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- PDB-8jol: cryo-EM structure of the CED-4/CED-3 holoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jol
タイトルcryo-EM structure of the CED-4/CED-3 holoenzyme
要素
  • Cell death protein 3
  • Cell death protein 4
キーワードAPOPTOSIS / CED-4 / CED-3 / holoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular response to manganese ion / positive regulation of cellular response to gamma radiation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / Apoptosis induced DNA fragmentation / AKT phosphorylates targets in the cytosol / Signaling by Hippo / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / Regulation of TNFR1 signaling ...negative regulation of cellular response to manganese ion / positive regulation of cellular response to gamma radiation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / Apoptosis induced DNA fragmentation / AKT phosphorylates targets in the cytosol / Signaling by Hippo / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / Regulation of TNFR1 signaling / BH1 domain binding / regulation of vulval development / regulation of development, heterochronic / caspase complex / positive regulation of apoptotic process involved in development / positive regulation of synapse pruning / peptidase activator activity involved in apoptotic process / caspase-7 / caspase binding / positive regulation of protein processing / embryonic morphogenesis / cysteine-type endopeptidase activator activity / regulation of cell fate specification / apoptotic process involved in development / actin filament depolymerization / programmed cell death / embryo development ending in birth or egg hatching / negative regulation of execution phase of apoptosis / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / execution phase of apoptosis / regulation of locomotion / muscle cell cellular homeostasis / regulation of synapse organization / regulation of cell size / BH3 domain binding / protein autoprocessing / endopeptidase activator activity / regulation of cell adhesion / enzyme activator activity / protein catabolic process / ADP binding / regulation of protein stability / positive regulation of neuron apoptotic process / presynapse / perikaryon / nuclear membrane / endopeptidase activity / defense response to Gram-negative bacterium / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / neuronal cell body / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / mitochondrion / proteolysis / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ced-4 linker helical domain-like / : / CED4, winged-helix domain / Caspase recruitment domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / NB-ARC / NB-ARC domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. ...Ced-4 linker helical domain-like / : / CED4, winged-helix domain / Caspase recruitment domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / NB-ARC / NB-ARC domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Cell death protein 4 / Cell death protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Li, Y. / Tian, L. / Zhang, Y. / Shi, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other private 中国
引用
ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2023
タイトル: Structural insights into CED-3 activation.
著者: Yini Li / Lu Tian / Ying Zhang / Yigong Shi /
要旨: In , onset of programmed cell death is marked with the activation of CED-3, a process that requires assembly of the CED-4 apoptosome. Activated CED-3 forms a holoenzyme with the CED-4 apoptosome to ...In , onset of programmed cell death is marked with the activation of CED-3, a process that requires assembly of the CED-4 apoptosome. Activated CED-3 forms a holoenzyme with the CED-4 apoptosome to cleave a wide range of substrates, leading to irreversible cell death. Despite decades of investigations, the underlying mechanism of CED-4-facilitated CED-3 activation remains elusive. Here, we report cryo-EM structures of the CED-4 apoptosome and three distinct CED-4/CED-3 complexes that mimic different activation stages for CED-3. In addition to the previously reported octamer in crystal structures, CED-4, alone or in complex with CED-3, exists in multiple oligomeric states. Supported by biochemical analyses, we show that the conserved CARD-CARD interaction promotes CED-3 activation, and initiation of programmed cell death is regulated by the dynamic organization of the CED-4 apoptosome.
#1: ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2023
タイトル: Structural insights into CED-3 activation
著者: Li, Y. / Tian, L. / Zhang, Y. / Shi, Y.
履歴
登録2023年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell death protein 4
B: Cell death protein 4
C: Cell death protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,6637
ポリマ－182,6003
非ポリマー1,0634
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Cell death protein 4


分子量: 62953.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: ced-4, C35D10.9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30429
#2: タンパク質 Cell death protein 3 / Caspase ced-3


分子量: 56693.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: ced-3, C48D1.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42573, caspase-7
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ternary complex of CED-4 with CED-3 CARD and CED-3 catalytic domain
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 115378 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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