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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pil | |||||||||
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タイトル | Crystallographic Structure of Phosphorylated Pilin from Neisseria: Phosphoserine Sites Modify Type IV Pilus Surface Chemistry | |||||||||
![]() | TYPE 4 PILIN | |||||||||
![]() | CELL ADHESION / TYPE IV PILIN / FIBER-FORMING PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / DNA INDING PROTEIN / CONTRACTILE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / pilus / cell adhesion / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Forest, K.T. / Dunham, S.A. / Koomey, M. / Tainer, J.A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic structure reveals phosphorylated pilin from Neisseria: phosphoserine sites modify type IV pilus surface chemistry and fibre morphology. 著者: Forest, K.T. / Dunham, S.A. / Koomey, M. / Tainer, J.A. #1: ![]() タイトル: Structure of the Fibre-Forming Protein Pilin at 2.6 A Resolution 著者: Parge, H.E. / Forest, K.T. / Hickey, M.J. / Christensen, D.A. / Getzoff, E.D. / Tainer, J.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17286.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 多糖 | alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-PT / |
#4: 化合物 | ChemComp-HTO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 60% PEG400, 50 MM CHESS, PH 8.0, 1% BETA-OCTYL GLUCOSIDE, 0.6% 1,2,3-HEPTANETRIOL. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年5月15日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→24 Å / Num. obs: 6565 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.78 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.307 / % possible all: 80.2 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.054 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: FITTING BEGAN WITH PDB MODEL 1AY2. PHOSPHOSERINE 68 WAS ADDED AND A BULK SOLVENT CORRECTION WAS APPLIED. THE EXPECTED N-TERMINAL METHYL-PHE WAS VERIFIED BY N-TERMINAL SEQUENCING BUT WAS NOT ...詳細: FITTING BEGAN WITH PDB MODEL 1AY2. PHOSPHOSERINE 68 WAS ADDED AND A BULK SOLVENT CORRECTION WAS APPLIED. THE EXPECTED N-TERMINAL METHYL-PHE WAS VERIFIED BY N-TERMINAL SEQUENCING BUT WAS NOT INCLUDED IN THE MODEL BECAUSE IT IS NOT APPARENT IN ELECTRON DENSITY.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41.8 Å2
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.312 |