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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eda | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of monomeric photosystem II | |||||||||||||||||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem / membrane protein | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II ...photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Yu, H. / Hamaguchi, T. / Nakajima, Y. / Kato, K. / kawakami, K. / Akita, F. / Yonekura, K. / Shen, J.R. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of monomeric photosystem II at 2.78 Å resolution reveals factors important for the formation of dimer. 著者: Huaxin Yu / Tasuku Hamaguchi / Yoshiki Nakajima / Koji Kato / Keisuke Kawakami / Fusamichi Akita / Koji Yonekura / Jian-Ren Shen / ![]() 要旨: Photosystem II (PSII) functions mainly as a dimer to catalyze the light energy conversion and water oxidation reactions. However, monomeric PSII also exists and functions in vivo in some cases. The ...Photosystem II (PSII) functions mainly as a dimer to catalyze the light energy conversion and water oxidation reactions. However, monomeric PSII also exists and functions in vivo in some cases. The crystal structure of monomeric PSII has been solved at 3.6 Å resolution, but it is still not clear which factors contribute to the formation of the dimer. Here, we solved the structure of PSII monomer at a resolution of 2.78 Å using cryo-electron microscopy (cryo-EM). From our cryo-EM density map, we observed apparent differences in pigments and lipids in the monomer-monomer interface between the PSII monomer and dimer. One β-carotene and two sulfoquinovosyl diacylglycerol (SQDG) molecules are found in the monomer-monomer interface of the dimer structure but not in the present monomer structure, although some SQDG and other lipid molecules are found in the analogous region of the low-resolution crystal structure of the monomer, or cryo-EM structure of an apo-PSII monomer lacking the extrinsic proteins from Synechocystis sp. PCC 6803. In the current monomer structure, a large part of the PsbO subunit was also found to be disordered. These results indicate the importance of the β-carotene, SQDG and PsbO in formation of the PSII dimer. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 521.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 444.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 120.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 157.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Photosystem II ... , 17種, 17分子 ABCDHIJKLMOTUYXZR
#1: タンパク質 | 分子量: 37029.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P51765, photosystem II |
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#2: タンパク質 | 分子量: 55939.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR1 |
#3: タンパク質 | 分子量: 49207.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR7 |
#4: タンパク質 | 分子量: 38290.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR8, photosystem II |
#7: タンパク質 | 分子量: 6986.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P19052 |
#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4438.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12240 |
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4105.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q7DGD4 |
#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4101.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P19054 |
#11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12241 |
#12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3289.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12312 |
#13: タンパク質 | 分子量: 26651.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR2 |
#14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3648.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12313 |
#15: タンパク質 | 分子量: 11655.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P56152 |
#17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3228.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR3 |
#18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4191.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR4 |
#19: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR5 |
#20: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3859.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P0DM37 |
-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 2分子 EF
#5: タンパク質 | 分子量: 9580.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12238 |
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#6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5067.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12239 |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 V![](data/chem/img/DGD.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
#16: タンパク質 | 分子量: 18046.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P0A387 |
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#30: 糖 | ChemComp-DGD / |
-非ポリマー , 15種, 79分子 ![](data/chem/img/OEX.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PHO.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/PL9.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/RRX.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/PL9.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/RRX.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#21: 化合物 | ChemComp-OEX / | ||||||||||||||||||||||||
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#22: 化合物 | ChemComp-FE2 / | ||||||||||||||||||||||||
#23: 化合物 | ChemComp-CLA / #24: 化合物 | #25: 化合物 | ChemComp-BCR / #26: 化合物 | #27: 化合物 | #28: 化合物 | #29: 化合物 | ChemComp-UNL / | 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #31: 化合物 | ChemComp-BCT / | #32: 化合物 | ChemComp-LHG / #33: 化合物 | ChemComp-HEM / | #34: 化合物 | ChemComp-RRX / ( | #35: 化合物 | ChemComp-HEC / | #36: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Photosystem II / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6, #8-#20 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 173875 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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