[日本語] English
万見
- PDB-2tob: SOLUTION STRUCTURE OF THE TOBRAMYCIN-RNA APTAMER COMPLEX, NMR, 13... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2tob
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE TOBRAMYCIN-RNA APTAMER COMPLEX, NMR, 13 STRUCTURES
要素RNA (5'-R(*AP*CP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*UP*AP*GP*GP*UP*AP*AP*UP*GP*AP*GP*U)-3')
キーワードRNA / AMINOGLYCOSIDE-RNA RECOGNITION / TOBRAMYCIN
機能・相同性1,3-DIAMINO-4,5,6-TRIHYDROXY-CYCLOHEXANE / 3-ammonio-3-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Chem-TOC / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / DISTANCE-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Jiang, L. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Solution structure of the tobramycin-RNA aptamer complex.
著者: Jiang, L. / Patel, D.J.
履歴
登録1998年6月17日処理サイト: BNL
改定 1.01999年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年6月24日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: ndb_struct_na_base_pair / pdbx_database_status ...ndb_struct_na_base_pair / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 / _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*AP*CP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*UP*AP*GP*GP*UP*AP*AP*UP*GP*AP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9354
ポリマ－6,4271
非ポリマー5093
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)13 / 40LOWEST NOE AND TOTAL ENERGY
代表モデルモデル #1

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*CP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*UP*AP*GP*GP*UP*AP*AP*UP*GP*AP*GP*U)-3')


分子量: 6426.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 糖 ChemComp-TOA / 3-ammonio-3-deoxy-alpha-D-glucopyranose / 3-DEOXY-3-AMINO GLUCOSE / 3-ammonio-3-deoxy-alpha-D-glucose / 3-ammonio-3-deoxy-D-glucose / 3-ammonio-3-deoxy-glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14NO5
識別子タイププログラム
a-D-Glcp3NIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 糖 ChemComp-TOC / 2,6-diammonio-2,3,6-trideoxy-alpha-D-glucopyranose / 2,3,6-TRIDEOXY-2,6-DIAMINO GLUCOSE / 2,6-diammonio-2,3,6-trideoxy-alpha-D-glucose / 2,6-diammonio-2,3,6-trideoxy-D-glucose / 2,6-diammonio-2,3,6-trideoxy-glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H16N2O3
識別子タイププログラム
a-D-3-deoxy-GlcpN6NIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-2TB / 1,3-DIAMINO-4,5,6-TRIHYDROXY-CYCLOHEXANE


分子量: 164.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16N2O3

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131HMQCNULL
NMR実験の詳細Text: D2O: 2D NOESY (50MS,120MS,200MS,300MS MIXING TIMES), PHASE-SENSITIVE COSY, TOCSY, 1H-13C HSQC, 3D NOESY-HMQC (120MS, 300MS MIXING TIMES), 3D HCCH-COSY, 3D HCCH-TOCSY (65MS), 2D HP CORRELATION, C13 FILTERED NOESY

-
試料調製

詳細内容: D(2)O/H(2)O
試料状態イオン強度: 10mM NA(2)HPO(4) / pH: 6.1 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6002

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
VARIAN VNMRVNMR構造決定
精密化手法: DISTANCE-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST NOE AND TOTAL ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 13

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る