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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wjp | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MURD LIGASE IN COMPLEX WITH D-GLU CONTAINING RHODANINE INHIBITOR | ||||||
要素 | UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE | ||||||
キーワード | LIGASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION / CELL CYCLE / CELL DIVISION / CELL SHAPE SYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI DH5[ALPHA] (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Tomasic, T. / Zidar, N. / Sink, R. / Kovac, A. / Rupnik, V. / Turk, S. / Contreras-Martel, C. / Dessen, A. / Blanot, D. / Muller-Premru, M. ...Tomasic, T. / Zidar, N. / Sink, R. / Kovac, A. / Rupnik, V. / Turk, S. / Contreras-Martel, C. / Dessen, A. / Blanot, D. / Muller-Premru, M. / Gobec, S. / Zega, A. / Peterlin-Masic, L. / Kikelj, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010 タイトル: Discovery of Novel 5-Benzylidenerhodanine and 5-Benzylidenethiazolidine-2,4-Dione Inhibitors of Murd Ligase. 著者: Zidar, N. / Tomasic, T. / Sink, R. / Rupnik, V. / Kovac, A. / Turk, S. / Patin, D. / Blanot, D. / Contreras Martel, C. / Dessen, A. / Muller Premru, M. / Zega, A. / Gobec, S. / Peterlin Masic, L. / Kikelj, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wjp.cif.gz | 193.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wjp.ent.gz | 153.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wjp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wjp_validation.pdf.gz | 737.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2wjp_full_validation.pdf.gz | 743.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2wjp_validation.xml.gz | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wjp_validation.cif.gz | 38.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/2wjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/2wjp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 47157.480 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-438 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI DH5[ALPHA] (大腸菌) プラスミド: PABD16/MURD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI DH5[ALPHA] (大腸菌) 参照: UniProt: P14900, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase |
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-非ポリマー , 6種, 555分子
#2: 化合物 | ChemComp-D17 / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-DMS / | ||||||
#4: 化合物 | ChemComp-AZI / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 1.8 M (NH4)2SO4, 7% PEG 400, 100 MM NACL, 100 MM HEPES, PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→46.62 Å / Num. obs: 76321 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 25.99 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 19.95 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.59 / % possible all: 78.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3UAG 解像度: 1.6→46.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 3.284 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.63 Å
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拘束条件 |
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