PDB-2xkw: LIGAND BINDING DOMAIN OF HUMAN PPAR-GAMMA IN COMPLEX WITH THE AGO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xkw

タイトル

LIGAND BINDING DOMAIN OF HUMAN PPAR-GAMMA IN COMPLEX WITH THE AGONIST PIOGLITAZONE

要素

PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA

キーワード

TRANSCRIPTION / NUCLEAR RECEPTOR / TRANSCRIPTION FACTOR / GENE REGULATION / THIAZOLIDINEDIONE

機能・相同性

機能・相同性情報

prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity ...prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / DNA binding domain binding / macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / alpha-actinin binding / lipid homeostasis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / white fat cell differentiation / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of MAPK cascade / BMP signaling pathway / retinoic acid receptor signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cell maturation / epithelial cell differentiation / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient / negative regulation of miRNA transcription / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / fatty acid metabolic process / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / peptide binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / regulation of circadian rhythm / placenta development / PPARA activates gene expression / lipid metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / cellular response to insulin stimulus / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / rhythmic process / glucose homeostasis / cellular response to hypoxia / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Mueller, J.J. / Schupp, M. / Unger, T. / Kintscher, U. / Heinemann, U.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Binding Diversity of Pioglitazone by Peroxisome Proliferator-Activated Receptor-Gamma
著者: Mueller, J.J. / Schupp, M. / Unger, T. / Kintscher, U. / Heinemann, U.

履歴

登録	2010年7月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xkw.cif.gz	231 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xkw.ent.gz	188.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xkw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2xkw_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xkw_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	2xkw_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	2xkw_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/2xkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/2xkw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1prgS 1fm6 1fm9 1i7i 1k74 1knu 1nyx 1rdt 1wm0 1zgy 2f4b 2fvj 2g0g 2g0h 2prg 2vsr 2vst 2vv0 2vv1 2vv2 2vv3 2vv4 2yfe 3prg 4prg S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4a4w-1 6y3u-d 4a4v-1 6t6b-d 6tsg-d 3r8i-2 3po9-1 3x1i-1 7awc-d 2r3m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA

B: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA

ヘテロ分子

63.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.861, 60.411, 119.849
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.01, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA / PPAR-GAMMA / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1 GROUP C MEMBER 3 分子量: 31321.393 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 204-477 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物	ChemComp-P1B / (5R)-5-{4-[2-(5-ethylpyridin-2-yl)ethoxy]benzyl}-1,3-thiazolidine-2,4-dione / PIOGLITAZONE / (5R)-5-[4-[2-(5-エチル-2-ピリジル)エトキシ]ベンジル]チアゾリジン-2,4-ジオン分子量: 356.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₀N₂O₃S / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.93 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: PROTEIN CONC. 17MG/ML, 50 MM TRIS PH 8.0,0.1M NACL, 0.5 MM DTT, 2 MM EDTA. RESERVOIR: 20% PEG4000,10% ISOPROPANOL, 0.1M HEPES PH 7.5 , VAPOR DIFFUSION,TEMPERATURE 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月18日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→20 Å / Num. obs: 39168 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 34.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 2.01→2.08 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 63.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PRG

1prg

解像度: 2.02→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 7.208 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.202	2104	5.1 %	RANDOM
R_work	0.162	-	-	-
obs	0.164	39168	97.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.82 Å²	0 Å²	0.09 Å²
2-	-	2.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4145	0	78	182	4405

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4336
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4081
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.36	2.016	5837
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.939	3.001	9521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.199	5	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.686	25.323	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.56	15	825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.245	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	670
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4622
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	808
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	992
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.163	0.2	3971
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	2372
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.205	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.178	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.101	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.856	3	2709
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.66	3	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.959	4	4193
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.432	6	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.83	8	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.02→2.09 Å / Total num. of bins used: 15

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	169	-
R_work	0.201	3067	-
obs	-	-	78.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	14.1851	-6.6667	-2.9953	19.1842	4.7356	10.5676	-0.0421	0.2265	-1.2625	0.1949	0.1826	-0.1828	0.76	0.2731	-0.1406	-0.0181	0.0294	-0.0172	0.1096	-0.0555	0.1618	39.4841	-19.5247	35.8681
2	4.2715	0.1871	-3.8533	0.9186	0.0026	7.6873	-0.0406	-0.2985	0.1273	-0.023	0.1072	-0.0332	-0.3315	0.4864	-0.0666	-0.0508	-0.052	-0.0155	-0.0633	-0.0363	-0.0582	31.6167	-4.1988	45.4891
3	9.9607	0.9673	3.6146	9.0513	2.856	11.9967	0.1619	-0.7933	-0.9037	0.8305	0.0322	-0.3549	0.8199	-0.0523	-0.1941	0.0952	0.0183	0.0271	0.114	0.0162	0.0355	26.2268	-5.3195	60.0089
4	28.3438	-8.3495	0.2857	11.8683	1.0993	7.9076	-0.1033	-0.7743	1.7527	-0.2183	0.0231	-0.3921	-0.8585	-0.1363	0.0802	0.1645	0.0522	0.0236	0.0878	-0.0439	-0.018	15.6655	8.2636	61.1357
5	49.0154	1.3153	32.7106	19.4316	1.9398	35.6562	-0.7165	-1.1223	2.059	0.2979	-0.3529	-0.6421	-2.8108	-0.3218	1.0695	0.3133	0.0414	0.2518	0.2442	-0.0007	0.3582	14.0071	16.5088	55.4847
6	24.4427	-14.3412	-17.1067	9.8017	9.398	12.2667	0.3392	-0.4506	0.8568	-0.275	0.2834	-0.1495	-0.8096	-0.0992	-0.6227	0.1027	0.0071	-0.0404	0.088	-0.0203	0.1295	18.4478	7.999	42.1821
7	3.7052	-0.1297	-2.5804	0.9875	-0.0758	6.6986	0.0303	0.2973	0.21	-0.1623	0.0484	0.0888	-0.2763	-0.1783	-0.0787	-0.0114	-0.0592	-0.0286	-0.0846	-0.0164	-0.0267	24.6888	-2.9266	31.1351
8	5.0821	-2.565	0.0602	6.5268	0.2088	7.3946	-0.1447	-0.0227	-0.0813	-0.0212	0.1758	0.5879	-0.2984	-0.5814	-0.0311	0.0503	0.0145	0.0157	0.0288	0.0037	-0.0272	11.569	2.3987	53.0404
9	13.1478	-6.8797	-0.8729	10.4274	2.391	5.3681	0.0691	0.1624	-0.4304	-0.0587	-0.2732	1.0875	-0.1593	-0.6371	0.204	0.0133	-0.0914	0.0173	0.077	-0.0417	0.0614	12.6612	-8.0685	47.2996
10	2.8552	-0.4956	1.722	3.1583	-1.9555	9.927	-0.0402	0.2788	-0.1274	-0.3553	0.1105	0.1639	0.2137	-0.3467	-0.0703	-0.0341	-0.0695	-0.0089	-0.0529	-0.0618	-0.015	24.4212	-10.0948	31.0303
11	2.0667	-0.7686	2.1624	7.5273	-7.694	17.5448	-0.082	0.1458	-0.3129	-0.3251	-0.0171	-0.2256	0.6945	0.2045	0.0992	-0.0695	-0.0194	0.01	-0.0698	-0.0721	0.0415	29.4913	-18.6917	34.4915
12	8.4676	-11.2647	1.6377	19.2986	-3.0153	0.7292	-0.0399	-0.0079	-0.2899	0.0288	0.1696	0.7709	-0.0981	-0.2314	-0.1297	0.0273	-0.0504	-0.0185	0.0114	-0.0191	0.0718	11.4596	-7.7192	37.9417
13	24.6593	-13.5595	-6.7408	16.0733	5.6085	3.0903	-0.8433	-1.0548	-0.519	0.6735	0.7604	-0.1621	0.7052	0.1599	0.0829	0.3244	0.0462	-0.0692	0.0722	0.1021	0.1062	10.1496	14.6676	36.3045
14	9.2372	1.0917	1.9703	32.3906	12.6526	10.4044	0.2466	0.2349	-0.1657	-1.9566	0.0518	1.7363	-0.724	-1.5025	-0.2984	0.243	0.0622	-0.0448	0.2548	0.1215	0.2763	13.4616	4.3318	28.912
15	65.2446	-10.7145	29.0823	58.3171	-12.1879	48.4086	1.2366	-1.0681	-2.244	3.6127	0.2569	-3.5964	1.3677	1.6799	-1.4935	0.2401	0.0933	-0.3439	0.0772	-0.1268	0.4533	20.5494	-40.7467	38.8514
16	2.076	-0.5452	-0.3088	3.7393	-2.948	7.1424	0.1738	0.4257	-0.3173	-0.4278	0.0259	0.0375	0.7013	0.1012	-0.1996	0.0913	-0.0211	-0.0285	-0.0287	-0.1028	0.0293	8.31	-36.6991	22.0905
17	184.501	-21.5243	5.5763	43.7097	24.8778	15.9869	1.2666	1.2569	-8.6051	-0.4652	-0.4384	0.8455	1.1979	0.3092	-0.8282	0.5793	0.0199	-0.0089	0.4688	-0.0202	0.3753	5.4926	-37.0492	5.5893
18	6.4234	-0.4608	-2.4498	0.3603	0.443	12.9078	-0.0273	0.5163	-0.322	0.0963	-0.0382	0.46	0.1389	-1.2264	0.0656	0.1465	0.0154	0.0226	0.3462	0.0266	0.0404	-10.5124	-23.7511	7.7685
19	3.9594	-0.6251	1.5828	1.3246	-0.3862	6.4723	0.049	0.1844	-0.0773	-0.0501	-0.0326	-0.0014	0.1505	-0.3112	-0.0164	-0.0345	-0.0915	0.0129	-0.0907	0.0032	-0.0339	-2.7366	-31.1643	31.605
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21	5.3582	-0.2791	3.6737	3.0063	0.7984	12.4912	0.1932	0.172	-0.1295	-0.0967	-0.1057	0.1062	0.2292	-0.4768	-0.0875	0.0592	-0.018	0.0293	0.0639	-0.0316	-0.033	2.5467	-25.5242	14.0016
22	9.4891	-4.4003	2.088	4.6241	1.2346	6.4955	-0.1045	-0.1191	1.1425	0.5941	0.1756	0.1791	-1.0655	-0.4651	-0.071	0.3933	0.0153	0.0939	0.1181	0.0722	0.1886	-2.7698	-12.6616	12.13
23	5.564	-2.1981	2.913	9.8541	-4.1697	9.1623	-0.0779	0.3754	0.4367	0.0826	0.0002	-0.2983	-0.5599	0.2513	0.0777	0.0567	-0.0801	0.0543	0.0223	-0.0476	-0.0339	11.9051	-22.7651	19.5862
24	3.5877	-0.9347	-2.4266	2.4959	1.5183	5.1316	0.0669	-0.3218	0.0125	0.1149	0.0392	-0.0476	-0.1284	0.183	-0.1061	-0.0537	-0.0615	-0.0215	-0.0749	-0.0254	-0.0417	8.2594	-26.8566	39.8866
25	9.6553	-2.2609	-8.741	5.1879	2.4554	20.6719	-0.0302	-0.249	-0.4477	-0.0394	0.2297	-0.4742	0.6264	1.3885	-0.1995	-0.0345	0.0118	-0.0329	0.0077	-0.0749	0.0964	20.0938	-32.8964	32.5272
26	18.4986	-6.1451	-0.6915	6.161	0.3847	2.4446	0.3508	0.4877	0.8298	-0.3917	-0.15	-0.3884	-0.4057	-0.0361	-0.2008	0.0391	-0.0592	0.0368	-0.0132	-0.0309	0.0049	16.1133	-20.8009	27.9706
27	103.1708	-36.1472	33.917	27.7728	-15.8481	23.2318	0.8859	-0.1883	1.8944	-0.7224	-0.6174	0.1613	-0.4684	-1.4124	-0.2685	0.2446	0.2313	0.1	0.2645	-0.0054	0.3042	-5.1515	-10.354	25.3992
28	6.7674	5.7909	-3.0041	11.9781	-5.3921	2.4671	0.2161	0.3585	1.343	0.307	-0.168	0.294	-0.6139	-0.4512	-0.0481	0.8421	-0.184	0.2487	0.5034	-0.0047	0.5581	-17.3079	-18.0187	26.4083

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	204 - 217
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	218 - 233
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	234 - 242
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	243 - 258
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	259 - 276
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	277 - 298
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	299 - 332
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	333 - 360
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	361 - 379
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	380 - 404
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	405 - 426
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	427 - 460
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	461 - 467
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	468 - 477
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	207 - 211
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	212 - 239
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	240 - 245
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	246 - 282
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	283 - 311
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	312 - 326
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	327 - 348
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	349 - 366
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	367 - 382
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	383 - 411
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	412 - 424
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	425 - 447
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	448 - 456
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	457 - 474

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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