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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Human MCM double hexamer bound to natural DNA duplex (polyAT/polyTA) | |||||||||
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![]() | replication / CELL CYCLE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / nuclear origin of replication recognition complex / alpha DNA polymerase:primase complex / mitotic DNA replication / CMG complex / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / regulation of phosphorylation / MCM complex / mitotic DNA replication initiation ...Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / nuclear origin of replication recognition complex / alpha DNA polymerase:primase complex / mitotic DNA replication / CMG complex / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / regulation of phosphorylation / MCM complex / mitotic DNA replication initiation / double-strand break repair via break-induced replication / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / single-stranded DNA helicase activity / DNA strand elongation involved in DNA replication / cochlea development / DNA unwinding involved in DNA replication / 3'-5' DNA helicase activity / DNA replication origin binding / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / cellular response to interleukin-4 / Activation of ATR in response to replication stress / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / nucleosome assembly / cellular response to xenobiotic stimulus / single-stranded DNA binding / histone binding / DNA helicase / DNA replication / cell population proliferation / cell cycle / chromosome, telomeric region / centrosome / apoptotic process / DNA damage response / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å | |||||||||
![]() | Li J / Dong J / Dang S / Zhai Y | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The human pre-replication complex is an open complex. 著者: Jian Li / Jiangqing Dong / Weitao Wang / Daqi Yu / Xinyu Fan / Yan Chit Hui / Clare S K Lee / Wai Hei Lam / Nathan Alary / Yang Yang / Yingyi Zhang / Qian Zhao / Chun-Long Chen / Bik-Kwoon ...著者: Jian Li / Jiangqing Dong / Weitao Wang / Daqi Yu / Xinyu Fan / Yan Chit Hui / Clare S K Lee / Wai Hei Lam / Nathan Alary / Yang Yang / Yingyi Zhang / Qian Zhao / Chun-Long Chen / Bik-Kwoon Tye / Shangyu Dang / Yuanliang Zhai / ![]() ![]() ![]() 要旨: In eukaryotes, DNA replication initiation requires assembly and activation of the minichromosome maintenance (MCM) 2-7 double hexamer (DH) to melt origin DNA strands. However, the mechanism for this ...In eukaryotes, DNA replication initiation requires assembly and activation of the minichromosome maintenance (MCM) 2-7 double hexamer (DH) to melt origin DNA strands. However, the mechanism for this initial melting is unknown. Here, we report a 2.59-Å cryo-electron microscopy structure of the human MCM-DH (hMCM-DH), also known as the pre-replication complex. In this structure, the hMCM-DH with a constricted central channel untwists and stretches the DNA strands such that almost a half turn of the bound duplex DNA is distorted with 1 base pair completely separated, generating an initial open structure (IOS) at the hexamer junction. Disturbing the IOS inhibits DH formation and replication initiation. Mapping of hMCM-DH footprints indicates that IOSs are distributed across the genome in large clusters aligning well with initiation zones designed for stochastic origin firing. This work unravels an intrinsic mechanism that couples DH formation with initial DNA melting to license replication initiation in human cells. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 229.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 31.6 KB 31.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 78.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 10.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 610.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 610.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7w1yMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : human Mini-chromosome maintenance complex
+超分子 #1: human Mini-chromosome maintenance complex
+超分子 #2: DNA replication licensing factor MCM 2/3/4/5/6/7
+超分子 #3: DNA
+分子 #1: DNA replication licensing factor MCM2
+分子 #2: Isoform 2 of DNA replication licensing factor MCM3
+分子 #3: DNA replication licensing factor MCM4
+分子 #4: DNA replication licensing factor MCM5
+分子 #5: DNA replication licensing factor MCM6
+分子 #6: DNA replication licensing factor MCM7
+分子 #7: DNA (49-MER)
+分子 #8: DNA (49-MER)
+分子 #9: ZINC ION
+分子 #10: MAGNESIUM ION
+分子 #11: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #12: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Solutions were made fresh from concentrated to avoid microbial contamination | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3710 / 平均電子線量: 51.78 e/Å2 詳細: Movies are collected in movie-mode containing 40 frames. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |