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万見
- EMDB-31062: Structure of monomeric photosystem II -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31062
タイトルStructure of monomeric photosystem II
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: x 19種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 16種
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II ...photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily ...Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II reaction center protein Y / Cytochrome b559 subunit alpha ...Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II reaction center protein Y / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II protein D1 / Photosystem II extrinsic protein U / Photosystem II reaction center protein J
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Yu H / Hamaguchi T / Nakajima Y / Kato K / kawakami K / Akita F / Yonekura K / Shen JR
資金援助 日本, 6件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19K22396 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H03194 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H02914 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP17H06434 日本
Japan Science and TechnologyJPMJPR16P1 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101072 日本
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of monomeric photosystem II at 2.78 Å resolution reveals factors important for the formation of dimer.
著者: Huaxin Yu / Tasuku Hamaguchi / Yoshiki Nakajima / Koji Kato / Keisuke Kawakami / Fusamichi Akita / Koji Yonekura / Jian-Ren Shen /
要旨: Photosystem II (PSII) functions mainly as a dimer to catalyze the light energy conversion and water oxidation reactions. However, monomeric PSII also exists and functions in vivo in some cases. The ...Photosystem II (PSII) functions mainly as a dimer to catalyze the light energy conversion and water oxidation reactions. However, monomeric PSII also exists and functions in vivo in some cases. The crystal structure of monomeric PSII has been solved at 3.6 Å resolution, but it is still not clear which factors contribute to the formation of the dimer. Here, we solved the structure of PSII monomer at a resolution of 2.78 Å using cryo-electron microscopy (cryo-EM). From our cryo-EM density map, we observed apparent differences in pigments and lipids in the monomer-monomer interface between the PSII monomer and dimer. One β-carotene and two sulfoquinovosyl diacylglycerol (SQDG) molecules are found in the monomer-monomer interface of the dimer structure but not in the present monomer structure, although some SQDG and other lipid molecules are found in the analogous region of the low-resolution crystal structure of the monomer, or cryo-EM structure of an apo-PSII monomer lacking the extrinsic proteins from Synechocystis sp. PCC 6803. In the current monomer structure, a large part of the PsbO subunit was also found to be disordered. These results indicate the importance of the β-carotene, SQDG and PsbO in formation of the PSII dimer.
履歴
登録2021年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月7日-
マップ公開2021年7月7日-
更新2021年8月4日-
現状2021年8月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0316
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0316
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7eda
  • 表面レベル: 0.0316
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31062.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31062.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82192 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0316 / ムービー #1: 0.0316
最小 - 最大-0.110696636 - 0.18032026
平均 (標準偏差)0.0005671546 (±0.0068998793)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 197.26031 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.821916666666670.821916666666670.82191666666667
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z197.260197.260197.260
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.1110.1800.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_31062_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_31062_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_31062_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem II

全体名称: Photosystem II
要素
  • 複合体: Photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c-550
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Ycf12
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein X
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein Y
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Photosystem II

超分子名称: Photosystem II / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6, #8-#20
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)

+
分子 #1: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 37.029234 KDa
配列文字列: ANLWERFCNW VTSTDNRLYV GWFGVIMIPT LLAATICFVI AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITG AVVPSSNAIG LHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIIFHF LLGASCYMGR QWELSYRLGM RPWICVAYSA PLASAFAVFL IYPIGQGSFS D GMPLGISG ...文字列:
ANLWERFCNW VTSTDNRLYV GWFGVIMIPT LLAATICFVI AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITG AVVPSSNAIG LHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIIFHF LLGASCYMGR QWELSYRLGM RPWICVAYSA PLASAFAVFL IYPIGQGSFS D GMPLGISG TFNFMIVFQA EHNILMHPFH QLGVAGVFGG ALFCAMHGSL VTSSLIRETT ETESANYGYK FGQEEETYNI VA AHGYFGR LIFQYASFNN SRSLHFFLAA WPVVGVWFAA LGISTMAFNL NGFNFNHSVI DAKGNVINTW ADIINRANLG MEV MHERNA HNFPLDLA

+
分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 55.939562 KDa
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GLPWYRVHTV LINDPGRLIA AHLMHTALVA GWAGSMALYE LATFDPSDPV LNPMWRQGMF VLPFMARLGV TGSWSGWSIT GETGIDPGF WSFEGVALAH IVLSGLLFLA ACWHWVYWDL ELFRDPRTGE PALDLPKMFG IHLFLAGLLC FGFGAFHLTG L FGPGMWVS DPYGLTGSVQ PVAPEWGPDG FNPYNPGGVV AHHIAAGIVG IIAGLFHILV RPPQRLYKAL RMGNIETVLS SS IAAVFFA AFVVAGTMWY GSATTPIELF GPTRYQWDSS YFQQEINRRV QASLASGATL EEAWSAIPEK LAFYDYIGNN PAK GGLFRT GPMNKGDGIA QAWKGHAVFR NKEGEELFVR RMPAFFESFP VILTDKNGVV KADIPFRRAE SKYSFEQQGV TVSF YGGEL NGQTFTDPPT VKSYARKAIF GEIFEFDTET LNSDGIFRTS PRGWFTFAHA VFALLFFFGH IWHGARTLFR DVFSG IDPE LSPEQVEWGF YQKVGDVTTR

+
分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 49.20725 KDa
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ATNRDQESSG FAWWAGNARL INLSGKLLGA HVAHAGLIVF WAGAMTLFEL AHFIPEKPMY EQGLILIPHI ATLGWGVGPG GEVVDTFPF FVVGVVHLIS SAVLGFGGVY HAIRGPETLE EYSSFFGYDW KDKNKMTTIL GFHLIVLGIG ALLLVAKAMF F GGLYDTWA PGGGDVRVIT NPTLDPRVIF GYLLKSPFGG EGWIVSVNNL EDVVGGHIWI GLICIAGGIW HILTTPFGWA RR AFIWSGE AYLSYSLGAL SMMGFIATCF VWFNNTVYPS EFYGPTGPEA SQAQAMTFLI RDQKLGANVG SAQGPTGLGK YLM RSPTGE IIFGGETMRF WDFRGPWLEP LRGPNGLDLN KIKNDIQPWQ ERRAAEYMTH APLGSLNSVG GVATEINSVN FVSP RSWLA TSHFVLAFFF LVGHLWHAGR ARAAAAGFEK GIDRESEPVL SMPSLD

+
分子 #4: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 38.290828 KDa
配列文字列: RGWFDILDDW LKRDRFVFVG WSGILLFPCA YLALGGWLTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFLTVAVSTP ANSMGHSLLL LWGPEAQGD FTRWCQLGGL WTFIALHGAF GLIGFMLRQF EIARLVGVRP YNAIAFSAPI AVFVSVFLIY PLGQSSWFFA P SFGVAAIF ...文字列:
RGWFDILDDW LKRDRFVFVG WSGILLFPCA YLALGGWLTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFLTVAVSTP ANSMGHSLLL LWGPEAQGD FTRWCQLGGL WTFIALHGAF GLIGFMLRQF EIARLVGVRP YNAIAFSAPI AVFVSVFLIY PLGQSSWFFA P SFGVAAIF RFLLFFQGFH NWTLNPFHMM GVAGVLGGAL LCAIHGATVE NTLFQDGEGA STFRAFNPTQ AEETYSMVTA NR FWSQIFG IAFSNKRWLH FFMLFVPVTG LWMSAIGVVG LALNLRSYDF ISQEIRAAED PEFETFYTKN LLLNEGIRAW MAP QDQP(HSK)E NFVFPEEVLP RGNAL

+
分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 9.58084 KDa
配列文字列:
MAGTTGERPF SDIITSVRYW VIHSITIPAL FIAGWLFVST GLAYDVFGTP RPDSYYAQEQ RSIPLVTDRF EAKQQVETFL EQLK

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 5.0679 KDa
配列文字列:
MTSNTPNQEP VSYPIFTVRW VAVHTLAVPT IFFLGAIAAM QFIQR

+
分子 #7: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 6.986271 KDa
配列文字列:
ARRTWLGDIL RPLNSEYGKV APGWGTTPLM AVFMGLFLVF LLIILEIYNS TLILDGVNVS WK

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 4.438255 KDa
配列文字列:
(FME)ETLKITVYI VVTFFVLLFV FGFLSGDPAR NPKRKDLE

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 4.105908 KDa
配列文字列:
MMSEGGRIPL WIVATVAGMG VIVIVGLFFY GAYAGLGSSL

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 4.101911 KDa
配列文字列:
KLPEAYAIFD PLVDVLPVIP VLFLALAFVW QAAVGFR

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 4.299044 KDa
配列文字列:
MEPNPNRQPV ELNRTSLYLG LLLILVLALL FSSYFFN

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 3.289899 KDa
配列文字列:
VNQLGLIATA LFVLVPSVFL IILYVQTESQ

+
分子 #13: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide

分子名称: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 26.651707 KDa
配列文字列: QTLTYDDIVG TGLANKCPTL DDTARGAYPI DSSQTYRIAR LCLQPTTFLV KEEPKNKRQE AEFVPTKLVT RETTSLDQIQ GELKVNSDG SLTFVEEDGI DFQPVTVQMA GGERIPLLFT VKNLVASTQP NVTSITTSTD FKGEFNVPSY RTANFLDPKG R GLASGYDS ...文字列:
QTLTYDDIVG TGLANKCPTL DDTARGAYPI DSSQTYRIAR LCLQPTTFLV KEEPKNKRQE AEFVPTKLVT RETTSLDQIQ GELKVNSDG SLTFVEEDGI DFQPVTVQMA GGERIPLLFT VKNLVASTQP NVTSITTSTD FKGEFNVPSY RTANFLDPKG R GLASGYDS AIALPQAKEE ELARANVKRF SLTKGQISLN VAKVDGRTGE IAGTFESEQL SDDDMGAHEP HEVKIQGVFY AS IEPA

+
分子 #14: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 3.648379 KDa
配列文字列:
(FME)ETITYVFIF ACIIALFFFA IFFREPPRIT

+
分子 #15: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein

分子名称: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 11.655986 KDa
配列文字列:
ATASTEEELV NVVDEKLGTA YGEKIDLNNT NIAAFIQYRG LYPTLAKLIV KNAPYESVED VLNIPGLTER QKQILRENLE HFTVTEVET ALVEGGDRYN NGLYK

+
分子 #16: Cytochrome c-550

分子名称: Cytochrome c-550 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 18.046943 KDa
配列文字列:
MLKKCVWLAV ALCLCLWQFT MGTALAAELT PEVLTVPLNS EGKTITLTEK QYLEGKRLFQ YACASCHVGG ITKTNPSLDL RTETLALAT PPRDNIEGLV DYMKNPTTYD GEQEIAEVHP SLRSADIFPK MRNLTEKDLV AIAGHILVEP KILGDKWGGG K VYY

+
分子 #17: Photosystem II reaction center protein Ycf12

分子名称: Photosystem II reaction center protein Ycf12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 3.228035 KDa
配列文字列:
EVIAQLTMIA MIGIAGPMII FLLAVRRGNL

+
分子 #18: Photosystem II reaction center protein X

分子名称: Photosystem II reaction center protein X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 4.19103 KDa
配列文字列:
TITPSLKGFF IGLLSGAVVL GLTFAVLIAI SQIDKVQRSL

+
分子 #19: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 6.766187 KDa
配列文字列:
MTILFQLALA ALVILSFVMV IGVPVAYASP QDWDRSKQLI FLGSGLWIAL VLVVGVLNFF VV

+
分子 #20: Photosystem II protein Y

分子名称: Photosystem II protein Y / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
分子量理論値: 3.859732 KDa
配列文字列:
DWRVLVVLLP VLLAAGWAVR NILPYAVKQV QKLL

+
分子 #21: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #22: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #23: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 35 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #24: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #25: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 8 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

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分子 #26: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

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分子 #27: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 3 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #28: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 2 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #29: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 1 / 式: UNL
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

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分子 #30: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 4 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #31: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 1 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

+
分子 #32: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 4 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #33: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #34: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol

分子名称: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 1 / 式: RRX
分子量理論値: 552.872 Da
Chemical component information

ChemComp-RRX:
(3R)-beta,beta-caroten-3-ol / β-クリプトキサンチン

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分子 #35: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 1 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

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分子 #36: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 16 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 173875
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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