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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31472 | ||||||||||||
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タイトル | eIF2B-SFSV NSs | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | translation initiation factor / viral protein / TRANSLATION | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / guanyl-nucleotide exchange factor complex / oligodendrocyte development / astrocyte development / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose ...eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / guanyl-nucleotide exchange factor complex / oligodendrocyte development / astrocyte development / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose / ovarian follicle development / translation initiation factor binding / response to endoplasmic reticulum stress / myelination / translation initiation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / central nervous system development / hippocampus development / translational initiation / response to peptide hormone / regulation of translation / T cell receptor signaling pathway / response to heat / positive regulation of apoptotic process / GTP binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Sandfly fever sicilian virus (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.42 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kashiwagi K / Ito T | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: eIF2B-capturing viral protein NSs suppresses the integrated stress response. 著者: Kazuhiro Kashiwagi / Yuichi Shichino / Tatsuya Osaki / Ayako Sakamoto / Madoka Nishimoto / Mari Takahashi / Mari Mito / Friedemann Weber / Yoshiho Ikeuchi / Shintaro Iwasaki / Takuhiro Ito / 要旨: Various stressors such as viral infection lead to the suppression of cap-dependent translation and the activation of the integrated stress response (ISR), since the stress-induced phosphorylated ...Various stressors such as viral infection lead to the suppression of cap-dependent translation and the activation of the integrated stress response (ISR), since the stress-induced phosphorylated eukaryotic translation initiation factor 2 [eIF2(αP)] tightly binds to eIF2B to prevent it from exchanging guanine nucleotide molecules on its substrate, unphosphorylated eIF2. Sandfly fever Sicilian virus (SFSV) evades this cap-dependent translation suppression through the interaction between its nonstructural protein NSs and host eIF2B. However, its precise mechanism has remained unclear. Here, our cryo-electron microscopy (cryo-EM) analysis reveals that SFSV NSs binds to the α-subunit of eIF2B in a competitive manner with eIF2(αP). Together with SFSV NSs, eIF2B retains nucleotide exchange activity even in the presence of eIF2(αP), in line with the cryo-EM structures of the eIF2B•SFSV NSs•unphosphorylated eIF2 complex. A genome-wide ribosome profiling analysis clarified that SFSV NSs expressed in cultured human cells attenuates the ISR triggered by thapsigargin, an endoplasmic reticulum stress inducer. Furthermore, SFSV NSs introduced in rat hippocampal neurons and human induced-pluripotent stem (iPS) cell-derived motor neurons exhibits neuroprotective effects against the ISR-inducing stress. Since ISR inhibition is beneficial in various neurological disease models, SFSV NSs may be a promising therapeutic ISR inhibitor. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31472.map.gz | 70.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31472-v30.xml emd-31472.xml | 18.4 KB 18.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31472.png | 123.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31472.cif.gz | 6.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31472 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31472 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31472_validation.pdf.gz | 395.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31472_full_validation.pdf.gz | 395 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31472_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31472_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31472 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31472 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31472.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.829 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of eIF2B and SFSV NSs
全体 | 名称: Complex of eIF2B and SFSV NSs |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of eIF2B and SFSV NSs
超分子 | 名称: Complex of eIF2B and SFSV NSs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: eIF2B
超分子 | 名称: eIF2B / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: SFSV NSs
超分子 | 名称: SFSV NSs / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6 |
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由来(天然) | 生物種: Sandfly fever sicilian virus (ウイルス) |
-分子 #1: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
分子 | 名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 33.754148 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDDKELIEYF KSQMKEDPDM ASAVAAIRTL LEFLKRDKGE TIQGLRANLT SAIETLCGVD SSVAVSSGGE LFLRFISLAS LEYSDYSKC KKIMIERGEL FLRRISLSRN KIADLCHTFI KDGATILTHA YSRVVLRVLE AAVAAKKRFS VYVTESQPDL S GKKMAKAL ...文字列: MDDKELIEYF KSQMKEDPDM ASAVAAIRTL LEFLKRDKGE TIQGLRANLT SAIETLCGVD SSVAVSSGGE LFLRFISLAS LEYSDYSKC KKIMIERGEL FLRRISLSRN KIADLCHTFI KDGATILTHA YSRVVLRVLE AAVAAKKRFS VYVTESQPDL S GKKMAKAL CHLNVPVTVV LDAAVGYIME KADLVIVGAE GVVENGGIIN KIGTNQMAVC AKAQNKPFYV VAESFKFVRL FP LNQQDVP DKFKYKADTL KVAQTGQDLK EEHPWVDYTA PSLITLLFTD LGVLTPSAVS DELIKLYL UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit alpha |
-分子 #2: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
分子 | 名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 39.039547 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPGSAAKGSE LSERIESFVE TLKRGGGPRS SEEMARETLG LLRQIITDHR WSNAGELMEL IRREGRRMTA AQPSETTVGN MVRRVLKII REEYGRLHGR SDESDQQESL HKLLTSGGLN EDFSFHYAQL QSNIIEAINE LLVELEGTME NIAAQALEHI H SNEVIMTI ...文字列: MPGSAAKGSE LSERIESFVE TLKRGGGPRS SEEMARETLG LLRQIITDHR WSNAGELMEL IRREGRRMTA AQPSETTVGN MVRRVLKII REEYGRLHGR SDESDQQESL HKLLTSGGLN EDFSFHYAQL QSNIIEAINE LLVELEGTME NIAAQALEHI H SNEVIMTI GFSRTVEAFL KEAARKRKFH VIVAECAPFC QGHEMAVNLS KAGIETTVMT DAAIFAVMSR VNKVIIGTKT IL ANGALRA VTGTHTLALA AKHHSTPLIV CAPMFKLSPQ FPNEEDSFHK FVAPEEVLPF TEGDILEKVS VHCPVFDYVP PEL ITLFIS NIGGNAPSYI YRLMSELYHP DDHVL UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit beta |
-分子 #3: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
分子 | 名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 50.30423 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MEFQAVVMAV GGGSRMTDLT SSIPKPLLPV GNKPLIWYPL NLLERVGFEE VIVVTTRDVQ KALCAEFKMK MKPDIVCIPD DADMGTADS LRYIYPKLKT DVLVLSCDLI TDVALHEVVD LFRAYDASLA MLMRKGQDSI EPVPGQKGKK KAVEQRDFIG V DSTGKRLL ...文字列: MEFQAVVMAV GGGSRMTDLT SSIPKPLLPV GNKPLIWYPL NLLERVGFEE VIVVTTRDVQ KALCAEFKMK MKPDIVCIPD DADMGTADS LRYIYPKLKT DVLVLSCDLI TDVALHEVVD LFRAYDASLA MLMRKGQDSI EPVPGQKGKK KAVEQRDFIG V DSTGKRLL FMANEADLDE ELVIKGSILQ KHPRIRFHTG LVDAHLYCLK KYIVDFLMEN GSITSIRSEL IPYLVRKQFS SA SSQQGQE EKEEDLKKKE LKSLDIYSFI KEANTLNLAP YDACWNACRG DRWEDLSRSQ VRCYVHIMKE GLCSRVSTLG LYM EANRQV PKLLSALCPE EPPVHSSAQI VSKHLVGVDS LIGPETQIGE KSSIKRSVIG SSCLIKDRVT ITNCLLMNSV TVEE GSNIQ GSVICNNAVI EKGADIKDCL IGSGQRIEAK AKRVNEVIVG NDQLMEI UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit gamma |
-分子 #4: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
分子 | 名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 57.640168 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAAVAVAVRE DSGSGMKAEL PPGPGAVGRE MTKEEKLQLR KEKKQQKKKR KEEKGAEPET GSAVSAAQCQ VGPTRELPES GIQLGTPRE KVPAGRSKAE LRAERRAKQE AERALKQARK GEQGGPPPKA SPSTAGETPS GVKRLPEYPQ VDDLLLRRLV K KPERQQVP ...文字列: MAAVAVAVRE DSGSGMKAEL PPGPGAVGRE MTKEEKLQLR KEKKQQKKKR KEEKGAEPET GSAVSAAQCQ VGPTRELPES GIQLGTPRE KVPAGRSKAE LRAERRAKQE AERALKQARK GEQGGPPPKA SPSTAGETPS GVKRLPEYPQ VDDLLLRRLV K KPERQQVP TRKDYGSKVS LFSHLPQYSR QNSLTQFMSI PSSVIHPAMV RLGLQYSQGL VSGSNARCIA LLRALQQVIQ DY TTPPNEE LSRDLVNKLK PYMSFLTQCR PLSASMHNAI KFLNKEITSV GSSKREEEAK SELRAAIDRY VQEKIVLAAQ AIS RFAYQK ISNGDVILVY GCSSLVSRIL QEAWTEGRRF RVVVVDSRPW LEGRHTLRSL VHAGVPASYL LIPAASYVLP EVSK VLLGA HALLANGSVM SRVGTAQLAL VARAHNVPVL VCCETYKFCE RVQTDAFVSN ELDDPDDLQC KRGEHVALAN WQNHA SLRL LNLVYDVTPP ELVDLVITEL GMIPCSSVPV VLRVKSSDQ UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit delta |
-分子 #5: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
分子 | 名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 80.466609 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAAPVVAPPG VVVSRANKRS GAGPGGSGGG GARGAEEEPP PPLQAVLVAD SFDRRFFPIS KDQPRVLLPL ANVALIDYTL EFLTATGVQ ETFVFCCWKA AQIKEHLLKS KWCRPTSLNV VRIITSELYR SLGDVLRDVD AKALVRSDFL LVYGDVISNI N ITRALEEH ...文字列: MAAPVVAPPG VVVSRANKRS GAGPGGSGGG GARGAEEEPP PPLQAVLVAD SFDRRFFPIS KDQPRVLLPL ANVALIDYTL EFLTATGVQ ETFVFCCWKA AQIKEHLLKS KWCRPTSLNV VRIITSELYR SLGDVLRDVD AKALVRSDFL LVYGDVISNI N ITRALEEH RLRRKLEKNV SVMTMIFKES SPSHPTRCHE DNVVVAVDST TNRVLHFQKT QGLRRFAFPL SLFQGSSDGV EV RYDLLDC HISICSPQVA QLFTDNFDYQ TRDDFVRGLL VNEEILGNQI HMHVTAKEYG ARVSNLHMYS AVCADVIRRW VYP LTPEAN FTDSTTQSCT HSRHNIYRGP EVSLGHGSIL EENVLLGSGT VIGSNCFITN SVIGPGCHIG DNVVLDQTYL WQGV RVAAG AQIHQSLLCD NAEVKERVTL KPRSVLTSQV VVGPNITLPE GSVISLHPPD AEEDEDDGEF SDDSGADQEK DKVKM KGYN PAEVGAAGKG YLWKAAGMNM EEEEELQQNL WGLKINMEEE SESESEQSMD SEEPDSRGGS PQMDDIKVFQ NEVLGT LQR GKEENISCDN LVLEINSLKY AYNISLKEVM QVLSHVVLEF PLQQMDSPLD SSRYCALLLP LLKAWSPVFR NYIKRAA DH LEALAAIEDF FLEHEALGIS MAKVLMAFYQ LEILAEETIL SWFSQRDTTD KGQQLRKNQQ LQRFIQWLKE AEEESSED D UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon |
-分子 #6: Non-structural protein NS-S
分子 | 名称: Non-structural protein NS-S / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Sandfly fever sicilian virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 29.695385 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNSQYMFDYP AINIDVRCHR LLSSVSYVAY NKFHTHDVST YEHCEIPLEK LRLGFGRRNS LADFYSLGEL PASWGPACYF SSVKPMMYT FQGMASDLSR FDLTSFSRKG LPNVLKALSW PLGIPDCEIF SICSDRFVRG LQTRDQLMSY ILRMGDSHSL D ECIVQAHK ...文字列: MNSQYMFDYP AINIDVRCHR LLSSVSYVAY NKFHTHDVST YEHCEIPLEK LRLGFGRRNS LADFYSLGEL PASWGPACYF SSVKPMMYT FQGMASDLSR FDLTSFSRKG LPNVLKALSW PLGIPDCEIF SICSDRFVRG LQTRDQLMSY ILRMGDSHSL D ECIVQAHK KILQEARRLG LSDEHYNGYD LFREIGSLVC LRLINAEPFD TASSGEALDV RTVIRSYRAS DPSTGLTEYG NS LWTPIHS HVDENDESSS DSDF UniProtKB: Non-structural protein NS-S |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 888479 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |