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- EMDB-3566: VipA-N3, non-contractile sheath of the type VI secretion system -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3566
タイトルVipA-N3, non-contractile sheath of the type VI secretion system
マップデータPostprocessed in Relion2, average resolution is 3.7A.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: vipA-N3/vipB noncontractile sheath with Hcp tube
    • タンパク質・ペプチド: Hcp
    • タンパク質・ペプチド: VipA
    • タンパク質・ペプチド: vipB
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Type VI secretion system TssC-like / TssC1, N-terminal / TssC1, C-terminal / EvpB/VC_A0108, tail sheath N-terminal domain / EvpB/VC_A0108, tail sheath gpW/gp25-like domain / Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily / Type VI secretion system effector, Hcp
類似検索 - ドメイン・相同性
Type VI secretion system contractile sheath small subunit / Type VI secretion protein / Type VI secretion system contractile sheath small subunit / Haemolysin co-regulated protein / Type VI secretion system contractile sheath large subunit / Type VI secretion system contractile sheath small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wang J / Brackmann M / Castano-Diez D / Kudryashev M / Goldie G / Maier T / Stahlberg H / Basler M
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structure of the extended type VI secretion system sheath-tube complex.
著者: Jing Wang / Maximilian Brackmann / Daniel Castaño-Díez / Mikhail Kudryashev / Kenneth N Goldie / Timm Maier / Henning Stahlberg / Marek Basler /
要旨: The bacterial type VI secretion system (T6SS) uses contraction of a long sheath to quickly thrust a tube with associated effectors across membranes of eukaryotic and bacterial cells . Only limited ...The bacterial type VI secretion system (T6SS) uses contraction of a long sheath to quickly thrust a tube with associated effectors across membranes of eukaryotic and bacterial cells . Only limited structural information is available about the inherently unstable precontraction state of the T6SS. Here, we obtain a 3.7 Å resolution structure of a non-contractile sheath-tube complex using cryo-electron microscopy and show that it resembles the extended T6SS inside Vibrio cholerae cells. We build a pseudo-atomic model of the complete sheath-tube assembly, which provides a mechanistic understanding of coupling sheath contraction with pushing and rotating the inner tube for efficient target membrane penetration. Our data further show that sheath contraction exposes a buried recognition domain to specifically trigger the disassembly and recycling of the T6SS sheath by the cognate ATP-dependent unfoldase ClpV.
履歴
登録2017年1月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月8日-
マップ公開2017年8月2日-
更新2017年11月8日-
現状2017年11月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5mxn
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5mxn
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3566.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3566.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed in Relion2, average resolution is 3.7A.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 265.984 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 265.984 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 265.984 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.039 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.110665 - 0.16784415
平均 (標準偏差)0.0027383466 (±0.017232664)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin128128128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 265.984 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0391.0391.039
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z265.984265.984265.984
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS128128128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1110.1680.003

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添付データ

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追加マップ: low-pass filtered to 5A to visualize the low-resolution...

ファイルemd_3566_additional.map
注釈low-pass filtered to 5A to visualize the low-resolution density region of the map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : vipA-N3/vipB noncontractile sheath with Hcp tube

全体名称: vipA-N3/vipB noncontractile sheath with Hcp tube
要素
  • 細胞器官・細胞要素: vipA-N3/vipB noncontractile sheath with Hcp tube
    • タンパク質・ペプチド: Hcp
    • タンパク質・ペプチド: VipA
    • タンパク質・ペプチド: vipB

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超分子 #1: vipA-N3/vipB noncontractile sheath with Hcp tube

超分子名称: vipA-N3/vipB noncontractile sheath with Hcp tube / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)

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分子 #1: Hcp

分子名称: Hcp / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
MPTPCYISIE GQTQGLITAG ACTADSIGDS FVEGHEDEML VQQFDHVVTV PTDPQSGQPS GQRVHKPFKF TVALNKAVPL LYNALSSGEK LKTVELKWYR TSIEGKQENF FTTKLENASI VDIHCEMPHC QDPAKSDFTQ NVTVSLSYRK ITWDHVNAGT SGSDDWRKPI EA

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分子 #2: VipA

分子名称: VipA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
SKEGSVAPKE RINIKYIPAT GDAQAEVAEV ELPLKTLVVG DFKGHAEQTP LEERATVTVD KNNFEAVMR ESELKITATV KNKLTDDENA ELPVELNFKS LADFAPDAVA SQVPELKKLI E LREALVAL KGPLGNIPAF RERLQSLLNS EESREKLLAE LNL

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分子 #3: vipB

分子名称: vipB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MMSTTEKVLE RPQLAQGSLL DEIMAQTRIA PSEEGYDIAK KGVAAFIENL MGSQHSAEPV NKSLVDQMLV ELDKKISAQ MDEILHNSQF QAMESAWRGL KLFVDRTDFR ENNKVEILHV TKDELLEDFE FAPETAQSGL Y KHVYSAGY GQFGGEPVGA IIGNYAFTPS ...文字列:
MMSTTEKVLE RPQLAQGSLL DEIMAQTRIA PSEEGYDIAK KGVAAFIENL MGSQHSAEPV NKSLVDQMLV ELDKKISAQ MDEILHNSQF QAMESAWRGL KLFVDRTDFR ENNKVEILHV TKDELLEDFE FAPETAQSGL Y KHVYSAGY GQFGGEPVGA IIGNYAFTPS TPDMKLLQYM GALGAMAHAP FISSVGPEFF GIDSFEELPN IK DLKSTFE SPKYTKWRSL RESEDARYLG LTAPRFLLRV PYDPIENPVK SFNYAENVSA SHEHYLWGNT AFA FATRLT DSFAKYRWCP NIIGPQSGGA VEDLPVHVFE SMGALQSKIP TEVLITDRKE FELAEEGFIA LTMR KGSDN AAFFSANSIQ KPKVFPNTKE GKEAETNYKL GTQLPYMMII NRLAHYVKVL QREQIGAWKE RQDLE RELN SWIKQYVADQ ENPPADVRSR RPLRAARIEV MDVEGNPGWY QVSLSVRPHF KYMGANFELS LVGRLD QA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 37.8 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 23.5 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C6 (6回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 10000
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
Segment selection選択した数: 24033 / ソフトウェア - 名称: e2boxer
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: cylinder of the same diameter of the filament
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5mxn:
Atomic model of the VipA/VipB/Hcp, the type six secretion system non-contractile sheath-tube of Vibrio cholerae from cryo-EM

PDB-5ojq:
The modeled structure of of wild type extended type VI secretion system sheath/tube complex in vibrio cholerae based on cryo-EM reconstruction of the non-contractile sheath/tube complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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