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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30986 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the yeast mitochondrial SAM-Tom40/Tom5/Tom6 complex at 3.0 angstrom | |||||||||
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![]() | TRANSLOCASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / SAM complex / membrane insertase activity / mitochondrial outer membrane translocase complex / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial matrix / phospholipid transport / protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity ...mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / SAM complex / membrane insertase activity / mitochondrial outer membrane translocase complex / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial matrix / phospholipid transport / protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / mitochondrion organization / mitochondrial intermembrane space / protein-containing complex assembly / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å | |||||||||
![]() | Wang Q / Guan ZY | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insight into the SAM-mediated assembly of the mitochondrial TOM core complex. 著者: Qiang Wang / Zeyuan Guan / Liangbo Qi / Jinjin Zhuang / Chen Wang / Sixing Hong / Ling Yan / Yan Wu / Xiaoqian Cao / Jianbo Cao / Junjie Yan / Tingting Zou / Zhu Liu / Delin Zhang / Chuangye Yan / Ping Yin / ![]() 要旨: β barrel outer membrane proteins (β-OMPs) play vital roles in mitochondria, chloroplasts, and Gram-negative bacteria. Evolutionarily conserved complexes such as the mitochondrial sorting and ...β barrel outer membrane proteins (β-OMPs) play vital roles in mitochondria, chloroplasts, and Gram-negative bacteria. Evolutionarily conserved complexes such as the mitochondrial sorting and assembly machinery (SAM) mediate the assembly of β-OMPs. We investigated the SAM-mediated assembly of the translocase of the outer membrane (TOM) core complex. Cryo–electron microscopy structures of SAM–fully folded Tom40 and the SAM-Tom40/Tom5/Tom6 complexes at ~3-angstrom resolution reveal that Sam37 stabilizes the mature Tom40 mainly through electrostatic interactions, thus facilitating subsequent TOM assembly. These results support the β barrel switching model and provide structural insights into the assembly and release of β barrel complexes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 78.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 92.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 476.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 476.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : SAM-Tom40/Tom5/Tom6 complex
全体 | 名称: SAM-Tom40/Tom5/Tom6 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: SAM-Tom40/Tom5/Tom6 complex
超分子 | 名称: SAM-Tom40/Tom5/Tom6 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #2: Sorting assembly machinery subunits
超分子 | 名称: Sorting assembly machinery subunits / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: Mitochondrial import receptor subunits
超分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunits / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#6 |
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-分子 #1: Sorting assembly machinery 50 kDa subunit
分子 | 名称: Sorting assembly machinery 50 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 54.544918 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MATSSSGVDN EISLDSPMPI FNESSTLKPI RVAGVVTTGT DHIDPSVLQA YLDDTIMKSI TLGQLVKNAD VLNKRLCQHH IALNAKQSF HFQGNTYISD EKETHDVVPL MEVVSQLDIL PPKTFTAKTG TNFGNDNDAE AYLQFEKLID KKYLKLPTRV N LEILRGTK ...文字列: MATSSSGVDN EISLDSPMPI FNESSTLKPI RVAGVVTTGT DHIDPSVLQA YLDDTIMKSI TLGQLVKNAD VLNKRLCQHH IALNAKQSF HFQGNTYISD EKETHDVVPL MEVVSQLDIL PPKTFTAKTG TNFGNDNDAE AYLQFEKLID KKYLKLPTRV N LEILRGTK IHSSFLFNSY SSLSPQSILN LKVFSQFYNW NTNKGLDIGQ RGARLSLRYE PLFLHKLLHN PHSNESPTLF HE WFLETCW RSTKICSQGT SAPYMYSGTM LSQAGDQLRT ILGHTFVLDK RDHIMCPTKG SMLKWSNELS PGKHLKTQLE LNS VKSWMN DDFITFSTTI KTGYLKNLSS QQSLPVHICD KFQSGGPSDI RGFQTFGLGP RDLYDAVGGD AFVSYGLSVF SRLP WKKVE KSNFRLHWFF NGGKLVNHDN TSLGNCIGQL SKEHSTSTGI GLVLRHPMAR FELNFTLPIT AHENDLIRKG FQFGL GLAF L UniProtKB: Sorting assembly machinery 50 kDa subunit |
-分子 #2: Sorting assembly machinery 35 kDa subunit
分子 | 名称: Sorting assembly machinery 35 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 37.44607 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MVSSFSVPMP VKRIFDTFPL QTYAAQTDKD EAVALEIQRR SYTFTERGGG SSELTVEGTY KLGVYNVFLE ANTGAALATD PWCLFVQLA LCQKNGLVLP THSQEQTPSH TCNHEMLVLS RLSNPDEALP ILVEGYKKRI IRSTVAISEI MRSRILDDAE Q LMYYTLLD ...文字列: MVSSFSVPMP VKRIFDTFPL QTYAAQTDKD EAVALEIQRR SYTFTERGGG SSELTVEGTY KLGVYNVFLE ANTGAALATD PWCLFVQLA LCQKNGLVLP THSQEQTPSH TCNHEMLVLS RLSNPDEALP ILVEGYKKRI IRSTVAISEI MRSRILDDAE Q LMYYTLLD TVLYDCWITQ IIFCASDAQF MELYSCQKLS GSIVTPLDVE NSLLQKLSAK SLKISLTKRN KFQFRHREIV KS MQGVYHN HHNSVNQEQV LNVLFENSKQ VLLGLKDMLK SDGQPTYLHL KIASYILCIT NVKEPIKLKT FVENECKELV QFA QDTLKN FVQ UniProtKB: Sorting assembly machinery 35 kDa subunit |
-分子 #3: Sorting assembly machinery 37 kDa subunit
分子 | 名称: Sorting assembly machinery 37 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 40.498754 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MVKGSVHLWG KDGKASLISV DSIALVWFIK LCTSEEAKSM VAGLQIVFSN NTDLSSDGKL PVLILDNGTK VSGYVNIVQF LHKNICTSK YEKGTDYEED LAIVRKKDRL LEYSLLNYVD VEISRLTDYQ LFLNTKNYNE YTKKLFSKLL YFPMWYNTPL Q LRSQAREN ...文字列: MVKGSVHLWG KDGKASLISV DSIALVWFIK LCTSEEAKSM VAGLQIVFSN NTDLSSDGKL PVLILDNGTK VSGYVNIVQF LHKNICTSK YEKGTDYEED LAIVRKKDRL LEYSLLNYVD VEISRLTDYQ LFLNTKNYNE YTKKLFSKLL YFPMWYNTPL Q LRSQAREN CEEIIGSLTL EDDEEFVESK AMESASQLAQ SKTFKIAHKN KIKGKQELQQ VKYNLQFDNR LQSCVSNWLA AR KKLDDSV ILSSDLLFLA NLYVQLGLPD GNRIRSKLEQ TFGSELLNSM SNKIDDFVHR PSNNLEQRDP QFREQGNVVM SLY NLACKY ILEDYKDHDG DYKDHDIDYK DDDDK UniProtKB: Sorting assembly machinery 37 kDa subunit |
-分子 #4: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 43.947262 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MASAPTPLAE ASQIPTIPAL SPLTAKQSKG NFFSSNPISS FVVDTYKQLH SHRQSLELVN PGTVENLNKE VSRDVFLSQY FFTGLRADL NKAFSMNPAF QTSHTFSIGS QALPKYAFSA LFANDNLFAQ GNIDNDLSVS GRLNYGWDKK NISKVNLQIS D GQPTMCQL ...文字列: MASAPTPLAE ASQIPTIPAL SPLTAKQSKG NFFSSNPISS FVVDTYKQLH SHRQSLELVN PGTVENLNKE VSRDVFLSQY FFTGLRADL NKAFSMNPAF QTSHTFSIGS QALPKYAFSA LFANDNLFAQ GNIDNDLSVS GRLNYGWDKK NISKVNLQIS D GQPTMCQL EQDYQASDFS VNVKTLNPSF SEKGEFTGVA VASFLQSVTP QLALGLETLY SRTDGSAPGD AGVSYLTRYV SK KQDWIFS GQLQANGALI ASLWRKVAQN VEAGIETTLQ AGMVPITDPL MGTPIGIQPT VEGSTTIGAK YEYRQSVYRG TLD SNGKVA CFLERKVLPT LSVLFCGEID HFKNDTKIGC GLQFETAGNQ ELLMLQQGLD ADGNPLQALP QLLESAGKPI PNPL LGLDS T UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 |
-分子 #5: Mitochondrial import receptor subunit TOM5
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 6.196197 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAMFGLPQQE VSEEEKRAHQ EQTEKTLKQA AYVAAFLWVS PMIWHLVKKQ WK UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 |
-分子 #6: Mitochondrial import receptor subunit TOM6
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 6.481539 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MADGMFAMPG AAAGAASPQQ PKSRFQAFKE SPLYTIALNG AFFVAGVAFI QSPLMDMLAP QL UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 406531 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) |