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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3635 | |||||||||
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タイトル | Localised Reconstruction of Integrin alpha V beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose B. | |||||||||
![]() | Localised Reconstruction of Integrin alpha v beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose B | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() icosahedral viral capsid / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / hard palate development / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / : / opsonin binding ...icosahedral viral capsid / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / hard palate development / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / : / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / enamel mineralization / extracellular matrix protein binding / modulation by virus of host chromatin organization / bronchiole development / Laminin interactions / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / phospholipid homeostasis / negative regulation of lipid transport / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / regulation of phagocytosis / Elastic fibre formation / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / transforming growth factor beta binding / surfactant homeostasis / filopodium membrane / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / extracellular matrix binding / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / apoptotic cell clearance / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of intracellular signal transduction / skin development / microvillus membrane / cell adhesion mediated by integrin / negative chemotaxis / Syndecan interactions / lung alveolus development / cell-substrate adhesion / endodermal cell differentiation / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / fibronectin binding / positive regulation of cell adhesion / ECM proteoglycans / voltage-gated calcium channel activity / vasculogenesis / Integrin cell surface interactions / coreceptor activity / specific granule membrane / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ERK1 and ERK2 cascade / phagocytic vesicle / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cell-matrix adhesion / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / Signal transduction by L1 / molecular function activator activity / integrin-mediated signaling pathway / cellular response to ionizing radiation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / calcium ion transmembrane transport / protein kinase C binding / host cell cytoplasmic vesicle membrane / wound healing / response to virus / bone development / cytoplasmic vesicle membrane / cell morphogenesis / ruffle membrane / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cell-cell adhesion / cell migration / integrin binding / cell junction / protein complex oligomerization / virus receptor activity / monoatomic ion channel activity / regulation of translation / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protease binding / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / receptor complex 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.3 Å | |||||||||
![]() | Kotecha A / Stuart D | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Rules of engagement between αvβ6 integrin and foot-and-mouth disease virus. 著者: Abhay Kotecha / Quan Wang / Xianchi Dong / Serban L Ilca / Marina Ondiviela / Rao Zihe / Julian Seago / Bryan Charleston / Elizabeth E Fry / Nicola G A Abrescia / Timothy A Springer / Juha T ...著者: Abhay Kotecha / Quan Wang / Xianchi Dong / Serban L Ilca / Marina Ondiviela / Rao Zihe / Julian Seago / Bryan Charleston / Elizabeth E Fry / Nicola G A Abrescia / Timothy A Springer / Juha T Huiskonen / David I Stuart / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Foot-and-mouth disease virus (FMDV) mediates cell entry by attachment to an integrin receptor, generally αvβ6, via a conserved arginine-glycine-aspartic acid (RGD) motif in the exposed, antigenic, ...Foot-and-mouth disease virus (FMDV) mediates cell entry by attachment to an integrin receptor, generally αvβ6, via a conserved arginine-glycine-aspartic acid (RGD) motif in the exposed, antigenic, GH loop of capsid protein VP1. Infection can also occur in tissue culture adapted virus in the absence of integrin via acquired basic mutations interacting with heparin sulphate (HS); this virus is attenuated in natural infections. HS interaction has been visualized at a conserved site in two serotypes suggesting a propensity for sulfated-sugar binding. Here we determined the interaction between αvβ6 and two tissue culture adapted FMDV strains by cryo-electron microscopy. In the preferred mode of engagement, the fully open form of the integrin, hitherto unseen at high resolution, attaches to an extended GH loop via interactions with the RGD motif plus downstream hydrophobic residues. In addition, an N-linked sugar of the integrin attaches to the previously identified HS binding site, suggesting a functional role. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24 KB 24 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 4.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 115.8 KB | ||
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-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 263.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 262.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5neuMC ![]() 3630C ![]() 3631C ![]() 3632C ![]() 3633C ![]() 3634C ![]() 5ne4C ![]() 5nedC ![]() 5nejC ![]() 5nemC ![]() 5nerC ![]() 5netC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Localised Reconstruction of Integrin alpha v beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Foot-and-mouth disease virus
+超分子 #1: Foot-and-mouth disease virus
+超分子 #3: Integrin
+超分子 #2: Foot-and-mouth disease virus
+分子 #1: O1 Manisa VP1
+分子 #2: O1 Manisa VP2
+分子 #3: Capsid protein
+分子 #4: O1 Manisa VP4
+分子 #5: Integrin alpha-V
+分子 #6: Integrin beta-6
+分子 #7: MAGNESIUM ION
+分子 #8: CALCIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 名称: HEPES |
グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 360 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 18.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 160000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 120 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | ![]() PDB-5neu: |