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万見
- PDB-2r5v: Hydroxymandelate Synthase Crystal Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r5v
タイトルHydroxymandelate Synthase Crystal Structure
要素PCZA361.1
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / dioxygenase / non-heme iron / vancomycin (バンコマイシン)
機能・相同性
機能・相同性情報


4-ヒドロキシマンデル酸シンターゼ / 4-hydroxymandelate synthase activity / aromatic amino acid metabolic process / vancomycin biosynthetic process / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, HPPD, N-terminal / 4-ヒドロキシフェニルピルビン酸ジオキシゲナーゼ / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, C-terminal / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, N-terminal / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. ...Hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, HPPD, N-terminal / 4-ヒドロキシフェニルピルビン酸ジオキシゲナーゼ / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, C-terminal / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, N-terminal / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (2S)-hydroxy(4-hydroxyphenyl)ethanoic acid / リン酸塩 / 4-ヒドロキシマンデル酸シンターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Brownlee, J.M. / He, P. / Moran, G.R. / Harrison, D.H.T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Two roads diverged: the structure of hydroxymandelate synthase from Amycolatopsis orientalis in complex with 4-hydroxymandelate.
著者: Brownlee, J. / He, P. / Moran, G.R. / Harrison, D.H.
履歴
登録2007年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PCZA361.1
B: PCZA361.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3047
ポリマ－76,7552
非ポリマー5495
水3,909217
1
A: PCZA361.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6043
ポリマ－38,3771
非ポリマー2272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PCZA361.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6994
ポリマ－38,3771
非ポリマー3223
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.369, 106.369, 75.951
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 PCZA361.1


分子量: 38377.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
遺伝子: HmaS / プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: O52791, 4-ヒドロキシマンデル酸シンターゼ
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-HHH / (2S)-hydroxy(4-hydroxyphenyl)ethanoic acid / (S)-(4-ヒドロキシフェニル)ヒドロキシ酢酸


分子量: 168.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O4
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 16-20% PEG 3350, 100mM phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.5957 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5957 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.6 % / Av σ(I) over netI: 15 / 数: 511014 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.62 / D res high: 2.15 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 90963 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.635099.910.0552.0615.7
3.684.6310010.0652.4125.7
3.213.6810010.0842.5855.7
2.923.2110010.091.8175.7
2.712.9210010.1191.4495.7
2.552.7110010.1631.2215.6
2.422.5510010.2121.0985.6
2.322.4210010.2941.0665.6
2.232.3210010.4021.1375.5
2.152.2310010.5321.2545.5
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 38006 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.617 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 9187 / Χ2: 1.254 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Co39.6510.1830.6320.9960.538
2Co30.1670.6990.780.1560.501

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→47.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 5.689 / SU ML: 0.141 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1898 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.177 37953 99.85 %-
all-38010 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----1.77 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.253 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5047 0 31 217 5295
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0215174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9491.9397043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0335670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.89124.268239
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.14715748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0091528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2809
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.024018
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.22180
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2410.23482
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3180.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2220.242
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.320.213
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0841.53420
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.356 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 142 -
Rwork0.211 2599 -
all-2741 -
obs-2599 98.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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