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万見
- EMDB-32033: 14pf microtubule decorated with EML1-GFP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32033
タイトル14pf microtubule decorated with EML1-GFP
マップデータRefined map of 14pf microtubule bound to EML1-GFP
試料
  • 複合体: Complex of microtubule with HEK293 cell lysate containing over expressed EML1-GFP
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
キーワードCytoskeleton / Echinoderm microtubule-associated protein-like 1 (EML1) / Microtubule associated protein (MAP) / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


odontoblast differentiation / Post-chaperonin tubulin folding pathway / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Intraflagellar transport / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / Gap junction assembly ...odontoblast differentiation / Post-chaperonin tubulin folding pathway / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Intraflagellar transport / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / Gap junction assembly / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / Hedgehog 'off' state / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / GTPase activating protein binding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / natural killer cell mediated cytotoxicity / intercellular bridge / regulation of synapse organization / nuclear envelope lumen / MHC class I protein binding / cytoplasmic microtubule / Recycling pathway of L1 / microtubule-based process / RHOH GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / spindle assembly / cellular response to interleukin-4 / COPI-mediated anterograde transport / Activation of AMPK downstream of NMDARs / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / MHC class II antigen presentation / AURKA Activation by TPX2 / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / PKR-mediated signaling / mitotic spindle / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / HCMV Early Events / Aggrephagy / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / azurophil granule lumen / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / double-stranded RNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitotic cell cycle / cell body / microtubule / Potential therapeutics for SARS / cytoskeleton / membrane raft / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / GTP binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain ...Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin beta chain / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Bangera M / Sirajuddin M
資金援助3件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT/PR12422/MED/31/287/2014
Department of Science & Technology (DST, India)CRG/2019/003246
Other governmentCEFIPRA 5703-1
引用ジャーナル: Nat Cell Biol / 年: 2022
タイトル: Lysate-based pipeline to characterize microtubule-associated proteins uncovers unique microtubule behaviours.
著者: A S Jijumon / Satish Bodakuntla / Mariya Genova / Mamata Bangera / Violet Sackett / Laetitia Besse / Fatlinda Maksut / Veronique Henriot / Maria M Magiera / Minhajuddin Sirajuddin / Carsten Janke /
要旨: The microtubule cytoskeleton forms complex macromolecular assemblies with a range of microtubule-associated proteins (MAPs) that have fundamental roles in cell architecture, division and motility. ...The microtubule cytoskeleton forms complex macromolecular assemblies with a range of microtubule-associated proteins (MAPs) that have fundamental roles in cell architecture, division and motility. Determining how an individual MAP modulates microtubule behaviour is an important step in understanding the physiological roles of various microtubule assemblies. To characterize how MAPs control microtubule properties and functions, we developed an approach allowing for medium-throughput analyses of MAPs in cell-free conditions using lysates of mammalian cells. Our pipeline allows for quantitative as well as ultrastructural analyses of microtubule-MAP assemblies. Analysing 45 bona fide and potential mammalian MAPs, we uncovered previously unknown activities that lead to distinct and unique microtubule behaviours such as microtubule coiling or hook formation, or liquid-liquid phase separation along the microtubule lattice that initiates microtubule branching. We have thus established a powerful tool for a thorough characterization of a wide range of MAPs and MAP variants, thus opening avenues for the determination of mechanisms underlying their physiological roles and pathological implications.
履歴
登録2021年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月1日-
マップ公開2021年12月1日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_32033.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32033.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Refined map of 14pf microtubule bound to EML1-GFP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 440 pix.
= 607.2 Å		1.38 Å/pix.
x 440 pix.
= 607.2 Å		1.38 Å/pix.
x 440 pix.
= 607.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.045934133 - 0.1330614
平均 (標準偏差)0.0018054614 (±0.009389645)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 607.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.381.381.38
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z607.200607.200607.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.0460.1330.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_32033_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 15 Angstroms low pass filtered map of 14pf...

ファイルemd_32033_additional_1.map
注釈15 Angstroms low pass filtered map of 14pf microtubule bound to EML1-GFP
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 14pf microtubule bound to EML1-GFP-half map 1 (unfiltered)

ファイルemd_32033_half_map_1.map
注釈14pf microtubule bound to EML1-GFP-half map 1 (unfiltered)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 14pf microtubule bound to EML1-GFP-half map 2 (unfiltered)

ファイルemd_32033_half_map_2.map
注釈14pf microtubule bound to EML1-GFP-half map 2 (unfiltered)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of microtubule with HEK293 cell lysate containing over ex...

全体名称: Complex of microtubule with HEK293 cell lysate containing over expressed EML1-GFP
要素
  • 複合体: Complex of microtubule with HEK293 cell lysate containing over expressed EML1-GFP
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain

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超分子 #1: Complex of microtubule with HEK293 cell lysate containing over ex...

超分子名称: Complex of microtubule with HEK293 cell lysate containing over expressed EML1-GFP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Tubulin alpha-1B chain

分子名称: Tubulin alpha-1B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The reconstruction contains a mix of tubulin from goat brain (nucleating seeds) and tubulin from HEK293 cellular lysate so will have a mixture of both sequences.
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVD LEPTVIDEVR TGTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL D RIRKLADQ CTGLQGFLVF HSFGGGTGSG FTSLLMERLS VDYGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVD LEPTVIDEVR TGTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL D RIRKLADQ CTGLQGFLVF HSFGGGTGSG FTSLLMERLS VDYGKKSKLE FSIYPAPQVS TA VVEPYNS ILTTHTTLEH SDCAFMVDNE AIYDICRRNL DIERPTYTNL NRLISQIVSS ITA SLRFDG ALNVDLTEFQ TNLVPYPRIH FPLATYAPVI SAEKAYHEQL SVAEITNACF EPAN QMVKC DPRHGKYMAC CLLYRGDVVP KDVNAAIATI KTKRSIQFVD WCPTGFKVGI NYQPP TVVP GGDLAKVQRA VCMLSNTTAI AEAWARLDHK FDLMYAKRAF VHWYVGEGME EGEFSE ARE DMAALEKDYE EVGVDSVEGE GEEEGEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1B chain

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分子 #2: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: The reconstruction contains a mix of tubulin from goat brain (nucleating seeds) and tubulin from HEK293 cellular lysate so will have a mixture of both sequences. Sequence of goat brain beta ...詳細: The reconstruction contains a mix of tubulin from goat brain (nucleating seeds) and tubulin from HEK293 cellular lysate so will have a mixture of both sequences. Sequence of goat brain beta tubulin can be accessed using Uniprot ID A0A452G3J7
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLDRISVY YNEATGGKYV PRAILVDLE PGTMDSVRSG PFGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV V RKEAESCD CLQGFQLTHS LGGGTGSGMG TLLISKIREE YPDRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLDRISVY YNEATGGKYV PRAILVDLE PGTMDSVRSG PFGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV V RKEAESCD CLQGFQLTHS LGGGTGSGMG TLLISKIREE YPDRIMNTFS VVPSPKVSDT VV EPYNATL SVHQLVENTD ETYCIDNEAL YDICFRTLKL TTPTYGDLNH LVSATMSGVT TCL RFPGQL NADLRKLAVN MVPFPRLHFF MPGFAPLTSR GSQQYRALTV PELTQQVFDA KNMM AACDP RHGRYLTVAA VFRGRMSMKE VDEQMLNVQN KNSSYFVEWI PNNVKTAVCD IPPRG LKMA VTFIGNSTAI QELFKRISEQ FTAMFRRKAF LHWYTGEGMD EMEFTEAESN MNDLVS EYQ QYQDATAEEE EDFGEEAEEE A

UniProtKB: Tubulin beta chain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 6.8 / 構成要素 - 式: BRB80
詳細: 80mM PIPES, 2mM MgCl2, 1mM EGTA supplemented with 1mM GMPCPP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.025 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: GMPCPP MT seeds in warm BRB80 applied to the grid followed by second application of pre-warmed lysate containing over expressed EML1-GFP. After an incubation time of 20 seconds, grid blotted ...詳細: GMPCPP MT seeds in warm BRB80 applied to the grid followed by second application of pre-warmed lysate containing over expressed EML1-GFP. After an incubation time of 20 seconds, grid blotted for 3 seconds before plunging into liquid ethane..
詳細Goat brain tubulin was polymerized with 1mM GMPCPP at 310K for 2 hours, spun on warm 50 percent BRB80 sucrose cushion and resuspended in twice the volume of warm BRB80 buffer

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1143 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 44.17 e/Å2 / 詳細: 30 frames
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 101449 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 8.85 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -25.75 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 29372
Segment selection選択した数: 33436 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Low pass filtered insilico density map generated from tubulin PDBs fit into GMPCPP microtubule model
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: Maximum Likelihood
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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