEPRDALTYL EGKNIFTEDH SELISKMSTR LERIANFLRI YRRQASELGP LIDFFNYNNQ SHLADFLED YIDFAINEPD LLRPVVIAPQ F UniProtKB: Cell death protein 4 |
-分子 #2: Cell death protein 4
分子 | 名称: Cell death protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
分子量 | 理論値: 62.953266 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MLCEIECRAL STAHTRLIHD FEPRDALTYL EGKNIFTEDH SELISKMSTR LERIANFLRI YRRQASELGP LIDFFNYNNQ SHLADFLED YIDFAINEPD LLRPVVIAPQ FSRQMLDRKL LLGNVPKQMT CYIREYHVDR VIKKLDEMCD LDSFFLFLHG R AGSGKSVI ...文字列: MLCEIECRAL STAHTRLIHD FEPRDALTYL EGKNIFTEDH SELISKMSTR LERIANFLRI YRRQASELGP LIDFFNYNNQ SHLADFLED YIDFAINEPD LLRPVVIAPQ FSRQMLDRKL LLGNVPKQMT CYIREYHVDR VIKKLDEMCD LDSFFLFLHG R AGSGKSVI ASQALSKSDQ LIGINYDSIV WLKDSGTAPK STFDLFTDIL LMLKSEDDLL NFPSVEHVTS VVLKRMICNA LI DRPNTLF VFDDVVQEET IRWAQELRLR CLVTTRDVEI SNAASQTCEF IEVTSLEIDE CYDFLEAYGM PMPVGEKEED VLN KTIELS SGNPATLMMF FKSCEPKTFE KMAQLNNKLE SRGLVGVECI TPYSYKSLAM ALQRCVEVLS DEDRSALAFA VVMP PGVDI PVKLWSCVIP VDICSNEEEQ LDDEVADRLK RLSKRGALLS GKRMPVLTFK IDHIIHMFLK HVVDAQTIAN GISIL EQRL LEIGNNNVSV PERHIPSHFQ KFRRSSASEM YPKTTEETVI RPEDFPKFMQ LHQKFYDSLK NFACC UniProtKB: Cell death protein 4 |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 67312 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |