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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the auxin exporter PIN1 in Arabidopsis thaliana in the IAA-bound state | |||||||||||||||
![]() | EM map | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() cotyledon morphogenesis / leaf formation / cotyledon development / shoot system development / leaf shaping / xylem and phloem pattern formation / auxin efflux transmembrane transporter activity / inflorescence development / auxin polar transport / gravitropism ...cotyledon morphogenesis / leaf formation / cotyledon development / shoot system development / leaf shaping / xylem and phloem pattern formation / auxin efflux transmembrane transporter activity / inflorescence development / auxin polar transport / gravitropism / plant-type cell wall / photomorphogenesis / root development / flower development / auxin-activated signaling pathway / embryo development ending in seed dormancy / plasmodesma / basal plasma membrane / apical part of cell / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||||||||
![]() | Sun L / Liu X / Yang Z / Xia J | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into auxin recognition and efflux by Arabidopsis PIN1. 著者: Zhisen Yang / Jing Xia / Jingjing Hong / Chenxi Zhang / Hong Wei / Wei Ying / Chunqiao Sun / Lianghanxiao Sun / Yanbo Mao / Yongxiang Gao / Shutang Tan / Jiří Friml / Dianfan Li / Xin Liu / Linfeng Sun / ![]() ![]() 要旨: Polar auxin transport is unique to plants and coordinates their growth and development. The PIN-FORMED (PIN) auxin transporters exhibit highly asymmetrical localizations at the plasma membrane and ...Polar auxin transport is unique to plants and coordinates their growth and development. The PIN-FORMED (PIN) auxin transporters exhibit highly asymmetrical localizations at the plasma membrane and drive polar auxin transport; however, their structures and transport mechanisms remain largely unknown. Here, we report three inward-facing conformation structures of Arabidopsis thaliana PIN1: the apo state, bound to the natural auxin indole-3-acetic acid (IAA), and in complex with the polar auxin transport inhibitor N-1-naphthylphthalamic acid (NPA). The transmembrane domain of PIN1 shares a conserved NhaA fold. In the substrate-bound structure, IAA is coordinated by both hydrophobic stacking and hydrogen bonding. NPA competes with IAA for the same site at the intracellular pocket, but with a much higher affinity. These findings inform our understanding of the substrate recognition and transport mechanisms of PINs and set up a framework for future research on directional auxin transport, one of the most crucial processes underlying plant development. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18 KB 18 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 156.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.1 MB 59.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 648.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 648.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | EM map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_33693_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_33693_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : AtPIN1 in complex with a nanobody and NPA
全体 | 名称: AtPIN1 in complex with a nanobody and NPA |
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要素 |
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-超分子 #1: AtPIN1 in complex with a nanobody and NPA
超分子 | 名称: AtPIN1 in complex with a nanobody and NPA / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #2: AtPIN1
超分子 | 名称: AtPIN1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: nanobody
超分子 | 名称: nanobody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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-分子 #1: Auxin efflux carrier component 1
分子 | 名称: Auxin efflux carrier component 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 67.080781 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MITAADFYHV MTAMVPLYVA MILAYGSVKW WKIFTPDQCS GINRFVALFA VPLLSFHFIA ANNPYAMNLR FLAADSLQKV IVLSLLFLW CKLSRNGSLD WTITLFSLST LPNTLVMGIP LLKGMYGNFS GDLMVQIVVL QCIIWYTLML FLFEYRGAKL L ISEQFPDT ...文字列: MITAADFYHV MTAMVPLYVA MILAYGSVKW WKIFTPDQCS GINRFVALFA VPLLSFHFIA ANNPYAMNLR FLAADSLQKV IVLSLLFLW CKLSRNGSLD WTITLFSLST LPNTLVMGIP LLKGMYGNFS GDLMVQIVVL QCIIWYTLML FLFEYRGAKL L ISEQFPDT AGSIVSIHVD SDIMSLDGRQ PLETEAEIKE DGKLHVTVRR SNASRSDIYS RRSQGLSATP RPSNLTNAEI YS LQSSRNP TPRGSSFNHT DFYSMMASGG GRNSNFGPGE AVFGSKGPTP RPSNYEEDGG PAKPTAAGTA AGAGRFHYQS GGS GGGGGA HYPAPNPGMF SPNTGGGGGT AAKGNAPVVG GKRQDGNGRD LHMFVWSSSA SPVSDVFGGG GGNHHADYST ATND HQKDV KISVPQGNSN DNQYVEREEF SFGNKDDDSK VLATDGGNNI SNKTTQAKVM PPTSVMTRLI LIMVWRKLIR NPNSY SSLF GITWSLISFK WNIEMPALIA KSISILSDAG LGMAMFSLGL FMALNPRIIA CGNRRAAFAA AMRFVVGPAV MLVASY AVG LRGVLLHVAI IQAALPQGIV PFVFAKEYNV HPDILSTAVI FGMLIALPIT LLYYILLGL |
-分子 #2: nanobody
分子 | 名称: nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.36991 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GSSSQVQLVE SGGGLVQAGG SLRLSCAASG FPVNISWMEW YRQVPGKERE WVAAIQSTGS YTWYADSVKG RFTISRDNAK NTVYLQMNS LKPEDTAVYY CRVKVGAYYR GQGTQVTVSA GRAG |
-分子 #3: 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID
分子 | 名称: 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: IAC |
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分子量 | 理論値: 175.184 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-IAC: |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |