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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2riy | ||||||
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タイトル | B-specific-1,3-galactosyltransferase (GTB)+H-antigen acceptor | ||||||
要素 | Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-galactosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / GTB ABO Rossman fold BBBB unliganded / Blood group antigen (血液型) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / Golgi apparatus (ゴルジ体) / Manganese (マンガン) / Membrane (生体膜) / Metal-binding / Secreted (分泌) / Signal-anchor / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 フコシルガラクトシド 3-α-ガラクトシルトランスフェラーゼ / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding ...フコシルガラクトシド 3-α-ガラクトシルトランスフェラーゼ / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / ゴルジ体 / nucleotide binding / ゴルジ体 / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Evans, S.V. / Alfaro, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: ABO(H) blood group A and B glycosyltransferases recognize substrate via specific conformational changes. 著者: Alfaro, J.A. / Zheng, R.B. / Persson, M. / Letts, J.A. / Polakowski, R. / Bai, Y. / Borisova, S.N. / Seto, N.O. / Lowary, T.L. / Palcic, M.M. / Evans, S.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2riy.cif.gz | 77 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2riy.ent.gz | 55.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2riy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/2riy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/2riy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34285.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABO / プラスミド: PCW DELTA 1AC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21GOLD 参照: UniProt: P16442, フコシルガラクトシド 3-α-ガラクトシルトランスフェラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-BHE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN CORRESPONDS TO WILD TYPE HISTO-BLOOD GROUP B TRANSFERASE. THE SEQUENCE ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN CORRESPOND |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.18 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG4000 Glycerol MgCl NH2SO4, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.55→19.87 Å / Num. obs: 45171 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.91 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 17.4 / Scaling rejects: 1676 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 1.54 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.541 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→19.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
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