PDB-2vt5: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE(D-FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE -1- PHOSP...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vt5

タイトル

FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE(D-FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE -1- PHOSPHOHYDROLASE) (E.C.3.1.3.11) COMPLEXED WITH A DUAL BINDING AMP SITE INHIBITOR

要素

FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

キーワード

HYDROLASE / HYDROLASE (PHOSPHORIC MONOESTER) / DISEASE MUTATION / ALLOSTERIC ENZYME / ZINC / POLYMORPHISM / GLUCONEOGENESIS / CARBOHYDRATE METABOLISM

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to raffinose / sucrose biosynthetic process / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / Gluconeogenesis / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 6-phosphate metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Ruf, A. / Joseph, C. / Benz, J. / Fol, B. / Tetaz, T.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Allosteric Fbpase Inhibitors Gain 10(5) Times in Potency When Simultaneously Binding Two Neighboring AMP Sites.
著者: Hebeisen, P. / Kuhn, B. / Kohler, P. / Gubler, M. / Huber, W. / Kitas, E. / Schott, B. / Benz, J. / Joseph, C. / Ruf, A.

履歴

登録	2008年5月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vt5.cif.gz	483 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vt5.ent.gz	400.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vt5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vt5_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vt5_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	2vt5_validation.xml.gz	92.1 KB	表示
CIF形式データ	2vt5_validation.cif.gz	123.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/2vt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/2vt5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jjkC 1fta 2fhy 2fie 2fix C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5q07-2 5q0a-d 5q05-2 6lw2-d 2wbd-1 5q06-d 5q08-1 2fhy-d 5pzu-d 3a29-d 5q07-1 5q08-2 2wbd-2 5pzw-d 5pzz-2 5pzy-1 5zwk-d 5pzz-1 2fie-d 2wbb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

B: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

C: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

D: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

E: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

F: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

G: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

H: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

ヘテロ分子

297 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

B: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

C: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

D: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

F: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

G: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

H: FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.964, 284.611, 83.375
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
1	2	B
1	3	C
1	4	D
1	5	E
1	6	F
1	7	G
1	8	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	1 - 500
1	1	2	5	B	1 - 500
1	1	3	5	C	1 - 500
1	1	4	5	D	1 - 500
1	1	5	5	E	1 - 500
1	1	6	5	F	1 - 500
1	1	7	5	G	1 - 500
1	1	8	5	H	1 - 500

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8

#1: タンパク質	FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 1 / D-FRUCTOSE-1 / 6- BISPHOSPHATE 1-PHOSPHOHYDROLASE 1 / FBPASE 1 分子量: 36859.418 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: LIVER / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09467, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-ROK / 4-AMINO-N-[(2-SULFANYLETHYL)CARBAMOYL]BENZENESULFONAMIDE 分子量: 275.348 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₃O₃S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	ROK: THE INHIBITOR MOLECULES FORM DISULFIDE DIMERS N,N'-[DITHIOBIS(ETHANE-2,1-DIYLIMINOCARBONYL)] ...ROK: THE INHIBITOR MOLECULES FORM DISULFIDE DIMERS N,N'-[DITHIOBIS(ETHANE-2,1-DIYLIMINOCARBONYL)] BIS(4-AMINOBENZENESULFONAMIDE) ACROSS SUBUNIT INTERFACES A-C, B-D, E-G, AND F-H.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.94 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: RESERVOIR = 0.1M HEPES, PH7.0, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.984
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 406033 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 1.3 % / R_merge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 46

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 12.956 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE ALLOSTERIC INHIBITORS FORM DISULFIDE DIMERS ACROSS THE AMP-SITES OF FBPASE MONOMERS A AND C, B AND D, E AND G, AND F AND H.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	6862	5 %	RANDOM
R_work	0.203	-	-	-
obs	0.205	129505	88.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.75 Å²	0 Å²	-0.22 Å²
2-	-	-0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19440	0	136	538	20114

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	19957
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.306	1.997	26953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.938	5	2524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.891	24.264	774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.802	15	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.937	15	102
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	3062
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	14718
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	9829
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	13747
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.177	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.191	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.645	1.5	12970
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.127	2	20293
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.642	3	7895
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.557	4.5	6660
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	1268	medium positional	0.26	0.5
B	1268	medium positional	0.25	0.5
C	1268	medium positional	0.4	0.5
D	1268	medium positional	0.27	0.5
E	1268	medium positional	0.19	0.5
F	1268	medium positional	0.23	0.5
G	1268	medium positional	0.41	0.5
H	1268	medium positional	0.25	0.5
A	1169	loose positional	0.72	5
B	1169	loose positional	0.81	5
C	1169	loose positional	0.87	5
D	1169	loose positional	0.79	5
E	1169	loose positional	1.41	5
F	1169	loose positional	0.83	5
G	1169	loose positional	1.49	5
H	1169	loose positional	0.87	5
A	1268	medium thermal	0.64	2
B	1268	medium thermal	1.01	2
C	1268	medium thermal	0.92	2
D	1268	medium thermal	1.26	2
E	1268	medium thermal	1.44	2
F	1268	medium thermal	1.04	2
G	1268	medium thermal	0.92	2
H	1268	medium thermal	1	2
A	1169	loose thermal	1.55	10
B	1169	loose thermal	1.96	10
C	1169	loose thermal	2.09	10
D	1169	loose thermal	2.32	10
E	1169	loose thermal	2.48	10
F	1169	loose thermal	2	10
G	1169	loose thermal	2.14	10
H	1169	loose thermal	2.1	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.396	285
R_work	0.29	5184

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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