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万見
- EMDB-31238: Cryo-EM structure of inactive mGlu2-7 heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31238
タイトルCryo-EM structure of inactive mGlu2-7 heterodimer
マップデータ
試料
  • 複合体: Inactive mGlu2-7 heterodimer
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 2,Peptidylprolyl isomerase
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 3 of Metabotropic glutamate receptor 7
キーワードCryo-EM structure / membrane protein / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of response to drug / group II metabotropic glutamate receptor activity / intracellular glutamate homeostasis / behavioral response to nicotine / negative regulation of adenylate cyclase activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate secretion / glutamate receptor activity ...regulation of response to drug / group II metabotropic glutamate receptor activity / intracellular glutamate homeostasis / behavioral response to nicotine / negative regulation of adenylate cyclase activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate secretion / glutamate receptor activity / regulation of glutamate secretion / long-term synaptic depression / regulation of dopamine secretion / calcium channel regulator activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / sarcoplasmic reticulum membrane / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to cocaine / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / G protein-coupled receptor activity / presynaptic membrane / gene expression / G alpha (i) signalling events / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / axon / glutamatergic synapse / dendrite / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 2 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 2 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / : / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
peptidylprolyl isomerase / Metabotropic glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Du J / Wang D
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)31825010 中国
National Science Foundation (NSF, China)81525024 中国
National Science Foundation (NSF, China)31830020 中国
National Science Foundation (NSF, China)81720108031 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structures of human mGlu2 and mGlu7 homo- and heterodimers.
著者: Juan Du / Dejian Wang / Hongcheng Fan / Chanjuan Xu / Linhua Tai / Shuling Lin / Shuo Han / Qiuxiang Tan / Xinwei Wang / Tuo Xu / Hui Zhang / Xiaojing Chu / Cuiying Yi / Peng Liu / Xiaomei ...著者: Juan Du / Dejian Wang / Hongcheng Fan / Chanjuan Xu / Linhua Tai / Shuling Lin / Shuo Han / Qiuxiang Tan / Xinwei Wang / Tuo Xu / Hui Zhang / Xiaojing Chu / Cuiying Yi / Peng Liu / Xiaomei Wang / Yu Zhou / Jean-Philippe Pin / Philippe Rondard / Hong Liu / Jianfeng Liu / Fei Sun / Beili Wu / Qiang Zhao /
要旨: The metabotropic glutamate receptors (mGlus) are involved in the modulation of synaptic transmission and neuronal excitability in the central nervous system. These receptors probably exist as both ...The metabotropic glutamate receptors (mGlus) are involved in the modulation of synaptic transmission and neuronal excitability in the central nervous system. These receptors probably exist as both homo- and heterodimers that have unique pharmacological and functional properties. Here we report four cryo-electron microscopy structures of the human mGlu subtypes mGlu2 and mGlu7, including inactive mGlu2 and mGlu7 homodimers; mGlu2 homodimer bound to an agonist and a positive allosteric modulator; and inactive mGlu2-mGlu7 heterodimer. We observed a subtype-dependent dimerization mode for these mGlus, as a unique dimer interface that is mediated by helix IV (and that is important for limiting receptor activity) exists only in the inactive mGlu2 structure. The structures provide molecular details of the inter- and intra-subunit conformational changes that are required for receptor activation, which distinguish class C G-protein-coupled receptors from those in classes A and B. Furthermore, our structure and functional studies of the mGlu2-mGlu7 heterodimer suggest that the mGlu7 subunit has a dominant role in controlling dimeric association and G-protein activation in the heterodimer. These insights into mGlu homo- and heterodimers highlight the complex landscape of mGlu dimerization and activation.
履歴
登録2021年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月23日-
マップ公開2021年6月23日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7epd
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7epd
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31238.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31238.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 110 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 304 pix.
= 317.68 Å		1.05 Å/pix.
x 308 pix.
= 321.86 Å		1.05 Å/pix.
x 308 pix.
= 321.86 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.03784573 - 0.17691374
平均 (標準偏差)0.00036393525 (±0.0023644394)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ308308304
Spacing308308304
セルA: 321.86 Å / B: 321.86 Å / C: 317.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0451.0451.045
M x/y/z308308304
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z321.860321.860317.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ192139186
NX/NY/NZ211274246
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS308308304
D min/max/mean-0.0380.1770.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Inactive mGlu2-7 heterodimer

全体名称: Inactive mGlu2-7 heterodimer
要素
  • 複合体: Inactive mGlu2-7 heterodimer
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 2,Peptidylprolyl isomerase
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 3 of Metabotropic glutamate receptor 7

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超分子 #1: Inactive mGlu2-7 heterodimer

超分子名称: Inactive mGlu2-7 heterodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 2,Peptidylprolyl isomerase

分子名称: Metabotropic glutamate receptor 2,Peptidylprolyl isomerase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidylprolyl isomerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 104.904 KDa
組換発現生物種: mammal environmental sample (環境試料)
配列文字列: DYKDDDDGAP EGPAKKVLTL EGDLVLGGLF PVHQKGGPAE DCGPVNEHRG IQRLEAMLFA LDRINRDPHL LPGVRLGAHI LDSCSKDTH ALEQALDFVR ASLSRGADGS RHICPDGSYA THGDAPTAIT GVIGGSYSDV SIQVANLLRL FQIPQISYAS T SAKLSDKS ...文字列:
DYKDDDDGAP EGPAKKVLTL EGDLVLGGLF PVHQKGGPAE DCGPVNEHRG IQRLEAMLFA LDRINRDPHL LPGVRLGAHI LDSCSKDTH ALEQALDFVR ASLSRGADGS RHICPDGSYA THGDAPTAIT GVIGGSYSDV SIQVANLLRL FQIPQISYAS T SAKLSDKS RYDYFARTVP PDFFQAKAMA EILRFFNWTY VSTVASEGDY GETGIEAFEL EARARNICVA TSEKVGRAMS RA AFEGVVR ALLQKPSARV AVLFTRSEDA RELLAASQRL NASFTWVASD GWGALESVVA GSEGAAEGAI TIELASYPIS DFA SYFQSL DPWNNSRNPW FREFWEQRFR CSFRQRDCAA HSLRAVPFEQ ESKIMFVVNA VYAMAHALHN MHRALCPNTT RLCD AMRPV NGRRLYKDFV LNVKFDAPFR PADTHNEVRF DRFGDGIGRY NIFTYLRAGS GRYRYQKVGY WAEGLTLDTS LIPWA SPSA GPLPASRCSE PCLQNEVKSV QPGEVCCWLC IPCQPYEYRL DEFTCADCGL GYWPNASLTG CFELPQEYIR WGDAWA VGP VTIACLGALA TLFVLGVFVR HNATPVVKAS GRELCYILLG GVFLCYCMTF IFIAKPSTAV CTLRRLGLGT AFSVCYS AL LTKTYRIARI FGGAREGAQR PRFISPASQV AICLALISGQ LLIVVAWLVV EAPGTGKETA PERREVVTLR CNHRDASM L GSLAYNVLLI ALCTLYAFKT RKCPENFNEA KFIGFTMYTT CIIWLAFLPI FYVTSSDYRV QTTTMCVSVS LSGSVVLGC LFAPKLYIIL FQPQKNVAAA GVQVETISPG DGRTFPKRGQ TCVVHYTGML EDGKKFDSSR DRNKPFKFML GKQEVIRGWE EGVAQMSVG QRAKLTISPD YAYGATGHPG IIPPHATLVF DVELLKLEEF LEVLFQGPHH HHHHHHHH

UniProtKB: Metabotropic glutamate receptor 2, peptidylprolyl isomerase

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分子 #2: Isoform 3 of Metabotropic glutamate receptor 7

分子名称: Isoform 3 of Metabotropic glutamate receptor 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 109.243688 KDa
組換発現生物種: mammal environmental sample (環境試料)
配列文字列: GSWSHPQFEK GSGSWSHPQF EKGSLEVLFQ GPGAPQEMYA PHSIRIEGDV TLGGLFPVHA KGPSGVPCGD IKRENGIHRL EAMLYALDQ INSDPNLLPN VTLGARILDT CSRDTYALEQ SLTFVQALIQ KDTSDVRCTN GEPPVFVKPE KVVGVIGASG S SVSIMVAN ...文字列:
GSWSHPQFEK GSGSWSHPQF EKGSLEVLFQ GPGAPQEMYA PHSIRIEGDV TLGGLFPVHA KGPSGVPCGD IKRENGIHRL EAMLYALDQ INSDPNLLPN VTLGARILDT CSRDTYALEQ SLTFVQALIQ KDTSDVRCTN GEPPVFVKPE KVVGVIGASG S SVSIMVAN ILRLFQIPQI SYASTAPELS DDRRYDFFSR VVPPDSFQAQ AMVDIVKALG WNYVSTLASE GSYGEKGVES FT QISKEAG GLCIAQSVRI PQERKDRTID FDRIIKQLLD TPNSRAVVIF ANDEDIKQIL AAAKRADQVG HFLWVGSDSW GSK INPLHQ HEDIAEGAIT IQPKRATVEG FDAYFTSRTL ENNRRNVWFA EYWEENFNCK LTISGSKKED TDRKCTGQER IGKD SNYEQ EGKVQFVIDA VYAMAHALHH MNKDLCADYR GVCPEMEQAG GKKLLKYIRN VNFNGSAGTP VMFNKNGDAP GRYDI FQYQ TTNTSNPGYR LIGQWTDELQ LNIEDMQWGK GVREIPASVC TLPCKPGQRK KTQKGTPCCW TCEPCDGYQY QFDEMT CQH CPYDQRPNEN RTGCQDIPII KLEWHSPWAV IPVFLAMLGI IATIFVMATF IRYNDTPIVR ASGRELSYVL LTGIFLC YI ITFLMIAKPD VAVCSFRRVF LGLGMCISYA ALLTKTNRIY RIFEQGKKSV TAPRLISPTS QLAITSSLIS VQLLGVFI W FIVDPPNIII DYDEHKTMNP EQARGVLKCD ITDLQIICSL GYSILLMVTC TVYAFKTRGV PENFNEAKYI GFTMYTTCI VWLAFIPIFF GTAQSAEKLY IQTTTLTISM NLSASVALGM LYMPKVYIII FHPELNVQKR AAAAILWHEM WHEGLEEASR LYFGERNVK GMFEVLEPLH AMMERGPQTL KETSFNQAYG RDLMEAQEWC RKYMKSGNVK DLTQAWDLYY HVFRRISKQE F DYKDDDD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.1875 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1113538
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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