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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30950 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 spike in complex with the CA521 neutralizing antibody Fab (focused refinement on Fab-RBD) | |||||||||
マップデータ | Focused refinement on CA521 Fab-RBD | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu C / Song D / Dou C | |||||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021 タイトル: Structure and function analysis of a potent human neutralizing antibody CA521 against SARS-CoV-2. 著者: Deyong Song / Wenbo Wang / Chuangchuang Dong / Zhenfei Ning / Xiu Liu / Chuan Liu / Guangying Du / Chunjie Sha / Kailin Wang / Jun Lu / Baiping Sun / Yanyan Zhao / Qiaoping Wang / Hongguang ...著者: Deyong Song / Wenbo Wang / Chuangchuang Dong / Zhenfei Ning / Xiu Liu / Chuan Liu / Guangying Du / Chunjie Sha / Kailin Wang / Jun Lu / Baiping Sun / Yanyan Zhao / Qiaoping Wang / Hongguang Xu / Ying Li / Zhenduo Shen / Jie Jiao / Ruiying Wang / Jingwei Tian / Wanhui Liu / Lan Wang / Yong-Qiang Deng / Changlin Dou / 要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the causative agent of the ongoing COVID-19 pandemic, which has resulted in more than two million deaths at 2021 February . There is ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the causative agent of the ongoing COVID-19 pandemic, which has resulted in more than two million deaths at 2021 February . There is currently no approved therapeutics for treating COVID-19. The SARS-CoV-2 Spike protein is considered a key therapeutic target by many researchers. Here we describe the identification of several monoclonal antibodies that target SARS-CoV-2 Spike protein. One human antibody, CA521, demonstrated neutralization potential by immunizing human antibody transgenic mice. CA521 showed potent SARS-CoV-2-specific neutralization activity against SARS-CoV-2 pseudovirus and authentic SARS-CoV-2 infection in vitro. CA521 also demonstrated having a long half-life of 9.5 days in mice and 9.3 days in rhesus monkeys. CA521 inhibited SARS-CoV-2 infection in SARS-CoV-2 susceptible mice at a therapeutic setting with virus titer of the lung reduced by 4.5 logs. Structural analysis by cryo-EM revealed that CA521 recognizes an epitope overlapping with angiotensin converting enzyme 2 (ACE2)-binding sites in SARS-CoV-2 RBD in the Spike protein. CA521 blocks the interaction by binding all three RBDs of one SARS-CoV-2 spike trimer simultaneously. These results demonstrate the importance for antibody-based therapeutic interventions against COVID-19 and identifies CA521 a promising antibody that reacts with SARS-CoV-2 Spike protein to strongly neutralize its activity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30950.map.gz | 63.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30950-v30.xml emd-30950.xml | 14.6 KB 14.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30950_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30950.png | 37 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30950 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30950 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30950.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Focused refinement on CA521 Fab-RBD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CA521 Fab-RBD sub-complex
全体 | 名称: CA521 Fab-RBD sub-complex |
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要素 |
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-超分子 #1: CA521 Fab-RBD sub-complex
超分子 | 名称: CA521 Fab-RBD sub-complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: Spike protein S1 2
超分子 | 名称: Spike protein S1 2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: CA521 Heavy Chain
超分子 | 名称: CA521 Heavy Chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
-超分子 #4: CA521 Light Chain
超分子 | 名称: CA521 Light Chain / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
-分子 #1: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 21.776381 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP L QSYGFQPT ...文字列: TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP L QSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATVCG |
-分子 #2: CA521 Heavy Chain
分子 | 名称: CA521 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 49.120105 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: EVQLQQWGAG LLKPSETLSL TCAVYGGSFS GYYWSWIRQP PGKGLEWIGE VNHSGSTNYN PSLKSRVTIS VDTSKNQLSL KLNSVTAAD TAVYYCARGN TMVRGVIIPF EYWDKGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPCSRS TSESTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列: EVQLQQWGAG LLKPSETLSL TCAVYGGSFS GYYWSWIRQP PGKGLEWIGE VNHSGSTNYN PSLKSRVTIS VDTSKNQLSL KLNSVTAAD TAVYYCARGN TMVRGVIIPF EYWDKGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPCSRS TSESTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTKTYTCNVD HKPSNTKVDK RVESKYGPPC PPCPAPEAAG GP SVFLFPP KPKDTLMISR TPEVTCVVVD VSQEDPEVQF NWYVDGVEVH NAKTKPREEQ FNSTYRVVSV LTVLHQDWLN GKE YKCKVS NKGLPSSIEK TISKAKGQPR EPQVYTLPPS QEEMTKNQVS LTCLVKGFYP SDIAVEWESN GQPENNYKTT PPVL DSDGS FFLYSRLTVD KSRWQEGNVF SCSVMHEALH NHYTQKSLSL SLG |
-分子 #3: CA521 Light Chain
分子 | 名称: CA521 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.350908 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SYLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASNRATGIPA RFSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQ QRSNWPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: EIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SYLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASNRATGIPA RFSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQ QRSNWPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |