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- PDB-2wps: Salmonella enterica SadA 483-523 fused to GCN4 adaptors (SadAK3b-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wps
タイトルSalmonella enterica SadA 483-523 fused to GCN4 adaptors (SadAK3b-V2, out-of-register fusion)
要素TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN FRAGMENT
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ION COORDINATION / HYDROPHOBIC CORE / TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN / TAA / STUTTER / STAMMER / COILED COIL / PROTEIN EXPORT / POLAR CORE RESIDUES
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / protein transport / cell surface
類似検索 - 分子機能
Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pilin-like / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal ...Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pilin-like / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Autotransporter adhesin SadA
類似検索 - 構成要素
生物種SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hartmann, M.D. / Ridderbusch, O. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: A Coiled-Coil Motif that Sequesters Ions to the Hydrophobic Core.
著者: Hartmann, M.D. / Ridderbusch, O. / Zeth, K. / Albrecht, R. / Testa, O. / Woolfson, D.N. / Sauer, G. / Dunin-Horkawicz, S. / Lupas, A.N. / Alvarez, B.H.
履歴
登録2009年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN FRAGMENT
B: TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN FRAGMENT
C: TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN FRAGMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8057
ポリマ－37,6633
非ポリマー1424
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10580 Å2
ΔGint-118.4 kcal/mol
Surface area17730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.660, 55.850, 168.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
12A
22B
32C
13A
23B
33C
14A
24B
34C
15A
25B
35C
16A
26B
36C
17A
27B
37C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNLYSLYS5AA456 - 5533 - 100
211GLNGLNLYSLYS5BB456 - 5533 - 100
311GLNGLNLYSLYS5CC456 - 5533 - 100
112ILEILEILEILE1AA457 - 4614 - 8
212ILEILEILEILE1BB457 - 4614 - 8
312ILEILEILEILE1CC457 - 4614 - 8
122ILEILELEULEU1AA464 - 46511 - 12
222ILEILELEULEU1BB464 - 46511 - 12
322ILEILELEULEU1CC464 - 46511 - 12
132LYSLYSILEILE1AA467 - 46814 - 15
232LYSLYSILEILE1BB467 - 46814 - 15
332LYSLYSILEILE1CC467 - 46814 - 15
113ILEILEALAALA1AA471 - 47618 - 23
213ILEILEALAALA1BB471 - 47618 - 23
313ILEILEALAALA1CC471 - 47618 - 23
123ILEILEILEILE1AA47825
223ILEILEILEILE1BB47825
323ILEILEILEILE1CC47825
133LEULEUILEILE1AA481 - 48228 - 29
233LEULEUILEILE1BB481 - 48228 - 29
333LEULEUILEILE1CC481 - 48228 - 29
114LYSLYSVALVAL1AA484 - 48531 - 32
214LYSLYSVALVAL1BB484 - 48531 - 32
314LYSLYSVALVAL1CC484 - 48531 - 32
124GLNGLNASNASN1AA487 - 50034 - 47
224GLNGLNASNASN1BB487 - 50034 - 47
324GLNGLNASNASN1CC487 - 50034 - 47
115ASNASNMETMET1AA502 - 52449 - 71
215ASNASNMETMET1BB502 - 52449 - 71
315ASNASNMETMET1CC502 - 52449 - 71
116GLNGLNILEILE1AA526 - 52773 - 74
216GLNGLNILEILE1BB526 - 52773 - 74
316GLNGLNILEILE1CC526 - 52773 - 74
126ASPASPASPASP1AA52976
226ASPASPASPASP1BB52976
326ASPASPASPASP1CC52976
136ILEILEILEILE1AA53178
236ILEILEILEILE1BB53178
336ILEILEILEILE1CC53178
117GLUGLUILEILE1AA533 - 53880 - 85
217GLUGLUILEILE1BB533 - 53880 - 85
317GLUGLUILEILE1CC533 - 53880 - 85
127ILEILEILEILE1AA54188
227ILEILEILEILE1BB54188
327ILEILEILEILE1CC54188
137ASNASNALAALA1AA543 - 54690 - 93
237ASNASNALAALA1BB543 - 54690 - 93
337ASNASNALAALA1CC543 - 54690 - 93
147ILEILELYSLYS1AA548 - 54995 - 96
247ILEILELYSLYS1BB548 - 54995 - 96
347ILEILELYSLYS1CC548 - 54995 - 96
157LEULEUILEILE1AA551 - 55298 - 99
257LEULEUILEILE1BB551 - 55298 - 99
357LEULEUILEILE1CC551 - 55298 - 99

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

-
要素

#1: タンパク質 TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN FRAGMENT


分子量: 12554.290 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 483-523 FUSED TO GCN4 ADAPTORS / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N- AND C-TERMINAL IN-REGISTER FUSION TO GCN4 ADAPTORS
由来: (組換発現) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZL64
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N- AND C-TERMINAL OUT-OF-REGISTER FUSION TO GCN4 ADAPTORS (UNIPROT: P03069)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 10% (W/V) PEG 4000, 10% (V/V) ISOPOPANOL, 3% (W/V) 1,5-DIAMINOPENTANE DIHYDROCHLORIDE, 100 MM NA-CITRATE PH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.992
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→36 Å / Num. obs: 11193 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.47 % / Biso Wilson estimate: 35.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7.61
反射 シェル解像度: 2.6→2.75 Å / 冗長度: 3.05 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GCM

1gcm


解像度: 2.6→35.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / SU B: 12.427 / SU ML: 0.261 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.072 / ESU R Free: 0.413 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32443 577 5.2 %RANDOM
Rwork0.23786 ---
obs0.24193 10616 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.717 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20 Å2
2--4.53 Å20 Å2
3----4.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→35.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2365 0 4 73 2442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222374
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.321.9623204
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96733885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8025291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.20527.876113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.17615510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.72156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02351
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.2606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.150.21375
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.21174
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21280
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.275
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1560.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2310.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2230.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8741642
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4454585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9662427
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.3858957
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.75812777
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
21A130tight positional0.040.05
22B130tight positional0.030.05
23C130tight positional0.040.05
31A114tight positional0.050.05
32B114tight positional0.040.05
33C114tight positional0.040.05
41A187tight positional0.040.05
42B187tight positional0.060.05
43C187tight positional0.050.05
51A260tight positional0.040.05
52B260tight positional0.040.05
53C260tight positional0.040.05
61A53tight positional0.040.05
62B53tight positional0.040.05
63C53tight positional0.050.05
71A201tight positional0.040.05
72B201tight positional0.040.05
73C201tight positional0.040.05
11A587medium positional0.240.5
12B587medium positional0.250.5
13C587medium positional0.260.5
11A695loose positional0.75
12B695loose positional0.715
13C695loose positional0.655
21A130tight thermal0.110.5
22B130tight thermal0.10.5
23C130tight thermal0.090.5
31A114tight thermal0.120.5
32B114tight thermal0.110.5
33C114tight thermal0.110.5
41A187tight thermal0.150.5
42B187tight thermal0.150.5
43C187tight thermal0.130.5
51A260tight thermal0.140.5
52B260tight thermal0.140.5
53C260tight thermal0.140.5
61A53tight thermal0.140.5
62B53tight thermal0.10.5
63C53tight thermal0.120.5
71A201tight thermal0.10.5
72B201tight thermal0.10.5
73C201tight thermal0.120.5
11A587medium thermal0.542
12B587medium thermal0.452
13C587medium thermal0.632
11A695loose thermal2.0810
12B695loose thermal2.0610
13C695loose thermal2.4710
LS精密化 シェル解像度: 2.597→2.664 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 50 -
Rwork0.317 732 -
obs--94.9 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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