+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31578 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of S protein trimer of SARS-CoV2 | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of S protein trimer of SARS CoV-2 | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Antibody / PROTEIN BINDING | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Song C / Murata K / Katayama K | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2021 タイトル: Nasal delivery of single-domain antibody improves symptoms of SARS-CoV-2 infection in an animal model. 著者: Kei Haga / Reiko Takai-Todaka / Yuta Matsumura / Chihong Song / Tomomi Takano / Takuto Tojo / Atsushi Nagami / Yuki Ishida / Hidekazu Masaki / Masayuki Tsuchiya / Toshiki Ebisudani / Shinya ...著者: Kei Haga / Reiko Takai-Todaka / Yuta Matsumura / Chihong Song / Tomomi Takano / Takuto Tojo / Atsushi Nagami / Yuki Ishida / Hidekazu Masaki / Masayuki Tsuchiya / Toshiki Ebisudani / Shinya Sugimoto / Toshiro Sato / Hiroyuki Yasuda / Koichi Fukunaga / Akihito Sawada / Naoto Nemoto / Kazuyoshi Murata / Takuya Morimoto / Kazuhiko Katayama / 要旨: The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) that causes the disease COVID-19 can lead to serious symptoms, such as severe pneumonia, in the elderly and those with underlying ...The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) that causes the disease COVID-19 can lead to serious symptoms, such as severe pneumonia, in the elderly and those with underlying medical conditions. While vaccines are now available, they do not work for everyone and therapeutic drugs are still needed, particularly for treating life-threatening conditions. Here, we showed nasal delivery of a new, unmodified camelid single-domain antibody (VHH), termed K-874A, effectively inhibited SARS-CoV-2 titers in infected lungs of Syrian hamsters without causing weight loss and cytokine induction. In vitro studies demonstrated that K-874A neutralized SARS-CoV-2 in both VeroE6/TMPRSS2 and human lung-derived alveolar organoid cells. Unlike other drug candidates, K-874A blocks viral membrane fusion rather than viral attachment. Cryo-electron microscopy revealed K-874A bound between the receptor binding domain and N-terminal domain of the virus S protein. Further, infected cells treated with K-874A produced fewer virus progeny that were less infective. We propose that direct administration of K-874A to the lung could be a new treatment for preventing the reinfection of amplified virus in COVID-19 patients. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31578.map.gz | 1.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-31578-v30.xml emd-31578.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31578_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31578.png | 97 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31578.cif.gz | 6.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31578 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31578 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31578_validation.pdf.gz | 374.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_31578_full_validation.pdf.gz | 374.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31578_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31578_validation.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31578 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31578 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31578.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryo-EM structure of S protein trimer of SARS CoV-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Minor cryo-EM structure of S protein trimer of SARS-CoV2
全体 | 名称: Minor cryo-EM structure of S protein trimer of SARS-CoV2 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Minor cryo-EM structure of S protein trimer of SARS-CoV2
超分子 | 名称: Minor cryo-EM structure of S protein trimer of SARS-CoV2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 141.297422 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPR RARSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDKVE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQYIKWPWY IWLGFIAGLI AIVMVTIMLC CMTSCCSCLK GCCSCGSCCK FDEDDSEPVL KGVKLHYT UniProtKB: Spike glycoprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
糖包埋 | 材質: amorphous ice |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
---|---|
温度 | 最低: 76.0 K / 最高: 77.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) デジタル化 - サイズ - 横: 5120 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3840 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-25 / 実像数: 102 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 40.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 4.9672 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.5783 µm / 倍率(補正後): 45065 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 40000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 415 |
---|---|
得られたモデル | PDB-7fg7: |