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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34975 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Delta variant spike protein | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SARS-CoV-2 / Delta / Spike protein / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu J / Cheng H / Liu N / Wang HW | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Self-assembled monolayers guided free-standing atomic-crystal/molecule superstructure 著者: Zheng L / Xu J / Wang W / Gao X / Liu N / Wang HW / Peng HL | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34975.map.gz | 483.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34975-v30.xml emd-34975.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34975.png | 83.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34975.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_34975_half_map_1.map.gz emd_34975_half_map_2.map.gz | 474.9 MB 474.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34975 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34975 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34975_validation.pdf.gz | 898.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34975_full_validation.pdf.gz | 898.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34975_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34975_validation.cif.gz | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34975 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34975 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34975.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34975_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34975_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Delta variant spike protein
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Delta variant spike protein |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 Delta variant spike protein
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Delta variant spike protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: on graphene/SAMs membranes |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: For the issue of poor atom inclusion, the depositor stated 'we have tried our best to fit the coordinates in the density map of spike via rigid-body dock. However, the flexibility of RBD ...詳細: For the issue of poor atom inclusion, the depositor stated 'we have tried our best to fit the coordinates in the density map of spike via rigid-body dock. However, the flexibility of RBD makes it hard to fit, which seems to be general for spike proteins.' コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 138.842375 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPRGPVAALL LLILHGAWSC VNLTTRTQLP PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HVISGTNGTK RFDNPVLPF NDGVYFASIE KSNIIRGWIF GTTLDSKTQS LLIVNNATNV VIKVCEFQFC NDPFLDHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MPRGPVAALL LLILHGAWSC VNLTTRTQLP PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HVISGTNGTK RFDNPVLPF NDGVYFASIE KSNIIRGWIF GTTLDSKTQS LLIVNNATNV VIKVCEFQFC NDPFLDHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PIIVREPEDL PQGFSALEPL VDLPIGINIT RF QTLLALH RSYLTPGDSS SGWTAGAAAY YVGYLQPRTF LLKYNENGTI TDAVDCALDP LSETKCTLKS FTVEKGIYQT SNF RVQPTE SIVRFPNITN LCPFDEVFNA TRFASVYAWN RKRISNCVAD YSVLYNLAPF FTFKCYGVSP TKLNDLCFTN VYAD SFVIR GDEVRQIAPG QTGNIADYNY KLPDDFTGCV IAWNSNKLDS KVSGNYNYLY RLFRKSNLKP FERDISTEIY QAGNK PCNG VAGFNCYFPL RSYSFRPTYG VGHQPYRVVV LSFELLHAPA TVCGPKKSTN LVKNKCVNFN FNGLKGTGVL TESNKK FLP FQQFGRDIAD TTDAVRDPQT LEILDITPCS FGGVSVITPG TNTSNQVAVL YQGVNCTEVP VAIHADQLTP TWRVYST GS NVFQTRAGCL IGAEYVNNSY ECDIPIGAGI CASYQTQTKS HGSASSVASQ SIIAYTMSLG AENSVAYSNN SIAIPTNF T ISVTTEILPV SMTKTSVDCT MYICGDSTEC SNLLLQYGSF CTQLKRALTG IAVEQDKNTQ EVFAQVKQIY KTPPIKYFG GFNFSQILPD PSKPSKRSFI EDLLFNKVTL ADAGFIKQYG DCLGDIAARD LICAQKFKGL TVLPPLLTDE MIAQYTSALL AGTITSGWT FGAGAALQIP FAMQMAYRFN GIGVTQNVLY ENQKLIANQF NSAIGKIQDS LSSTASALGK LQDVVNHNAQ A LNTLVKQL SSKFGAISSV LNDIFSRLDP PEAEVQIDRL ITGRLQSLQT YVTQQLIRAA EIRASANLAA TKMSECVLGQ SK RVDFCGK GYHLMSFPQS APHGVVFLHV TYVPAQEKNF TTAPAICHDG KAHFPREGVF VSNGTHWFVT QRNFYEPQII TTD NTFVSG NCDVVIGIVN NTVYDPLQPE LDSFKEELDK YFKNHTSPDV DLGDISGINA SVVNIQKEID RLNEVAKNLN ESLI DLQEL GKYEQLVPRG SGYIPEAPRD GQAYVRKDGE WVLLSTFLHH HHHH UniProtKB: Spike glycoprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 75650 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |