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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain CH53489 spherical particle in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C | |||||||||
![]() | postprocessed map | |||||||||
![]() |
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![]() | dengue virus / human antibody / dengue-antibody structure / virus | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å | |||||||||
![]() | Fibriansah G / Ng TS / Tan AWK / Shi J / Lok SM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Ultrapotent human antibodies lock E protein dimers of diverse DENV3 morphological variants 著者: Fibriansah G / Ng TS / Lim XN / Shebanova A / Ng LC / Tan SL / Tan AWK / Shi J / Crowe JE / Lok SM | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 472.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.1 KB 20.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 232.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 512 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 404.2 MB 404.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | postprocessed map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.71 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_36441_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_36441_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human anti...
全体 | 名称: Dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C |
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要素 |
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-超分子 #1: Dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human anti...
超分子 | 名称: Dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Dengue virus serotype 3 strain CH53489
超分子 | 名称: Dengue virus serotype 3 strain CH53489 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Human antibody DENV-290 Fab (heavy and light chain)
超分子 | 名称: Human antibody DENV-290 Fab (heavy and light chain) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Envelope protein
分子 | 名称: Envelope protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: mrcvgvgnrd fveglsgat w vdvvlehg gc vttmakn kpt ldielq ktea tqlat lrklc iegk itnitt dsr cptqgea vl peeqdqny v ckhtyvdrg wgngcglfgk gslvtcakf q clepiegk vv qyenlky tvi itvhtg dqhq vgnet ...文字列: mrcvgvgnrd fveglsgat w vdvvlehg gc vttmakn kpt ldielq ktea tqlat lrklc iegk itnitt dsr cptqgea vl peeqdqny v ckhtyvdrg wgngcglfgk gslvtcakf q clepiegk vv qyenlky tvi itvhtg dqhq vgnet qgvta eitp qastte ail peygtlg le csprtgld f nemilltmk nkawmvhrqw ffdlplpwa s gattetpt wn rkellvt fkn ahakkq evvv lgsqe gamht altg ateiqn sgg tsifagh lk crlkmdkl e lkgmsyamc tntfvlkkev setqhgtil i kveykged ap ckipfst edg qgkahn grli tanpv vtkke epvn ieaepp fge snivigi gd nalkinwy k kgssigkmf eatargarrm ailgdtawd f gsvggvln sl gkmvhqi fgs aytalf sgvs wvmki gigvl ltwi glnskn tsm sfsciai gi itlylgav v qa |
-分子 #2: Membrane protein
分子 | 名称: Membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: svala phvg mgldtr tqt wmsaega wr qvekvetw a lrhpgftil alflahyigt sltqkvvif i llmlvtps mt |
-分子 #3: Human antibody DENV-290 heavy chain
分子 | 名称: Human antibody DENV-290 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVELVESGGD VVQPGKSLRL SCAASGFTFT NYAMHWLRQA PGKGLEWVAV ISSDVNDKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLTPED TAVYYCAREQ AVGTNPWAFD YWGQGTLVTV SS |
-分子 #4: Human antibody DENV-290 light chain
分子 | 名称: Human antibody DENV-290 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: HIVMTQSPLS LSVTPGQPAS ISCKSSQISS WGSDGKTYLY WYLQKPGQSP QLLIYEVSSR FSGVSDRFSG SGSGTDFTLK ISRVQAEDVG LYYCMQGLHL PLTFGQGTRL EIK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: NTE buffer (12 mM Tris-HCl pH 8.0, 120 mM NaCl and 1 mM EDTA) |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | The purified virus was mixed with DENV-290 Fab at a molar ratio of 1.5 Fab for every E-protein and then the mixture was incubated at 4 deg C for 30 min. The complex was further incubated at 37 deg C for 30 min, and then incubated at 4 deg C for another 2 h |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 18.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 23584 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |