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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32717 | |||||||||
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タイトル | Structure of Inhibited-EP | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 enteropeptidase / brush border / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang XL / Ding ZY / Huang HJ | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures reveal the activation and substrate recognition mechanism of human enteropeptidase. 著者: Xiaoli Yang / Zhanyu Ding / Lisi Peng / Qiuyue Song / Deyu Zhang / Fang Cui / Chuanchao Xia / Keliang Li / Hua Yin / Shiyu Li / Zhaoshen Li / Haojie Huang / 要旨: Enteropeptidase (EP) initiates intestinal digestion by proteolytically processing trypsinogen, generating catalytically active trypsin. EP dysfunction causes a series of pancreatic diseases including ...Enteropeptidase (EP) initiates intestinal digestion by proteolytically processing trypsinogen, generating catalytically active trypsin. EP dysfunction causes a series of pancreatic diseases including acute necrotizing pancreatitis. However, the molecular mechanisms of EP activation and substrate recognition remain elusive, due to the lack of structural information on the EP heavy chain. Here, we report cryo-EM structures of human EP in inactive, active, and substrate-bound states at resolutions from 2.7 to 4.9 Å. The EP heavy chain was observed to clamp the light chain with CUB2 domain for substrate recognition. The EP light chain N-terminus induced a rearrangement of surface-loops from inactive to active conformations, resulting in activated EP. The heavy chain then served as a hinge for light-chain conformational changes to recruit and subsequently cleave substrate. Our study provides structural insights into rearrangements of EP surface-loops and heavy chain dynamics in the EP catalytic cycle, advancing our understanding of EP-associated pancreatitis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32717.map.gz | 55.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32717-v30.xml emd-32717.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32717.png | 118.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32717 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32717 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32717_validation.pdf.gz | 400.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32717_full_validation.pdf.gz | 400.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32717_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32717_validation.cif.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32717 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32717 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32717.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.046 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : inhibited-EP
全体 | 名称: inhibited-EP |
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要素 |
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-超分子 #1: inhibited-EP
超分子 | 名称: inhibited-EP / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Enteropeptidase non-catalytic heavy chain
分子 | 名称: Enteropeptidase non-catalytic heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 28.703256 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: CGGPFELWEP NTTFSSTNFP NSYPNLAFCV WILNAQKGKN IQLHFQEFDL ENINDVVEIR DGEEADSLLL AVYTGPGPVK DVFSTTNRM TVLLITNDVL ARGGFKANFT TGYHLGIPEP CKADHFQCKN GECVPLVNLC DGHLHCEDGS DEADCVRFFN G TTNNNGLV ...文字列: CGGPFELWEP NTTFSSTNFP NSYPNLAFCV WILNAQKGKN IQLHFQEFDL ENINDVVEIR DGEEADSLLL AVYTGPGPVK DVFSTTNRM TVLLITNDVL ARGGFKANFT TGYHLGIPEP CKADHFQCKN GECVPLVNLC DGHLHCEDGS DEADCVRFFN G TTNNNGLV RFRIQSIWHT ACAENWTTQI SNDVCQLLGL GSGNSSKPIF PTDGGPFVKL NTAPDGHLIL TPSQQCLQDS LI RLQCNHK SCGKKLAAQD ITPK |
-分子 #2: Enteropeptidase catalytic light chain
分子 | 名称: Enteropeptidase catalytic light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 26.27776 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: IVGGSNAKEG AWPWVVGLYY GGRLLCGASL VSSDWLVSAA HCVYGRNLEP SKWTAILGLH MKSNLTSPQT VPRLIDEIVI NPHYNRRRK DNDIAMMHLE FKVNYTDYIQ PICLPEENQV FPPGRNCSIA GWGTVVYQGT TANILQEADV PLLSNERCQQ Q MPEYNITE ...文字列: IVGGSNAKEG AWPWVVGLYY GGRLLCGASL VSSDWLVSAA HCVYGRNLEP SKWTAILGLH MKSNLTSPQT VPRLIDEIVI NPHYNRRRK DNDIAMMHLE FKVNYTDYIQ PICLPEENQV FPPGRNCSIA GWGTVVYQGT TANILQEADV PLLSNERCQQ Q MPEYNITE NMICAGYEEG GIDSCQGDSG GPLMCQENNR WFLAGVTSFG YKCALPNRPG VYARVSRFTE WIQSFLH |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 9 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #4: 4-carbamimidamidobenzoic acid
分子 | 名称: 4-carbamimidamidobenzoic acid / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: GBS |
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分子量 | 理論値: 179.176 Da |
Chemical component information | ChemComp-GBS: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.4 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 343205 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |