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- PDB-2rqf: Solution structure of juvenile hormone binding protein from silkw... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rqf
タイトルSolution structure of juvenile hormone binding protein from silkworm in complex with JH III
要素Hemolymph juvenile hormone binding protein
キーワードHormone Binding Protein / juvenile hormone
機能・相同性
機能・相同性情報


TULIP domain / Haemolymph juvenile hormone binding / Takeout superfamily / Haemolymph juvenile hormone binding protein (JHBP) / Juvenile hormone binding protein domains in insects. / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Super Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JH3 / Hemolymph juvenile hormone binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Suzuki, R. / Fujimoto, Z. / Shiotsuki, T. / Momma, M. / Tase, A. / Yamazaki, T.
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2011
タイトル: Structural mechanism of JH delivery in hemolymph by JHBP of silkworm, Bombyx mori
著者: Suzuki, R. / Fujimoto, Z. / Shiotsuki, T. / Tsuchiya, W. / Momma, M. / Tase, A. / Miyazawa, M. / Yamazaki, T.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR assignments of juvenile hormone binding protein in complex with JH III
著者: Suzuki, R. / Tase, A. / Fujimoto, Z. / Shiotsuki, T. / Yamazaki, T.
履歴
登録2009年4月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月15日Group: Database references
改定 1.32013年6月19日Group: Database references
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemolymph juvenile hormone binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0472
ポリマ－24,7811
非ポリマー2661
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Hemolymph juvenile hormone binding protein / hJHBP


分子量: 24781.092 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-243 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The numbering in the PDB file and the constraint files are differ. This is because the program Sparky does not accept minus residue numbers.
由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9U556
#2: 化合物 ChemComp-JH3 / methyl (2E,6E)-9-[(2R)-3,3-dimethyloxiran-2-yl]-3,7-dimethylnona-2,6-dienoate / JH III / juvenile hormone III


分子量: 266.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26O3 / コメント: ホルモン*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-15N HSQC
1332D 1H-13C HSQC
1423D HNCO
1523D CBCA(CO)NH
1623D HNCA
1733D HCABGCO
1833D (H)CCH-TOCSY
1913D 15N-separated HOHAHA-HSQC
11013D 15N-separated NOESY-HSQC
11133D 13C/15N-separated NOESY-HSQC
11233D 13C-separated NOESY-HSQC
11333D 13C/13C-separated NOESY-HSQC
11432D 13C-filtered COSY
11532D 13C-filtered NOESY
11633D 13C-filtered/13C-selected NOESY-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6-1.0 mM [U-15N] hJHBP-1, 0.6-1.0 mM JH III-2, 45 mM sodium phosphate-3, 90 % H2O-4, 10 % D2O-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.6-1.0 mM [U-13C; U-15N] hJHBP-6, 0.6-1.0 mM JH III-7, 45 mM sodium phosphate-8, 90 % H2O-9, 10 % D2O-10, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.6-1.0 mM [U-13C; U-15N] hJHBP-11, 0.6-1.0 mM JH III-12, 45 mM sodium phosphate-13, 100 % D2O-14, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMhJHBP-1[U-15N]0.6-1.01
mMJH III-20.6-1.01
45 mMsodium phosphate-31
90 %H2O-41
10 %D2O-51
mMhJHBP-6[U-13C; U-15N]0.6-1.02
mMJH III-70.6-1.02
45 mMsodium phosphate-82
90 %H2O-92
10 %D2O-102
mMhJHBP-11[U-13C; U-15N]0.6-1.03
mMJH III-120.6-1.03
45 mMsodium phosphate-133
100 %D2O-143
試料状態pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.1Bruker Biospincollection
NMRPipereleased at Feb 10, 2006Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.113Goddardpeak picking
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
TALOS2003.027.13.05Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
AQUA3.2Rullmann, Doreleijers and Kapteinデータ解析
ProcheckNMR3.5.4Laskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 11742 / NOE intraresidue total count: 1848 / NOE long range total count: 5147 / NOE medium range total count: 2339 / NOE sequential total count: 2408 / Disulfide bond constraints total count: 2 / Hydrogen bond constraints total count: 89 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 147 / Protein psi angle constraints total count: 147
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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