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- PDB-2y3p: Crystal structure of N-terminal domain of GyrA with the antibioti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y3p
タイトルCrystal structure of N-terminal domain of GyrA with the antibiotic simocyclinone D8
要素DNA GYRASE SUBUNIT A
キーワードISOMERASE / AMINOCOUMARIN ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. ...Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Gyrase A; domain 2 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SIMOCYCLINONE D8 / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Edwards, M.J. / Flatman, R.H. / Mitchenall, L.A. / Stevenson, C.E.M. / Le, T.B.K. / Clarke, T.A. / McKay, A.R. / Fiedler, H.-P. / Buttner, M.J. / Lawson, D.M. / Maxwell, A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: A Crystal Structure of the Bifunctional Antibiotic Simocyclinone D8, Bound to DNA Gyrase.
著者: Edwards, M.J. / Flatman, R.H. / Mitchenall, L.A. / Stevenson, C.E.M. / Le, T.B.K. / Clarke, T.A. / Mckay, A.R. / Fiedler, H.-P. / Buttner, M.J. / Lawson, D.M. / Maxwell, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of a Complex Formed between the Antibiotic Simocyclinone D8 and the DNA Breakage-Reunion Domain of Escherichia Coli DNA Gyrase.
著者: Edwards, M.J. / Flatman, R.H. / Mitchenall, L.A. / Stevenson, C.E.M. / Maxwell, A. / Lawson, D.M.
履歴
登録2010年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2010年12月29日ID: 2WL2
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA GYRASE SUBUNIT A
B: DNA GYRASE SUBUNIT A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,2088
ポリマ－117,2462
非ポリマー1,9626
水1,72996
1
A: DNA GYRASE SUBUNIT A
B: DNA GYRASE SUBUNIT A
ヘテロ分子

A: DNA GYRASE SUBUNIT A
B: DNA GYRASE SUBUNIT A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,41616
ポリマ－234,4924
非ポリマー3,92412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y+1/2,z1
Buried area16370 Å2
ΔGint-114.4 kcal/mol
Surface area85510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.910, 153.090, 177.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.158, 0.983, -0.098), (0.981, -0.168, -0.096), (-0.111, -0.081, -0.99)
ベクター: -35.25542, 46.29, 46.39528)

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要素

#1: タンパク質 DNA GYRASE SUBUNIT A / GYRA


分子量: 58623.027 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL 59KDA DOMAIN, RESIDUES 2-523 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPRISES RESIDUES 2-523 OF WILD TYPE SEQUENCE / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: JMTACA / プラスミド: PRJR10.18 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B843 / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P0AES5, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SM8 / SIMOCYCLINONE D8


分子量: 932.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H42ClNO18
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 6% (W/V) PEG 8000, 30% (V/V) GLYCEROL IN 100 MM TRIS-HCL PH 8.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.542
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月12日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→27.47 Å / Num. obs: 58959 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -9 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 46.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.62→2.76 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AB4

1ab4


解像度: 2.62→27.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 21.13 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.309 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE SIMOCYCLINONE D8 EFFECTIVELY CROSSLINKS A PAIR OF GYRA59 DIMERS ACROSS A CRYSTALLOGRAPHIC 2-FOLD AXIS. THE RESULTANT COMPLEX CONTAINS 4 ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE SIMOCYCLINONE D8 EFFECTIVELY CROSSLINKS A PAIR OF GYRA59 DIMERS ACROSS A CRYSTALLOGRAPHIC 2-FOLD AXIS. THE RESULTANT COMPLEX CONTAINS 4 MOLECULES OF SIMOCYCLINONE D8, WITH EACH LIGAND MAKING CONTACT WITH SUBUNITS FROM OPPOSING DIMERS SUCH THAT EACH GYRA59 SUBUNIT BINDS THE POLYKETIDE AND THE AMINOCOUMARIN MOIETIES, RESPECTIVELY, OF TWO SEPARATE SIMOCYCLINON D8 MOLECULES. THE TETRAMER IS ALSO OBSERVED IN SOLUTION AT HIGH LIGAND TO PROTEIN RATIOS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24118 2967 5 %RANDOM
Rwork0.20203 ---
obs0.20399 55953 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→27.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7721 0 136 96 7953
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0217990
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8371.94710870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4295998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.23823.706367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.405151333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6781575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1960.21245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216073
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6961.54980
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36227983
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.46933010
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2044.52881
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.62→2.687 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 194 -
Rwork0.325 4075 -
obs--99.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9306-0.6624-0.0852.16440.80631.38230.01990.047-0.0241-0.08110.08480.044-0.07-0.0601-0.10470.0674-0.00320.0080.11590.05860.0365-22.8439.183132.2517
24.02850.73092.28350.59760.53722.1779-0.08530.06060.21180.17120.0768-0.0584-0.2530.08540.00850.25330.02550.06810.1494-0.02310.1453-9.54858.556649.9168
31.10620.86790.15983.49110.65360.4464-0.0560.1598-0.2157-0.32390.06830.57230.1518-0.2611-0.01230.3125-0.0291-0.0880.43460.09610.3212-49.908120.625525.1594
43.15940.84571.05030.57530.71091.04570.2406-0.29690.00140.277-0.23860.15470.3343-0.3889-0.0020.2298-0.0120.09350.40210.0920.2856-44.172534.052441.459
50.48032.30161.514711.04067.2674.78380.3008-0.21880.21441.5466-1.02571.08711.0077-0.66170.72490.93780.0475-0.0020.53910.14890.79913.14357.814435.7171
61.2014-0.13850.04421.1526-0.06571.51910.023-0.0234-0.0244-0.03610.0143-0.03790.13650.0449-0.03730.1202-0.0322-0.03470.05110.01470.0446-1.546713.685311.9407
70.51740.8769-0.90372.6589-2.62243.03790.05340.03860.14460.009-0.1395-0.2050.04940.29820.08610.1485-0.00460.01930.28190.0130.245716.107226.1853-7.8601
83.1848-0.1737-1.54530.9847-0.0741.0017-0.198-0.2029-0.57540.11140.04710.39190.2896-0.1360.15090.4245-0.0923-0.05570.29730.08420.319-25.7845-8.50525.281
90.16280.4027-0.44612.4428-1.00081.8869-0.10020.1608-0.0762-0.15090.15380.16320.3749-0.5582-0.05360.3696-0.076-0.06480.2774-0.05490.2973-12.7182-6.28746.9504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 204
2X-RAY DIFFRACTION2A205 - 333
3X-RAY DIFFRACTION3A334 - 469
4X-RAY DIFFRACTION4A470 - 522
5X-RAY DIFFRACTION5B13 - 22
6X-RAY DIFFRACTION6B23 - 229
7X-RAY DIFFRACTION7B230 - 337
8X-RAY DIFFRACTION8B338 - 468
9X-RAY DIFFRACTION9B469 - 522

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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